séquence lue par la NGS

[Nova]

Bonjour,

Comme lors d'un tutorat on nous a demandé de retrouver la séquence amplifiée par PCR (lue grâce à l'électrophorèse), je voulais être sûre de pouvoir retrouver cette séquence avec les techniques NGS Illumina ou ThermoFisher, je m'explique ^^:

- sur l'électrophorèse, on lit la séquence complémentaire, donc la séquence amplifier est "l'inverse".
- pour illumina : puisqu'on ne garde sur le flow cell uniquement les brin sens, lors du séquençage on aura donc une information sur la séquence complémentaire ? Donc à nous de retrouver la séquence amplifiée ?
- pourThermoFisher : comme on doit faire 3 élongations pour avoir notre ADN amplifié sur la sphère, on se retrouve avec une séquence complémentaire fixée sur la sphère, c'est bien ça ? Donc lors du séquençage c'est directement la séquence qu'on cherchait à amplifier qui sera transmise ?

J'espère que je suis assez claire , peut-être que je me prend la tête pour rien aussi

En tout cas, merci d'avance pour vos réponses

[Nucléodrey]

Hello,

Alors à chaque fois le séquençage donne la séquence complémentaire mais par informatique on retrouve la séquence initiale. Je pense pas que ce sera donné de cette façon à par pour l'éléctrophorèse mais sinon il y a peu de chance quand même.
J'ai vérifiée sur la ronéo mais avec thermofischer, tu obtiens de l'ADN double brin sur la sphère donc les 3 élongations successives ne changent rien.

Après à part pour l'électrophorèse, les résultats sont convertis par ordinateur donc à voir comment est tourné le qcm mais si on vous donne la séquence d'un variant isolé par NGS à étudier, il ne faut pas prendre la séquence complémentaire systématiquement non plus...

Bonne soirée
Audrey

[Nova]

Ok merci !