Conception assistée par ordinateur

[Ja_Ottavj]

Bonjour !

J'aimerais votre avis sur ce que j'ai cru comprendre (bon c'est clairement de la paraphrase de la ronéo[/i]) de comment on conçoit une molécule "assisté par ordinateur". J'ai mis en bleu les questions que je me pose vis-à-vis de ma compréhension
Si on a déjà la structure de la cible, on va pouvoir concevoir un ligand qui ait une affinité avec la cible de par leur conformation.
→ est-ce qu'on conçoit vraiment le ligand genre on le fabrique, ou bien c'est en faisant le docking de différents ligands criblés que l'on trouve le ligand approprié. Si oui, en quoi est-ce une conception et pas juste un nouveau "tri" ?

Si on connaît pas la nature de la cible, le logiciel va faire une cible par analogie, ce qui permettra de faire les mêmes étapes que pour la flèche ci-dessus ?

Si on connaît pas la cible du tout car pas d'analogie, on fait un matching, qui nous permet d'obtenir un ligand et de regarder ses effets sur la cible sans la connaître.
Et justement, le matching c'est pour derrière fabriquer une molécule qui serait une "synthèse" de tous les caractères communs reliés aux propriétés pharmacologiques qui nous interessent présents sur chacune des molécules superposées, ou pour reprendre cette superposition de molécule en tant que telle comme ligand ?

Donc dans cette technique de conception assistée par ordinateur, je n'arrive pas très bien à savoir si on fabrique le ligand comme ce serait le cas (si j'ai bien compris) pour la RMN, ou si simplement on utilise les données du criblage afin de trouver le ligand approprié.

Voilà désolé pour ce long post j'ai essayé d'être le plus clair possible mais il est probable que je sois un peu embrouillé. Merci beaucoup en tout cas

[Lucastra-zeneca]

Salut (j'ai fait un avc devant ton post)

Si on a déjà la cible, on va seulement tester le ligand vis-à-vis de la cible. Ce n'est pas un nouveau tri, car quand on parle de "tri" c'est pour mettre en avant le fait de supprimer des molécules en dépit d'autres. Alors, qu'ici le but est de tester la capacité à se lier, faire des interactions, et être favorable pour le patient.

Si on ne connaît pas la cible, on fera un matching ! Alors que la protéine analogue doit avoir impérativement une analogie > 90% pour ré-optimiser la structure. Mais sinon, la finalité sera la même, car bon 90% c'est quand même assez proche.

Le but du matching c'est de superposer des structures qui auront un effet pharmacologique identique sur la cible, c'est "logique" dans le sens que si on ne connaît pas du tout la cible, on ne va pas s'aventurer dans des études inutiles et trop cher. Donc on va essayer de trouver des cibles similaires, qui vont avoir une grande similarité, et in fine toute cette structure ira interagir avec la cible.

Dans tous les cas cités ci-dessus, on me créer pas de structure. On prend seulement le tout dans les chimiothèques. Ça serait vraiment des études trop longues, et fastidieuse (des labos le font peut-être mais c'est carrément pas de ton ressort à ce niveau-là)

Les données du criblage sont, encore une fois, seulement utile pour effectuer un tri, donc on va prendre un ligand (parmi tout seul qu'on a éliminé) et on va faire a technique adaptée.

J'espère avoir bien répondu à chacun de tes doutes, sinon reviens ici pour comprendre un peu plus ?
J'ai essayé de répondre dans l'ordre de tes questions !

[Ja_Ottavj]

Rebonsoir ! (et désolé pour l'AVC , oublie pas tes AOD)
Déjà merci pour ta réponse détaillée est rapide !
Du coup :
La CAO on "conçoit" pas vraiment, juste on teste des ligands sur les cibles ? Et si oui en quoi cela peut-il être par conséquent considéré comme une source de molécule active ?
Pour le matching, je comprends pas trop : on cherche une structure pour la cible (pour tester un ligand dessus) ou pour le ligand ?

[Lucastra-zeneca]

Oui, pour la CAO on teste, c'est vraiment le but "suprême" ! et ce n'est pas considéré comme une source, mais plutôt comme l'établissement de la structure d'un composé chimique ! (ma fiche arrive asap, tout est clair)

Le matching on va superposer les structures des molécules qui ont un effet pharmacologique identique sur la cible. Et c'est cette structure qui va interagir avec la cible. Donc on cherche une cible, pour tester un ligand !

on est bon ?

[Ja_Ottavj]

Okay merci beaucoup pour ta réponse, ça commence à être plus clair, j'attends de voir avec la fiche pour être sur de tout bien comprendre, sinon je reviens vers toi
En tout cas encore une fois merci beaucoup