Le Guide pour bien débuter la LAS : Ici

Tutoriel Forum : Ici

Planning des Séances Tutorat et EB : ICI !
Errata : Séances Tutorat et EB, Annatuts, Ronéos
Centres de Téléchargement : ICI !
Réponses des Profs : ICI !
Annales : Achat, Corrections Officieuses
Annatuts : 2025-2026, Sommaire
MCC 25/26 : ICI
Candidature MMOPK : ICI
Terminale Santé : ICI

RÉSULTATS EB 5 : Ici

Newsletter : ICI


Séquençage Wolfram

Règles du forum
Utilisez la fonction recherche (en haut à droite) avant d'ouvrir un nouveau sujet.
Soyez respectueux, et pour faciliter le travail des tuteurs, ne posez qu'une question par sujet puis passez-le en résolu après avoir reçu votre réponse.

Séquençage Wolfram

Messagepar chamou12 » 25 Mar 2018, 21:22

Rebonsoir! :mrgreen:

Alors, cette fois dans la fiche 2) page 12: on dit " Si on veut identifier le variant d’épissage, on va faire un séquençage des produits PCR obtenus précédemment. Mais on n’a pas d’autre choix que de séquencer nos deux allèles simultanément car les produits PCR sont mélangés ! "

Mais, si j'ai bien compris:
on va séquencer les 2 allèles du gène de la mère qui sont situés sur des chromosomes différents pour savoir lequel de ses allèles possèdent un site cryptique d'épissage. A partir de là, pourquoi séquencer les allèles simultanément , et ne pas faire 2 PCR différentes ? Ca nous éviterait de faire deux séquençages, car, on en éliminerait un des deux ( même poids moléculaire que la "référence), ou pas (si par exemple les deux allèles présentent un site cryptique d'épissage).
Et pour le père, on fait également un séquençage pour connaître la position de la substitution.
Merci beaucoup de votre aide!! Bonne soirée!
chamou12
Carabin Geek
 
Messages: 502
Inscription: 04 Aoû 2017, 18:55

Re: Séquençage Wolfram

Messagepar chamou12 » 25 Mar 2018, 21:41

chamou12 a écrit:Rebonsoir! :mrgreen:

Alors, cette fois dans la fiche 2) page 12: on dit " Si on veut identifier le variant d’épissage, on va faire un séquençage des produits PCR obtenus précédemment. Mais on n’a pas d’autre choix que de séquencer nos deux allèles simultanément car les produits PCR sont mélangés ! "

Mais, si j'ai bien compris:
on va séquencer les 2 allèles du gène de la mère qui sont situés sur des chromosomes différents pour savoir lequel de ses allèles possèdent un site cryptique d'épissage. A partir de là, pourquoi séquencer les allèles simultanément , et ne pas faire 2 PCR différentes ? Ca nous éviterait de faire deux séquençages, car, on en éliminerait un des deux ( même poids moléculaire que la "référence), ou pas (si par exemple les deux allèles présentent un site cryptique d'épissage).
Et pour le père, on fait également un séquençage pour connaître la position de la substitution.
Merci beaucoup de votre aide!! Bonne soirée!


Edit: alors je pensais avoir compris mais finalement non, car on fait bien une PCR avec l'adn du père et de la mère ensemble, je pensais que ces 2 PCR étaient faites distinctement, et que la PCR des 2K de la mère était faite ensemble. Mais du coup, quand on fait la PCR on se sert bien des 2K du père et des 2K de la mère pour savoir sur quel K la mutation porte non ?

Je ne sais pas trop si j'ai bien expliqué mon problème :( ..
chamou12
Carabin Geek
 
Messages: 502
Inscription: 04 Aoû 2017, 18:55

Re: Séquençage Wolfram

Messagepar Nom_de_Zeus! » 26 Mar 2018, 08:04

Hey ! :D

Alors je t'avoue que je ne comprends pas trop ce qui te pose problème :mrgreen:

Déjà tu dois comprendre qu'on va amplifier par PCR les allèles du gène WFS1 du patient, pas de de ses parents !
Dans le cadre du cours tu peux penser qu'on amplifie séparément le matériel génétique du père puis le matériel génétique de la mère, mais c'est uniquement pour que vous compreniez la logique de l'arbre généalogique et les modalités de transmission de la maladie (étant donné qu'elle est récessive c'est un peu plus compliqué)

On va donc faire une PCR avec le matériel génétique de notre patient, où effectivement l'ADN du père et de la mère se retrouve ensemble étant donné qu'on est en présence d'un allèle paternel et d'un allèle maternel :P

Quand tu fais ta PCR au fond peu importe de savoir pour le diagnostic de quel parent provient quel chromosome, tu peux toutefois le déterminer en faisant à part une PCR avec les deux allèles paternels et une autre avec les deux allèles maternels et on compare les résultats (ce qui a été fait dans la démarche du cours encore une fois pour votre compréhension mais ce n'est pas systématique en clinique)

Tu dois vraiment comprendre que tant qu'on a pas fait de clonage moléculaire les deux allèles du patient sont indissociables +++
Pourquoi ?
Tout simplement parce que quand on amplifie spécifiquement un gène on va le cibler avec des amorces précises caractéristiques d'un petit bout de sa séquence et uniquement de la sienne histoire de ne pas aller amplifier inutilement le gène d'à côté.

Sauf que quand on procède ainsi, on va certes arriver à isoler un gène, mais pas un allèle de ce gène car même s'il y a du polymorphisme entre allèles, la portion de séquence reconnue est tellement générale et semblable d'un allèle à l'autre qu'on va sélectionner les deux allèles du patient indifféremment !
L'appariement n'a pas besoin d'être parfait pour fonctionner même si quelques nucléotides de la séquence changent, la différence sera non significative et on va ainsi amplifier à la fois l'allèle paternel et l'allèle maternel du patient !

On peut même aller plus loin en affirmant que même lors du clonage, on peut séparer nos allèles en en mettant un seul par vecteur et un seul vecteur par bactérie, mais on est parfaitement incapable de savoir où est l'allèle paternel et où est l'allèle maternel, ce n'est que le séquençage final des produits PCR séparés qui nous permettra de les distinguer !

Voilà pourquoi on n'a pas d'autre choix que de tout amplifier et séquencer en bloc, c'est bon ? :)
                  :adn: Tut' Biologie Moléculaire & UE11 2017-2018 :adn:

                      <3 :rotfl: Ronéiste UE11 2017-2018 :desire: <3

                      Image
Avatar de l’utilisateur
Nom_de_Zeus!
Carabin No Life
 
Messages: 950
Inscription: 18 Sep 2015, 17:07
Localisation: Dans une DeLorean à Hill Valley

Re: Séquençage Wolfram

Messagepar chamou12 » 27 Mar 2018, 19:14

Hello hello hello!

Je me suis embrouillée toute seule :disapointed: shame on me, du coup désolée de t'avoir fait travailler!
Merci beaucoup beaucoup beauuuuuuuuuuuuucoup pour tes réponses super complètes autant ici que pour le S1! <3

Bonne soirée!
chamou12
Carabin Geek
 
Messages: 502
Inscription: 04 Aoû 2017, 18:55


Retourner vers Cours



Qui est en ligne

Utilisateurs parcourant ce forum: Aucun utilisateur enregistré et 0 invités