Méthode des bols

[mama]

Bonjour à tous, j'aurais voulu avoir un ptit coup de main pour reussir a appliquer la méthode des blos sur des cas plus compliqués que ceux vus en cours. Par exemple :
QCM (2009) :
Calculer le pHi du peptide suivant: K I N D E R
on donne les pKa suivants:
Lysine: 2,2/9,6/10,5
Isoleucine: 2,4/9,7
Asaparagine:2/8,8
Glutamate:2,2/4,3/9,6
Aspartate:2,1/4/9,8
Arginine:2,3/9,5/12,5

Merci ça m'aiderais pas mal

[Debo]

C'est pas tellement plus compliqué que ce qu'on vous a fait,
y'avait déjà 6 bols...
T'as vraiment essayé de refaire de la même façon ?

Suis le guide :
1) Cherche le nombre de fonctions ionisables.
2) Fais autant de bols.
3) Mets les pKa correspondants au fond des bols (par ordre croissant).
4) Mets-toi à pH très acide (pH = 1),
et vois comment serait chargée chaque fonction (+1 0 -1).
5) Quelle est alors la charge nette du peptide ?
Ecris ce chiffre en haut à gauche du bol le plus à gauche.
6) A chaque croisement de bol, la charge est diminuée de 1.
(Si ta charge nette à pH = 1 était +3, elle est de +2 entre le 1° et le 2° bol les plus à gauche).
7) Quand tu arrives à charge nette nulle, tu t'arrêtes.
Tu regardes les pKa au fond des bols juste à gauche et à droite.
8 ) Tu fais la moyenne des 2 : c'est ton pHi.

N'oublie pas NH3+ et COO- quand tu comptes tes fonctions ionisables.

Quand tu auras trouvé ton pHi, dis-moi quelle est la charge nette de la forme maj à pH = 10.
Mais si tu galères avant, demande au fur et à mesure.

++

[nouchka]

On a pas vu la méthode des bols nous et on a pas fait d'exercices en cours. C'est quoi? Ca sert à quoi?
Il y aura ca lundi?
merci

[Loulou nissart]

Voila la correction

C'est important de savoir calculer le pHi d'un peptide.

[Charly]

Correction de la question 9 du concours blanc de la tut rentrée 2009 en biochimie
Méthode des bols.
- Déterminer le nombre de groupements
ionisables → ici, on a : les extrémités Nterm
et C-term de la protéine ainsi que
les chaînes latérales de K, D, E et R.
- Définir la charge globale du peptide à pH
13 → ici, le peptide à une charge globale
de -3.
•N-term = -1 •C-term = 0
•K = -1 •R = -1
•D = 0 •E = 0
Il y a 6 groupements ionisables, on dessine
donc 6 bols. On place au dessus de l’axe,
dans l’ordre croissant, les différentes
charges du peptide. On place ensuite, en
dessous des bols, les pKa correspondants
aux changements de charges de ce peptide.
(Ex: a pH<12,5, la fct° amine de la chaîne lat
de R est sous la forme NH3+ et non plus
NH2, la charge du peptide devient alors -2).

On effectue la moyenne pondérée des 2 pKa
entourant le point isoélectrique .D’où un pHi
de (9.6+4.3)/2=6.95

[Debo]

Comme Charly, on peut aussi déterminer la charge nette du peptide à pH très basique (pH = 13).

"On place au-dessus de l'axe, dans l'ordre croissant, les différentes charges du peptide."
Dans l'ordre croissant (de -3 à +3) en allant de gauche à droite,
à condition de mettre les pKa les plus basiques au fond des bols les plus à gauche.

Ou sinon, on peut faire comme on vous l'a montré,
c'est à dire exactement l'inverse mais qui revient exactement au même.

++

[Bimbadaboum]

Avis aux tuts de Bioch, jai pas trouvé le sujet du CB. En tant que primant j'avoue que ca maiderait de l'avoir pour m'entrainer ^^
voila merci d'avance =)