Dm NGS QCM 3 6 7 10

[Guillaume83]

Bonjour
Je crois que Vous avez inversé la correction du qcm 3 pouvez vous me le confirmer ?
Le qcm 6 D c'est faux normalement
QCM 7 item A je pense que c'est ma faute mais je trouve pas où in dit dans le cours que le NGS est la méthode de séquençage la plus utilisé, pour moi elle ne l'est pas car on a pas toujours besoin d'une méthode aussi puissante
Et QCM 10 est ce vous pouvez m'expliquer pour ces 2 items ?
A) C’est après un premier cycle PCR que le brin nouvellement synthétisé va se fixer sur la sphère magnétique
Celui là je comprends pas le sens de la phrase, pour moi si c'est comme illumina pour ce principe, dès le premier cycle le brin synthétiser sera fixer de manière covalente (j'ai bien compris que c'est pas illumina mais comme j'ai pas vu dans le cours j'essaye de faire de la logique)
C) L’extrémité 5’ de notre ADN est biotinylé
J'ai vu dans un schéma que on parle de 5' biotinylé mais je croyais que l'ARN biotinylé se fixait sur notre séquence d'intérêt qui elle n'est pas forcément en 5'
D) Le fait de rajouter des billes magnétiques recouvertes de streptavidine nous permet de faire la différence entre les micro-réacteurs ayant un fragment d’ADN de ceux qui n’en avait pas
Cette item je comprends vraiment pas car tes billes magnétiques elles vont faire la diff avec les microréacteurs qui ont un adn+ Arn biotynilé pas juste de l'adn dans le micro réacteurs puisque c'est l’interaction biotine-strep
Merci de ta réponses

[Stabilo'drey]

Coucou !

QCM 3 : oui c'est une errata, je suis allé la noter

QCM 6 : pareil c'est une errata, merci je vais vite la noter (désolé pour ça...)

QCM 7 : Alors oui on utilise pas toujours la NGS, par exemple pour l'achondroplasie on fait toujours encore aujourd'hui une PCR RFLP. Cela dit, la NGS est de plus en plus utilisé parce que c'est une méthode rapide, efficace et où on peut analyser l'ADN de plusieurs patients. Donc aujourd'hui on utilise en très grande majorité la NGS même si les autres méthodes peuvent encore être utilisés dans certains cas précis.

QCM 10
Item A : Alors c'est vraiment différent entre ThermoFisher et Illumina, donc faut pas les comparer pour cette question. Quand t'as ton brin d'ADN, le brin se fixe à la sphère métallique après que le brin initial ai eu 2 cycle PCR. Le premier cycle tu fais une élongation qui permet de rajouter la séquence qui sera ensuite sur la sphère métallique. Et 2e cycle l'élongation te permet de rajouter de la biotine au bout de ton ADN. C'est uniquement après ces 2 étapes que le brin va se mettre sur la sphère métallique.

Item C : Attention on ne parle pas d'ARN biotinylé pour ThermoFisher, mais uniquement de biotine. Dans la 1ère étape de NGS on a effectivement des ARN biotynilé mais pour ThermoFisher, on a pas d'ARN, la biotine vient se placer à l'extrémité 5' du brin

Item D : Nous notre but c'est de sélectionné les sphères métalliques avec de l'ADN, parce il peut arriver que dans un micro réacteur il n'y ai pas de fragment d'ADN. On va donc utiliser de la biotine pour qu'elle puisse se retrouver sur les sphères métalliques uniquement quand il y a de l'ADN. En fait la biotine se trouve sur un primers, donc pour que la biotine se retrouve sur la sphère métallique au final, il faut qu'il y ai un brin d'ADN et donc que de base un fragment d'ADN soit présent dans le microréacteur. Si il n'y a pas d'ADN, il n'y aura pas de biotine sur la sphère métallique. Et donc quand on va faire l'interaction biotine-strept on va sélectionner uniquement les sphères métalliques qui ont de la biotine et par conséquent les sphères métalliques qui ont de l'ADN.

Le QCM 10 est compliqué à comprendre, c'est pas facile par écrit, si tu as du mal à comprendre, n'hésite pas à me demander sur discord en vocal (j'y suis demain). Sinon je pense pas que la prof fera tomber un QCM comme celui-là, le but du DM c'est de vous faire apprendre le cours pour essayer de vous faire voir toutes les notions (c'est pour ça qu'il est en DM et pas au tutorat ni aux EB).

J'espère que ces explications t'ont aidé !!

[Guillaume83]

Ok merci pour le temps que t'as pris
Je comprends mieux certaines nuances
Tu gères merci encore