QCM 3 2014 génétique clonage

[yass0u]

Coucou !

a propos de ce QCM : « Vous recherchez une mutation dans le gène X par PCR suivie d’un séquençage des exons et des jonctions exons/introns de ce gène. Vous suspectez la présence d’un variant d’epissage. Pour vérifier la présence de ce variant, quelle technique pouvez-vous utiliser ? 

A) une extraction d’ADN suivie d’une PCR qualitative
B) le séquençage direct de l’ARN
C) une PCR à partir de l’ADNc synthétisé suivie d’une réaction de séquence
D) une PCR à partir des ARNm purifiés suivie d’une digestion enzymatique avec une enzyme de restriction »

d’après la co : l’item c est juste mais il me semblait que lorsqu’on avait un variant d’epissage, il fallait faire un clonage ?

Ce serait possible d’avoir une co détaillée expliquant pourquoi certains items sont faux et pourquoi le C est juste please ?

[Stabilo'drey]

Coucou !

Tu n'as peut-être pas bien saisi la raison pour laquelle on réalise un clonage moléculaire.
Je te met un post ici qui explique le but du clonage moléculaire : https://www.carabinsnicois.fr/phpbb/vie ... 7&t=161787

Le clonage te sers juste à séparer les séquences d'ADN pour pouvoir séquencer les 2 allèles séparément. Sans clonage moléculaire on est obligé de faire le séquençage de nos 2 allèles ensemble. C'est utile quand notre séquence est illisible. Mais ce n'est pas vraiment un moyen de diagnostic comme le Séquençage Sanger, la PCR RFLP ou la NGS.
En effet dans le cas de variants d'épissage on a souvent besoin de réaliser un clonage moléculaire quand la mutation est hétérozygote parce qu'on a l'ajout ou le retrait d'une partie de la séquence d'ARNm ce qui décalle tout. Mais le clonage moléculaire aurai aussi été nécessaire dans le cas d'une mutation par additionou délétion autre qu'un variant d'épissage.

Ce que tu dois retenir pour les variants d'épissage : ce sont des mutations qui crée une modification de l'épissage de l'ARNm, et donc change la protéine. Mais ce sont des mutations que tu retrouve sur les introns et donc si tu réaliser une PCR + Séquençage sanger uniquement sur les exons tu ne verra pas la mutation. Le moyen de comprendre exactement ce qui cloche, c'est de lire la séquence d'ARNm mature car c'est ce brin qui va être utiliser pour la traduction. S'il y a un soucis sur l'ARNm on aura un soucis sur la protéine. MAIS on ne peut pas séquencer d'ARN donc on doit passer par une étape où l'on copie l'ARNm en ADNc pour faire correctement le séquençage.
ET dans un second temps, si au moment de la lecture de l'ADNc, on se rends compte que les séquences se superposent, alors seulement là on fera un clonage moléculaire. Mais ce n'est pas notre premier moyen pour faire le diagnostic.

Donc si tu as une suspicion de variant dépistage : on effectue une PCR + séquençage Sanger sur l'ADNc correspondant à l'ARNm du patient

Maintenant je peux passer à la correction détaillée :

ITEM A FAUX : item WTF on utilise pas du tout la PCR quantitative pour ça
ITEM B FAUX : on ne peux pas séquencer de l'ARN mais que de l'ADN
ITEM C VRAI : pour ce que je t'ai dit au dessus
ITEM D FAUX : de 1 on ne peut pas faire de PCR sur de l'ARN et de 2 la PCR RFLP n'est pas une méthode que l'on peut utiliser dans le cas d'un variant d'épissage

Et voila ! J'espère que maintenant c'est plus clair pour toi !
Bon courage pour la fin du semestre

[yass0u]

wow merci pour la réponse HYPER complète c’est clair maintenant pour moi !

en fait je pensais qu’on faisait un clonage car je me suis basée sur le schéma des ronéos qui indique quelle technique utiliser dans quel cas mais effectivement j’avais pas pensé qu’avant de passer au clonage il fallait réaliser une PCR + séquençage