Séquençage/PCR

[charlottedewever]

slttt, j'arrive pas à comprendre pourquoi dans le séquençage il y a qu'une amorce lors de la pseudo PCR ? On est d'accord que les amorces servent à commencer et terminer l'élongation (je pense que c'est que commencer d'où le nom) ? Du coup si il y en a qu'une comment la TAQ fait pour s'arrêter au bon endroit ? Et si ça sert seulement à commencer pourquoi pour la PCR y'en a 2 ? Peut être que je me mélange un peu... merci de ta réponse

[Stabilo'drey]

Helloooo !

Les amorces servent uniquement à commencer l'élongation. On besoin d'un petit morceau d'ADN complémentaire pour avoir une portion d'ADN double brin et que la TAQ polymérase vienne se fixer.
L'élongation s'arrête à la fin du brin, que ce soit pour la PCR ou le séquençage, on met dans notre tube uniquement la portion qui nous intéresse, on a pas besoin d'amorces pour arrêter l'élongation.

Maintenant pourquoi on a besoin de 2 amorces dans la PCR et d'1 seule dans le séquençage ?

Dans la PCR, on souhaite tout amplifier, on amplifie les 2 brins qui ont était séparé pendant la dénaturation.
On a donc besoin de 2 amorces différents, une pour le brin sens, une autre pour le brin reverse.

Dans le séquençage on amplifie UNIQUEMENT le brin sens et on ne veut pas amplifier le brin reverse.
Pour ensuite lire la séquence de nucléotide, il faut lire un seul brin et pas son brin complémentaire en même temps sinon ça fausse tout !
Donc on met 1 seule amorce pour amplifier seulement le brin sens.


Est ce que c'est bon pour toi maintenant ??

[charlottedewever]

et du coup les bornes aval et amont (de 18 à 20 nucléotides) elles servent à quoi ?

mais sinon c'est tout bon mercii

[Stabilo'drey]

On met des bornes en amont et en aval pour qu'il y ai des amorces des 2 côtés car les brins sont antiparallèles. Au moment de la dénaturation il faut que ça soit des 2 côtés pour que les 2 brins puisse être élongés