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Hybridation spontanée des extrémités


Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar violette » 17 Avr 2011, 14:08

Salut,
Ronéo 1 p4, il est dits que les coupures peuvent être de 2 types:
- coupure a bord franc :arrow: pas d'hybridation spontanée
- coupure a bord cohesif :arrow: il peut y avoir des hybridations spontanées
et p9 il est dit qu'au contraire quand une Enzyme laissse
- des extrémités cohésifs des deux cotés :arrow: il n'y a pas d'hybridation spontanée
- des bords francs des 2 cotés :arrow: il y a hybridation spontanée
j'ai marqué la même chose dans mes notes, c'est quoi qui est juste??
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar violette » 17 Avr 2011, 17:47

en fait j'ai compris!
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar -Alexis » 17 Avr 2011, 21:08

Salut !

Moi j'ai pas compris et je veux bien une explication, parceque ce que j'ai du cours moi c'est bords francs=>recombinaison spontanée possible et bouts cohésifs=> pas de recombinaison spontané possible. Ce qui me semble archi faux et en contradiction avec le bouquin qu'elle a donné comme référence !

Alors si tu veux bien me faire part de ton illumination, je prends! ^^ Merci !
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar violette » 18 Avr 2011, 11:02

il faut que tu prennes en compte que pour assembler 2 bouts cohésifs tu n'a pas besoin de Ligase pour assemblée vecteur/insert, l'association est alors spontanée !
pour les bouts francs, tu as besoin d'une ligase d'où il n'y a pas d'association spontanée
MAIS cette ligase peut fermer le vecteur tout seul ou avec l'insert => il peut y avoir une HYBRIDATION spontanée par l'intermédiare de la Ligase!
dis moi si je suis pas trop claire, mais le mot qui fait tout comprendre c'est : LIGASE ^^, j'ai compris ca quand j'ai réussit a me procurer les photos des diapos...
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar -Alexis » 18 Avr 2011, 18:51

Es-tu sûre de ta définition de hybridation/association ? Pour moi c'est la même chose et c'est le "spontané" qui est important. Spontané => association (ou hybridation) sans avoir besoin d'une ligase) et non spontané => besoin d'une ligase.

Merci !
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar violette » 19 Avr 2011, 12:22

oui hybridation/association c'est la même chose, pour l'explication dans la ronéo du rôle de la ligase il n'y a aucune allusion d'hybridation SPONTANEE, on parle juste d'hybradation vecteur/insert à l'aide de la ligase ou non... je me suis embrouillée toute seule en associant le mot SPONTANE, vérifie p9 de la ronéo.
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar -Alexis » 19 Avr 2011, 13:48

OK, bon. Je reverrai ca. Mais ca ne m'a pas l'air en accord avec leur bouquin... Je reposterai peut-être après de plus grosses recherches.
Merci !
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar léo » 19 Avr 2011, 14:55

wow wow wow,

Reprenons tout doux:

Tout d'abord
Hybridé = 2 simples brins qui ont des séquences complémentaires : ils se collent.
Associé = aucune définition précise en génétique, utilisé au même titre que hybridé

Ensuite,
p4: on parle des bords que peuvent laisser les enzymes après digestion : 2 possibilités selon que l'enzyme coupe les deux brins face à face ou décalé:
1.
_______ _______________
_______________ _______
OU 2.
_______ _______
_______ _______
dans le cas 1 : les brins sortants vont pouvoir se réhybrider avec une séquence complémentaire (quelle qu'elle soit) parce que elle a des nucléotides tous seuls qui ne demandent à trouver un copain.
dans le cas 2. : aucune hybridation possible avec quoi que ce soit puisque chaque nucléotide a son copain.


p9: on parle des possibilités d'interraction entre vecteur et insert, après digestion par des enzymes identiques et différentes: je reprends l'ordre de la ronéo:
(vert=insert ; rouge=vecteur)

1.vecteur et insert ont tous les deux des brins sortants des deux cotés, et ayant été digéré par les mêmes enzymes, on a une complémentarité parfaite entre vecteur et insert (attention, pas obligé d'être digéré par les mêmes enzymes pour les deux extrémités: c'est pour ca que les brins sortants sont différents sur mon schéma)
...________ _______________________________________ ___________ ...
..._______________ ________________________ _____________________ ...

2.d'un coté vecteur et insert sont bords francs et de l'autre, V et I ont des brins sortants: comme tout à l'heure les brins sortants s'hybrident, ce qui met face à face les brins francs de l'autre extrémité: ils peuvent être reliés par une ligase.
..._______ ____________________ _____________...
..._______________ ____________ _____________...

3. Les deux brins sont bords francs des deux cotés: là aucune hybridation possible puisque pas de simple brin. par contre grace à la ligase on va pouvoir les coller. un problème se pose: il n'y a aucune spécificité, et le vecteur a plus de chance à se recoller directement apres digestion que d'attendre gentiment qu'un insert vienne s'intercaller. On faut donc l'astuce décrite dans la ronéo.
..._______ ____________ _____________...
..._______ ____________ _____________...



POUR CONCLURE:
p9 on ne disait pas du tout :
violette a écrit:- des extrémités cohésifs des deux cotés :arrow: il n'y a pas d'hybridation spontanée
- des bords francs des 2 cotés :arrow: il y a hybridation spontanée


Il manque juste un truc dans la ronéo pour éviter la confusion
ronéo p9 a écrit: ->les enzymes laissent des bords francs des deux cotés : problème ! car la ligase a plus de probabilité de refermer le vecteur sans insert



J'espère que ca va, demandez si ca va pas :)

L.
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar violette » 19 Avr 2011, 19:30

merci pour ce récapitulatif, pour ma part je crois que tout est clair, je m'étais pas mal embrouillée mais là j'ai compris la logique!
MERCI! :D
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Re: Hybridation spontanée des extrémités

Messagepar -Alexis » 19 Avr 2011, 20:36

Parfait !
Pour ma part j'avais pris en note que "les vecteurs ouverts avec des extrémités ont plus e chance de se refermer sans insert" mais je ne comprenais pas pourquoi puisque je pensais qu'on sous-entendait "sans ligase"...
Donc merci beaucoup !

Pour le cas 1 de la page 9 on enlève carrément un bout du vecteur (entre les deux points de digestions enzymatiques) et on y insère notre insert c'est bien ca?

Si on ouvre notre vecteur avec une seule digestion (je suppose que c'est possible en pratique, si ca ne l'est pas, pas la peine de répondre à la question!) non-franche, est-il possible qu'il se referme spontanément (sans ligase) sur lui-même sans avoir inséré quoi que ce soit? => http://dl.free.fr/oytbHxQPH

Merci beaucoup !
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