amorces-primers-3'OH libre

[maribosome]

hello! je crois que je m'embrouille un peu et que j'ai pas tout saisis à propos de ces notions. En effet jusqu'à maintenant je croyais que amorces= primers= extrémités 3'OH libre mais en fait ≠extrémités 3'OH libre, ou du moins toutes les amorces n'apportent par une extrémités 3'OH libre, c'est ça? Pouvez vous me corriger ou confirmer la suite:

On a:
-QUE polymérase δ/ε qui nécessite une extrémité 3'OH libre
Et par contre:
-toutes les ADN polymérases qui nécessitent/travaillent à partir de primers/d'amorces (selon le cours de génétique PCR) ?

Ainsi il est vrai de dire:
-polymérase δ/ε nécessite une amorce
Faux de dire :
-toutes les polymérases nécessitent une extrémité 3'OH libre

Merciii les boss<3

[Biomol'ka]

Coucouu !

Dans le cadre de la réplication chez les eucaryotes, les ADN polymérase δ/ε nécessitent une extrémité 3'-OH qui leur sert de repère pour commencer à ajouter les désoxyribonucléotides complémentaires au brin parent. Cette extrémité 3'-OH est celle de l'amorce (primer en anglais ou matrice) d'ARN qui est ajoutée par l'ADN polymérase alpha.

Revenons-en à ton petit récap :

QUE polymérase δ/ε qui nécessite une extrémité 3'OH libre

Tu n'auras pas d'item aussi restrictif que ça parce qu'on ne connaît pas les propriétés de toutes les polymérases du monde en P1 (et heureusement). En revanche, si tu recoupes tes connaissances de biomol et de génétique, tu te rends compte que cet est item est faux car la taq polymérase aussi nécessite une extrémité 3'-OH libre. En PCR, tu utilises des amorces (=primers=matrices) d'oligonucléotides d'ADN lors de l'hybridation. Elles vont également donner une extrémité 3'-OH à partir de laquelle la Taq polymérase fait son élongation en ajoutant les désoxyribonucléotides complémentaires.

polymérase δ/ε nécessite une amorce

Oui absolument !

toutes les polymérases nécessitent une extrémité 3'OH libre

Le professeur ne pose pas ce genre de question mais à mon avis, c'est plutôt faux ! Rien qu'en regardant la fonction de l'ADN polymérase alpha (aussi appelée "primase") : elle insert l'amorce d'ARN sans avoir besoin d'une extrémité 3'-OH en amont.

Good ?

[maribosome]

ok pour moi, sauf pour les première et dernière réponses car:
pour la 1) dans les annatuts 2020-21 on a dans la partie "réplication du génome eucaryote":
QCM2 item "C) Toutes les polymérases nécessitent la présence d’une extrémité 3’-OH libre pour travailler"
--> la correction est "C) Faux : uniquement le cas de la δ/ε"
c'est justement ce qui m'a induite en erreur je pense alors car je suis d'accord avec toi dans les cours on dit que la Taq Polymérase a besoin d'une amorce.

Donc selon ce que tu me dis l'item est bien faux mais c'est sauf "δ/ε et la Taq polymérase" en fait, c'est ça?
Et amorce=primer=matrice=extrémité 3-OH

Pour la 3) Du coup si tu es d'accord avec amorce=extrémité 3'-OH alors la phrase du cours "toutes les ADN polymérases nécessitent/travaillent à partir de primers/d'amorces" contredit le fait de dire que "toutes les polymérases nécessitent une extrémité 3'OH libre" est faux. Après c'est une phrase de génétique donc c'est peut être pour ça...


Merciii

[Biomol'ka]

Oui effectivement dans tout ce que tu me décris, ce sont des imprécisions car les notions se recoupent entre biomol et génétique.

En revanche, le professeur ne donne pas ce genre d'item aussi restrictif. Donc il ne faut pas t'embêter avec ça.

Ceci étant dit, par contre, si le professeur te donne cet item par exemple : "L'ADN polymérase nécessite une amorce d'ARN pour la réplication", il faut compter VRAI même s'il ne précise pas que c'est δ/ε. En général et tu l'auras remarqué tout le long des cours de biomol, quand on dit "ADN polymérase", implicitement on parle de δ/ε.

C'est bon pour toi ?

[maribosome]

ok ça marche merci!