Dépistage trisomie

[Mrs Holmes]

Salut

Dans le dernier cours la prof dit qu'on peut utiliser le NGS pour faire un dépistage de trisomie, et dans un autre cours elle dit qu'on peut utiliser la PCR en temps réel pour déterminer le nombre de copies d'un gène. Du coup si dans un QCM on nous demande quelle technique utiliser pour faire un dépistage de trisomie chez un foetus, les 2 (NGS et PCR en temps réel) seraient à compter juste ?

[Nom_de_Zeus!]

Hey !

Tu peux utiliser la PCR en temps réel pour déterminer le nombre de copies d'un gène isolé, en gros tu connais déjà le gène dont provient le matériel génétique tu veux juste savoir en quelle quantité il est représenté !
Tu as au préalable isolé la région d'intérêt que tu veux quantifier, alors que lors d'un DPNI tu récupères tout l'ADN foetal circulant provenant de plusieurs chromosomes et l'intérêt est de déterminer l'origine chromosomique ainsi que la quantité de chaque fragment, on a donc besoin de séquencer quelques nucléotides de chaque read pour pouvoir l'attribuer à un chromosome et identifier ainsi par rapport à des courbes de référence une éventuelle surexpression des gènes d'un chromosome, et par conséquent une représentation en excès de ce chromosome (qui correspond donc à une trisomie)

Tu ne peux donc pas utiliser la PCR en témoigne réel pour diagnostiquer une trisomie !

Retiens que :
- PCR en temps réel => quantification d'une seule région d'ADN déjà isolée (aspect quantitatif)
- NGS => identification des reads correspondant à plusieurs régions mélangées et attribution à chaque chromosome (aspect qualitatif) + quantification (aspect quantitatif)

C'est bon ?

[Mrs Holmes]

Donc théoriquement, est-ce qu'on pourrait isoler un gène appartenant au chromosome 21 par exemple et déterminer le nombre de copies de ce gène ? Et si on compte 3 copies au lieu de 2 on peut poser un diagnostic de trisomie ?

[Nom_de_Zeus!]

Non tu ne peux par dire ça c'est impropre il n'y a pas suffisamment de matériel génétique pour isoler un gène, surtout qu'on a que des fragments on n'a aucun gène entier dans le plasma...

En fait on a des courbes de Gauss nous permettant de savoir combien de fragments par chromosome sont censés être normalement présents dans le plasma et comme on a suffisamment de nucléotides pour identifier un gène mais pas pour faire un séquençage complet et qu'on sait sur quel chromosome ce gène est, on peut répartir la quantité totale de matériel génétique récupérée entre les différents chromosomes c'est surtout ça qui nous intéresse, d'attribuer chaque fragment à un seul chromosome on se fiche d'isoler un gène puisque de toute façon on ne pourra pas le séquencer on n'a pas un échantillon assez conséquent pour ça

Tu ne vas par avoir trois copies d'un gène quand tu diagnostiques une trisomie même si c'est un peu l'idée, tu vas avoir plus de fragments d'ADN en provenance du chromosome 21 par exemple, tu seras au dessus de la norme d'après les études statistiques

Tu ne vas donc pas isoler de gènes car il n'y a pas de gène intact dans le plasma, que des fragments, mais tu vas séparer les reads et les assimiler chacun à une portion de gène et par conséquent à un chromosome !

[Mrs Holmes]

D'accord j'ai compris, merci beaucoup pour tes explications détaillées et efficaces !