L'immuno-fluorescence induite permet de rendre l'ADN fluorescent. Notamment le DAPI et le Hoestsch qui se fixent uniquement sur l'ADN (bases A et T pour DAPI)
Il faut faire le distinguo entre le fait que l'hétérochromatine soit la partie de l'ADN qui est très condensée est donc qui aura une plus grande concentration de fluorochromes accrochés à elle (en gros : + de bases A et T par nm2 donc plus de DAPI par nm2 ) l'hétérochromatine apparaît bien plus colorée que que l'euchromatine (ADN décondensé).
En revanche Le fait que l'hétérochromatine soit très condensée EMPÊCHE le matériel à transcription (l'ARN) de venir copier l'ADN et donc l'activité génique y est très faible --> En gros y'a pas d'gènes transcrits dans les zones d'hétérochromatine.