Structure supersecondaire/proline

[jgei]

Hola !

Voila, la structure supersecondaire c'est juste une partie d'une structure secondaire qui change de direction ?
Et je ne comprend pas pourquoi la proline (AA apolaire qui défavorise la structure secondaire) est indispensable pour réaliser un coude alors que justement, elle n'est pas censé se retrouver la vu que sur le diapo est écrit qu'il n'y a aucun AA apolaire dans le coude...

[-Andrea-]

hola !

la structure super secondaire c'est en fait l'association de plusieurs motifs répétitifs de structure (des feuillets et des hélices) tu n'aura pas que des hélices alpha ou des feuillets beta dans ta protéine, tu auras un mix des 2
(la structure secondaire c'est seulement des feuillets ou seulement des hélices)

Et je ne comprend pas pourquoi la proline (AA apolaire qui défavorise la structure secondaire) est indispensable pour réaliser un coude alors que justement, elle n'est pas censé se retrouver la vu que sur le diapo est écrit qu'il n'y a aucun AA apolaire dans le coude...

voila la réponse d'alistair dans un autre post

effectivement, il n'y a pas de Proline dans les hélice alpha et les feuillets béta car la Proline a une structure telle que sa présence casserait/perturberait l'hélice/feuillet. Elle a tendance induire des changements de directions (c'est assez facile imaginer quand on voit sa structure!).
Elle n'est pas "rejetée" dans le sens ou il n'y aucun processus ou mécanisme qui l'éloigne des hélices ou feuillets activement ! C'est simplement que dans les zones ou la Proline se trouve, les hélices/feuillets ne se forme pas. Chaque protéine représente des millions et des millions d'années d'évolution, elles ont donc évoluée "intelligemment" afin de faire en sorte de ne pas avoir de Proline dans les zones ou on a besoin d'hélices/feuillets

Il n'y a pas d'AA apolaires dans les coudes mais il y a une Pro en position 2... Retenez ça comme une exception !
Ca ne choque pas Giudi pcq il sait très bien que la Proline n'est pas totalement apolaire : c'est une molécule cyclique avec un NH2+ (amine = polaire) donc avec des propriétés hydrophiles. Mnt si on ne considère que sa chaine lat (sans le NH2+ puisque il s'agit en réalité de l'amine alpha), c'est une chaine de 3C, donc apolaire !
Ca fait que c'est un AA un peu à part, Giudi a choisi de le classer dans le catégorie apolaire (pcq il faut bien le mettre quelque part) mais il l'est bcp moins que la Phénylalanine (un gros cycle avec que des C et des H... Aromatique en plus) ou la Valine par ex... Vous vous rendrez compte que tout n'est pas blanc ou noir en biologie : il y a des molécules qui sont moyennement polaire et moyennement apolaire par ex. Mais il oublie que vous être en PAES et que c'est typiquement le genre de chose qui rend fou quand on doit passer un concours à QCM...^^

[jgei]

Ok merci !