profondeur et couverture

[Carrie]

Bonjour,
Je voudrais être sûre de bien saisir la définition de la profondeur de lecture et la couverture. En gros profondeur = chiffre et couverture = % ? Du coup (aussi pour être sure) le NGS permet dans le cas de la DPNI une analyse quantitative ?
Merci d'avance !

[AnNévrisme]

Coucou,

Alors profondeur c'est le nombre de fois qu'un même nucléotide du brin à été lu
Et la couverture comme tu dis c'est le pourcentage de la séquence d'intérêt qu'on a réussi à séquencer (c'est une valeur donnée pour une profondeur de lecture donnée)

Ex: si je te dis que pour un brin de 100pb j'ai une profondeur de 40 et une couverture de 70% ça veut dire que j'ai pu séquencer 70pb et que chaque basés à été lue 40 fois !
Dans cette exemple:
Couverture : j'ai lu de la position 30 à 100
Profondeur : La position 80 à été lue 40 fois et on a obtenu 40fois que c'était un A

C'est plus clair ?