Hey !
Alors je comprends pas du tout ton histoire de "quand la protéine est taguée en N-ter elle n’a pas de codon start et du coup l’ADN c aura un codon start"
Il y a quand-même un codon start, c'est juste qu'il est porté par la séquence du Tag et non plus par la séquence codante de la protéine en elle-même
La séquence du Tag est ajoutée en 5' ou en 3' de la séquence codante du gène qui nous intéresse
On sait que lorsqu'on traduit un ARNm en protéine, l'extrémité 5' devient l'extrémité N-ter, et l'extrémité 3' devient l'extrémité C-ter
Au moment de la traduction, il faut impérativement que le Tag soit traduit avec la protéine, qu'il fasse partie de la même séquence pour nous permettre de suivre cette dernière dans la cellule, et on va choisir nous-mêmes si on préfère exprimer ce Tag en N-ter ou en C-ter
Il y a donc deux situations :
o Protéine taguée en N-terminal : il faut enlever le codon Start au niveau de l’ARNm (codon pour la méthionine) pour que la traduction démarre au niveau du codon Start de l’étiquette qui est en 5' de la séquence (donc avant)
Si on ne fait pas ça et qu'on laisse le Start de l'ARNm, la machinerie basale de traduction va commencer à assembler des acides aminés à partir de ce codon start, sans prendre en compte les codons qui sont avant car ils ne seront pas reconnus : on va donc traduire tout ce qui est en aval de l'AUG sans prendre en compte la séquence du Tag qui ne sera pas incorporé dans la protéine
La solution est donc de rajouter un codon AUG juste avant la séquence du Tag pour que la machinerie basale de traduction fasse son travail en amont de la séquence de ce tag, et on va également retirer le codon start d'origine qui est juste avant le gène qui nous intéresse (et don après le tag) pour ne pas biaiser le travail des ribosomes (tu te doutes bien que si on a une séquence avec deux codons start le système est complètement perturbé et les résultats de la traduction seront donc biaisés)
o Protéine taguée en C-terminal : il faut enlever le codon Stop de l’ARNm pour que la traduction puisse se faire jusqu’au codon Stop de l’étiquette qui est en 3' de la séquence (donc après)
Si on ne fait pas ça les ribosomes s'arrêtent dès qu'ils voient un codon stop et le Tag qui vient après ne sera pas traduit avec le reste de la protéine
Il faut donc enlever le stop du gène et en rajouter un à la fin de la séquence du Tag pour que les ribosomes n'aient pas de signal pour arrêter la traduction avant d'avoir traduit le Tag en plus de la séquence du gène
Il n'y a pas de rapport entre ADN codon Start / protéine pas codon start, les modifications des codons start et stop se font au niveau de l'ADN et se répercuteront ensuite sur l'ARN et a fortiori sur les protéines !
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