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Amplification PCR en émulsion : sphère

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Amplification PCR en émulsion : sphère

Messagepar Oxana » 05 Mai 2018, 08:03

Saluut!

Dans les étapes de l'amplification je n'arrive pas à comprendre le rôle de la sphère ; pourquoi on utilise une amorce complémentaire afin de faire une élongation à partir de la sphère ?
Enfaite j'ai pas tellement de question clair vu que je comprend pas ? @@

Merci d'avance
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Re: Amplification PCR en émulsion : sphère

Messagepar Nom_de_Zeus! » 06 Mai 2018, 09:59

Hey ! :D

Bon je vais pas te refaire tout le cours, retiens qu' on a besoin de sphères parce que le séquençage se fait dans les puits d'une puce

L'intérêt du NGS est double :
- On séquence des fragments différents simultanément
- On séquence un même fragment plusieurs fois (c'est l'idée de la profondeur de l'analyse informatique, une même séquence est lue plusieurs fois car on génère plusieurs reads)

Du coup comment on peut faire pour lire une même séquence plusieurs fois Jamy ? :question:
En effet quand on a séquencé une fois un brin on a synthétisé le complémentaire de la matrice et du coup on a un double brin et à moins de le redénaturer (ce qui est très pénible on va pas se mentir) on ne peut par refaire de lecture...

Du coup on a trouvé une solution: on séquence plusieurs brins correspondant tous à la même séquence mais pour ne pas s'éparpiller et avoir des résultats ininterprétables, on a du trouver un moyen de tous les rassembler au même endroit pour grouper la lecture: cette solution est de fixer toutes les copies d'une même séquence à une sphère !

Deuxième intérêt des sphères lié au deuxième intérêt du NGS: séquencer plusieurs brins différents simultanément

Il a fallu s'arranger pour avoir un seul milieu réactionnel pour centraliser toutes les réactions (ça prendrait trois plombes sinon et on serait morts avant d'avoir eu le résultat) du coup on utilise une puce avec plein de puits et on met une sphère spécifique d'un fragment par puits, on ne s'occupe plus de rien et on a directement le résultat #gaindetemps

C'est bon ? :)
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Re: Amplification PCR en émulsion : sphère

Messagepar Oxana » 06 Mai 2018, 13:57

Oui mercii!
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