pKa

[mimilamouse]

Salut !

Petite question = c'est normal que les pKa de Nt et de Ct varient selon l'aciide aminé dont on parle ??

Merci !

[Alex Kaisui]

oui c'est normal, mais retiens surtout que, en gros, pKa(NH3+)=9 et pKa(COO-)=2, de toutes façons les pKa sont généralement indiqués lors des QCMs où on en a besoin ^^

[Bimbadaboum]

Petite question au passe histoire de pas ouvrir un autre sujet : Est il necessaire pour le concours de connaitre les formules de la pyrrolysine ainsi que celle de la selenocysteine ?

[Alex Kaisui]

Bah l'année dernière Mengual les avaient juste évoquées mais n'avait même pas donné les noms, là on les au complet, mais après il n'est pas resté là-dessus aussi longtemps que pour les autres protéines, sûrement parce qu'elles sont chez les bactéries... Quoi qu'il en soit elles sont dans le cours, donc contente toi de savoir à quoi elles ressemblent et comment elles sont formées et tout ira bien =)

Au passage la Sélénocystéine est vraiment loin d'être dure à retenir si tu connais la Cystéine, et la pyrrolysine c'est une lysine avec un noyau pyrrol quoi ^^

[spardaspirit]

"de toutes façons les pKa sont généralement indiqués lors des QCMs où on en a besoin ^^"

J'ai justement un ennui avec ces pka :
Pour la plupart lorsqu'ils sont donnés au nombre de 3 on sait que le premier correspond au COOH et le dernier au NH3+...
MAIS, j'ai lu que des exceptions existaient blablabla...
Bref, j'aurai voulu connaître le moyen de savoir quelle fonction avec quel pka ; pour me faire comprendre voici un petit exemple : On donne les pka de l'aa X : 2;7;9 La plupart du temps on sait quelle fonction est reliée à quel pka (2 pour le cooh 7 pour Rlat et 9 pour nh3+)? cela dit dans le cas ou un aa porte deux fonctions Nh3+ on fait comment pour savoir quel pka correspond à la chaine lat (dans le cas ou un peptide intègre à l'intérieur de sa chaîne un Y R K) ?

Voilà j'espère avoir été assez clair dans ma question :S

[Alex Kaisui]

là aussi c'est pas compliqué : les AA avec un NH_x⁺ en chaîne lat auront pour pKa 6,0 (H), 10,5 (K) et 12,5 (R) tandis que le NH₃⁺ du tronc commun sera à environ 9 ^^ en fait il faut connaître l'ordre de grandeur du pKa des chaînes lat

[mama]

"Pour la plupart lorsqu'ils sont donnés au nombre de 3 on sait que le premier correspond au COOH et le dernier au NH3+..."

Si je comprends bien si on a un choix de 3 pka pour un AA, le plus petit correspondra au COOH et le plus grand au NH3+ ?
En fait j'ai du mal a calculer le pHi d'un peptide, d'un seul AA oui mais pas d'un peptide pck je sais jamais quel pKa prendre pour chaque AA...

[Debo]

Les pKa des fonctions acide carboxylique et amine de TOUS les AA sont ENVIRON 2,3 et 9,6.
Ce n'est donc pas toujours le plus grand pour l'amine :
ex des AA basiques K et R, où le pKa de la chaîne latérale est le plus grand.
pour K : 2,3/9,6/10,5
pour R : 2,/9,6/12,5

Pour les AA à chaîne latérale NON ionisable, tu n'as que 2 pKa (2,3 et 9,6).
Pour ceux à chaîne latérale ionisable (C Y D E K R H), tu en as 3 (2,3, 9,6 et un autre).
Quand tu as un peptide, tu n'as qu'à prendre les pKa des chaînes latérales de ton peptide
et pour les pKa de la fonction amine en N-term et de la fonction acide carboxylique en C-term,
prends ceux donnés pour les AA en N-term et C-term.

ex : ANAKINE
et on te donne
A : 2,3/9,7
E : 2,2/4,3/9,7
le pKa de l'amine en N-term est 9,7, et celui de l'acide carboxylique en C-term est 2,2

Tu peux calculer le pHi du peptide :
A : 2,3/9,7
N : 2,2/9,1
K : 2,2/9,0/10,5
I : 2,4/9,7
E : 2,2/4,3/9,7


++

[mimilamouse]

Le pHi du peptide ANAKINE c'est : (9.7 + 4.3)/2 ?

[mimilamouse]

s'il vous plait ??

[Loulou nissart]

oui c'est ça.

[mimilamouse]

Mercii