Bonjour,
En fait tout dépend du pH auquel vous vous trouvez, et seules trois formes sont possibles pour les fonctions carboxyle et amine
branchées sur le carbone asymétrique des aa. (donc une de moins que celles que tu as donné youyou, mais ce n'est pas dramatique, tu vas comprendre) Je m'explique :
- la
fonction carboxyle (Cterm) d'un aa a un
pKa d'environ 2 ou 3 selon si l'aa est considéré tout seul ou à la fin d'une protéine : le pKa représente le pH auquel une fonction ionisable va changer de forme (passage de ionisée à non ionisée et vice versa). Donc :
à un pH très acide ( < 2 ou 3) cette fonction sera de la forme COOH (en gros imaginez que le milieu est blindé de H+ et que du coup le COO- va se faire une joie d'en capter un).
à un pH > 2 ou 3 cette fonction sera de la forme COO-
- le
fonction amine (Nterm) d'un aa a un
pKa de 8 ou 9. Donc :
à un pH < 8 ou 9 elle sera de la forme NH3+
à un pH > 8 ou 9 elle sera de la forme NH2
On a donc :
en dessous du pKa : forme protonée ; au dessus du pKa : forme déprotonée. Maintenant si on fait ça en fonction des fourchettes de pH possibles :
à pH < 2 ou 3 : on aura COOH et NH3+
à 2 ou 3 < pH < 8 ou 9 : on aura COO- et NH3+ : seule la fonction carboxyle a passé son pKa, c'est donc la seule à changer de forme.
à pH > 8 ou 9 : on aura COO- et NH2 : les deux fonctions ont passé leur pKa, elles ont toutes les deux changé de forme.
On voit donc que la forme qui n'est pas possible est NH2 / COOH, parce qu'il faudrait un pH > 8 ou 9 pour avoir cette forme de la fonction amine et un pH < 2 ou 3 pour cette forme du carboxyle. Vous comprenez donc bien que c'est impossible.
Pour les
chaines latérales des aa ionisables c'est pareil, la forme dépendra du pKa de la fonction qui se trouve sur cette chaine latérale, et du pH auquel on se trouve. Après je n'ai pas vu la ronéo 1 de bioch, donc je ne sais pas si le prof vous a donné ces pKa, qui sont propres à chaque aa.
Après pour ce qui est de la
liaison peptidique, l'explication la plus plausible que j'ai trouvé c'est que ce type de liaison se forme dans une cellule, donc théoriquement à pH physiologique donc dans les environs de 7. A ce pH on aura la forme COO-/NH3+ comme dans la diapo du prof avec l'alanine et la valine, et la molécule d'H2O formée sera constituée du O simplement lié au carbone de la fonction carboxylique et de 2 H de la fonction amine.
Voilà, j'espère que c'est assez clair et que ça éclaircit vos esprits
Bon courage !
par Battal » 28 Sep 2011, 13:12 
...
