Oui tu as raison, dans le bol alimentaire, on trouve de nombreuses protéines dont des enzymes ^^
Effectivement, il y a certaines souches de bactéries présente dans les yahourts qui produisent de la lactase, on les conseille aux personnes intolérente au lactose (qui ne produisent pas assez de lactase par eux même), et ils digèrent mieux.
Autre exemple : les vaches ont des bactérie dans leur Tube Digestif qui sécrètent de la Cellulase ^^ La cellulase dégrade la cellulose, polysaccharide de base des végétaux et donc de l'herbe... ça permet aux vaches de manger de l'herbe et d'en être très heureuse (là ou, nous, êtres humains, nous passerions notre temps sur une cuvette

)
Plus sérieusement, ces enzyme vont avoir une action locale, dans le tube digestif (qui est considéré comme faisant partie du milieu extérieur ! On est pas DANS l'organisme à proprement parlé).
Les enzymes alimentaires sont inabsorbables par la muqueuse intestinale, elles vont être dégradées entièrement en AA par les protéase gastriques (Pepsine) et pancréatiques (trypsine, chymotrypsine, élastase, endo/exoprotéases,...). Ce sont ces AA qui vont être absorbés.
JAMAIS une enzyme d'origine alimentaire ne participera au métabolisme cellulaire (le métabolisme ce sont les réaction se déroulant à l'intérieur de l'organisme, dans les cellules), c'est impossible pour les raisons que je t'ai évoquées !
Bonne soirée
