Hey !

En fait ça n'a strictement aucun rapport

On séquence le brin codant d'ADN, étant donné que l'autre est son complémentaire on peut déterminer sa séquence tout seuls mais ça n'a aucun intérêt, on ne va pas s'embêter à séquencer deux brins complémentaires étant donné que si on trouve l'un, on trouve forcément l'autre par complémentarité

Le fait d'être homozygote ou hétérozygote se détermine en séquençant les deux allèles du patient pour un gène donné, mais pas les deux brins du patient pour un allèle donné (chaque allèle étant une version d'un gène, donc de l'ADN, donc constitué de deux brins, un brin codant et un brin matrice)
On séquence donc bien un brin (le brin codant) par allèle, mais on séquence les deux allèles, donc on séquence au final deux brins par gène (puisqu'un gène s'exprime en règle générale sous la forme de deux allèles chez un individu)
L'ADN qui migre sur ton électrophorèse est double brin (on n'a aucun intérêt à ne faire migrer qu'un brin vu que ce n'est pas du séquençage et que les fragments sont au préalable digérés par des enzymes de restriction)
Effectivement tes allèles sont mélangés sur le gel, tu as les deux allèles du patient par puits que tu récupères ensuite pour les séquencer !
En fonction du nombre de fragments et de la stratégie utilisée avec les enzymes de restriction tu détermines le génotype de l'individu que tu confirmes ensuite par séquençage !
On récupère donc les deux allèles sur le gel et on les séquence APRÈS l'électrophorèse !
Je ne sais pas si ça répond à ta question, ton message est embrouillé et je ne vois pas du tout où tu veux en venir...