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Séquences illisibles

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Séquences illisibles

Messagepar luciférase » 06 Avr 2018, 14:22

Salut ! :)
Il y a quelque chose que je ne comprends pas, et c’est un peu compliqué à formuler j’espere m’en sortir :P
Je comprends bien pourquoi au moment de séquencer le gène WFS1 on va se retrouver avec une séquence illisible, les signaux de la séquence du père et celle de la mère vont se superposer. Parce contre je ne comprends pas pourquoi c’est seulement dans ce cas là (quand une séquence est plus longue que l’autre) que le problème se pose.
Quand on séquence un gène pour trouver une mutation avec la méthode de Sanger automatisée, même si les 2 fragments ont la même taille on va forcément se retrouver avec des superpositions, étant donné qu’on aura pas les mêmes allèles pour un gène donné donc pas les mêmes signaux pour une position nucleotidique donnée. Du coup est ce qu’il y a un truc que je n’ai pas bien compris, ou alors est ce que tout simplement on est obligés de faire du clonage moléculaire a chaque fois qu’on fait du sequencage pour séparer allèle paternel et allèle maternel ?

Merci ! :)
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Re: Séquences illisibles

Messagepar louuu » 07 Avr 2018, 20:36

Hello !

Alors je t'avoue que je suis pas super sure d'avoir compris ton problème ...
Donc je vais essayer de t'expliquer ce que je pense que t'as pas compris, si c'est pas bon dis moi !

Tu as fais ta PCR et tu veux identifier ton variant d'épissage. Sauf que de façon immédiate, on peut pas séparer les 2 allèles, et vu qu'ils sont différents il y a une superposition des signaux. Donc pour les séquencer chacune séparément, t'es obligé de les séparer et donc de faire du clonage (donc oui pour séquencer séparément faut faire un clonage de façon systématique).

En fait pour tout ça, savoir ce que tu fais dans quelle situation, faut se référencer au gros schéma récap :
Capture d’écran 2018-04-07 à 21.26.42.png


Du coup tu vois que quand tu recherches DES mutationS dans UN gène ciblé et que d'identifie un variant dépissage, la suite c'est le clonage.

Par contre j'ai pas trop compris le lien avec Sanger du coup ... Sanger c'est juste la référence qui va te permettre de vois si tout est en ordre ou pas, et si y a une mutation la lecture va être décalée aussi (comme dans l'exemple p5 de la fiche 2).

J'aimerais bien t'aider plus mais la je t'avoue que je comprends pas trop ce que tu veux savoir avec le Sanger la :/
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