Déterminer les séquences des amorces d'amont et d'aval

[Sachacetabulum]

Salut !

J'ai eu du fil à retordre avec cette partie du premier cours mais aujourd'hui, je pense avoir compris ! Mais je n'en suis pas sur... Voilà comment j'ai raisonné :

Séquence à amplifier :

5' - GTACCGTCGATGCTATGC // TACGCTTGGTAACTGCTTA - 3'

Amorce d'amont : 5' - GTACCGTCGATGCTATGC - 3'

Amorce d'aval : 5' - TAAGCAGTTACCAAGCGTA - 3'

Pour trouver ceci, j'ai procédé de cette façon :

5' - GTACCGTCGATGCTATGC // TACGCTTGGTAACTGCTTA - 3'
aaaaaaaaaaaaaaaaa;aaaaaa3' - ATGCGAACCATTGACGAAT - 5'

5' - GTACCGTCGATGCTATGC - 3'
3' - CATGGCAGCTACGATACG // ATGCGAACCATTGACGAAT - 5'

(Désolé pour les lettres en blanc, c'était pour que les séquences complémentaires soient bien les unes en face des autres )

Du coup voilà comment j'ai procédé pour trouver les amorces, est-ce que je l'ai fait correctement ?

Merci d'avance

[BATman]

salut

pour trouver les amorce tu dois trouver une sequence complémentaire aux séquences affiché
donc ici :
- la séquence de l'amorce d'amont est la séquence en face de la bleu, (3' - CATGGCAGCTACGATACG -5'), tu as peut être fais une erreur ?
- la sequence de l'amorce d'aval est bien la rouge (5' - TAAGCAGTTACCAAGCGTA - 3')

ATTENTION : Au sens 5'-3', tu y as fais attention, je te félicite !

[Sachacetabulum]

Ah d'accord ! Mais sinon, autres questions :

Est-ce qu'amorce est synonyme de primer ? Si oui, peut-on parler de primer pour l'amorce d'aval aussi, ou seulement pour celle d'amont

Quelle est la différence entre borne d'amont/d'aval et amorce d'amont/d'aval

Désolé pour toutes ces questions, mais je suis pas sur d'avoir compris cette notion...

Merci d'avance !

[Sachacetabulum]

Up

[BATman]

Salut
Oui amorce est synonyme de primer et inversement
L'amorce d'amont est l'amorce de départ, c'est la où vas commencer la synthèse du nouveau brin d'ADN,
L'amorce d'aval est celle qui indique la fin de la synthèse de l'ADN

en positionnant l'amorce d'amont et d'aval, ça permet de séquencer une séquence précise se trouvant entre les deux

[Sachacetabulum]

Okay ça marche ! Merci pour ta réponse