2016 Q5 item c

[marigolote]

bonjour !
Je ne vois pas pourquoi dans ce qcm, les item c et d sont faux : (bilan de réponse : A)

Vous recevez en consultation une famille dans laquelle se transmet une maladie autosomique dominante. Le gène est connu, plusieurs mutations dans ce gène ont déjà été décrites. Quelles sont les méthodes qu'on peut utiliser pour chercher la mutation causale dans ce gène chez un patient de cette famille ?

A) séquençage des produits PCR correspondants aux régions codantes du gène
B) Séquençage haut débit
C ?? ) Une digestion enzymatique avec l'enzyme de restriction EcoRI à partir d'un produit PCR correspondant à un exon du gène
D ?? ) séquençage direct de l'ADNg extrait à partir des leucocytes du patient

est ce que quand on dit "plusieurs mutations dans ce gène ont déjà été décrites" on les connait ?? ou pas encore et c'est elles qu'on cherche à déterminer ??

merci de votre aide !!!

[Stabilo'drey]

Et coucou !

Alors quand on dit "Le gène est connu, plusieurs mutations dans ce gène ont déjà été décrites " on est dans le même cas que le syndrome de Wolfram.
On a pas besoin de les connaitre, on sait juste que la mutation peut se trouver plusieurs endroit dans ce gène pour cette maladie. C'est en opposition avec une maladie où la mutation est ciblée comme dans l'achondroplasie.

Si tu prends ton tableau récap, tu te trouves dans "recherche des mutations dans un gène donné" ce qui correspond à un PCR + Séquençage Sanger. Donc la A est JUSTE .
La C corresponds à la PCR RFLP, et c'est impossible à faire pour ce genre de maladie donc FAUX
La D est également fausse car on a besoin de réaliser une PCR avant de faire un séquençage Sanger

Concernant la B, de la manière dont est tourné le QCM je l'aurai compté juste. En effet la NGS n'est pas la méthode de référence pour diagnostiquer ce type de maladie, mais l'énoncé demande les méthodes que l'on peut utiliser et on peut diagnostiquer cette maladie avec la NGS. MAIS il faut considérer que la prof te demande LA MÉTHODE LA PLUS ADAPTÉ, j'ai trouvé ça dans une vielle réponse des profs :

Dans le cours il est dit que la NGS peut théoriquement être utilisée pour une mutation ciblée, est-ce qu'il faudrait compter juste un item "Vous souhaitez identifier une mutation ciblée, vous utiliserez le NGS" ou cela est vraiment restreint à la PCR séq/digestion ?

Le NGS est une technique de séquence ultra puissante puisqu’on peut séquencer la totalité du génome d’un individu donc par NGS on peut détecter une mutation ciblée (puisqu’on séquence tout !!!) cependant ce n’est pas du tout l’approche utilisée en laboratoire (c’est comme prendre un avion pour faire 50km,
« c’est possible » mais ce n’est pas ce que l’on fait)
Donc l’item est considéré comme faux car pour rechercher une mutation ciblée on ne va pas utiliser le NGS

Donc la B est aussi à compter FAUX.

J'espère que c'est bon pour toi !!

[marigolote]

Parfait top, tes réponses sont super claires comme d'habitude !!! Merci beaucoup !!!