DPNI

[SATOR]

Salut,
J'ai du mal à comprendre pourquoi on qualifie le DPNI d'analyse quantitative et non pas qualitative car à partir du moment ou il y'a un séquencage on peut connaitre les séquences de nucleotides mutées ou autres non ?
Merci !

[Nom_de_Zeus!]

Hey !

Justement le NGS n'a pas toujours pour but de déterminer une séquence nucléotidique, comme c'est le cas dans le DPNI où on l'utilise dans un but quantitatif et non qualitatif !

Tu ne détermines pas la séquence de ton ADN foetal circulant (il n'y en a pas assez pour ça), tu veux juste déterminer si il y a trop de fragments en provenance d'un chromosome 13, 18 ou 21 parmi tous ces ADN foetaux pour diagnostiquer une éventuelle trisomie !

Les fragments d'ADN provenant du sang maternel, qu'on appelle des "reads", sont séquencés puis alignés sur le génome de référence via des algorithmes de bioinformatique. On obtient alors un fichier contenant la liste des reads associés à leurs positions sur le génome. C'est à dire qu'à chaque fragment séquencé, son chromosome lui est associé !

Une trisomie 21 se caractérise par un excès de reads s’alignant sur le chromosome 21. Pour mesurer cet excès il nous faut des valeurs de référence obtenues chez des femmes enceintes témoins dont le fœtus est sain. Avec un nombre suffisant de témoins, la moyenne et l'écart-type du nombre de reads par chromosome sont calculés, et on obtient ainsi un point de comparaison !

Le NGS nous permet juste de savoir à quelle portion de quel chromosome correspondent nos reads mais on ne les séquence pas intégralement !

[SATOR]

Ah je vois merci beaucoup !