Dnase 1

[jeret]

Bonjour je voulais savoir si j'ai compris ou pas du tous : la nucléaire micrococcale ça sert à étudier la structure du nucléosome et la Dnase1 ça sert à étudier la position du nucléosome et aussi de savoir ou la transcription peut se faire merci pour vos réponses

[-Alexis]

Salut jeret, j'ai l'impression que tu ne possèdes pas très bien ces notions, à mon avis il faut que tu revois un peu ton cours.

Petit rappel :

- La nucléase microccocale sert à faire une digestion partielle de l'ADN pour isoler les particules coeur de la chromatine. Détail p5 de la ronéo 10.
- A un grossissement beaucoup plus important, la DNase1 va être capable de couper dans le petit sillon de la double hélice d'ADN, donc à peu près toutes les 10 pdb. Détail p21 à 25 de la ronéo 10.

Voilà, travaille bien !

[jeret]

Merci Alexis pour ta réponse mais en faite ça je sais leur rôle mais je ne comprend pas a quoi ça sert avec la nucléaire microccocale si on dissocie l'ADN des histones c'est pas pour étudier la structure de la chromatine? En gros j'aimerais comprendre leurs rôles et pour la dnase1 si on coupe tous les 10nm c'est pour savoir quoi? Je pense que je suis perdue ( en ayant vue une dizaine de fois mon cours! ) si tu pouvais m'éclairer silteplait merci pour les réponses

[-Alexis]

Pour la nucléase mircococcale (attention, pas nucléaire micrococcale, tu fais l'erreur à chaque fois), son utilité est variée :
- elle va coupée entre des nucléosomes, donc à des endroits où l'ADN est plus accessible pour se faire transcrire. Ca te permet donc de voir les régions de l'ADN qui correspondent à des régions sans nucléosomes et ça, ça peut être intéressant.
- Du coup, il va te rester des zones où l'ADN est lié aux nucléosomes. Dans ce cas là, il peut aussi t'être intéressant de regarder quelle partie de l'ADN a des interactions avec un nucléosome.
- Tu pourras aussi, avec des manipulations complémentaires, terminer de digérer tout l'ADN pour isoler les histones et étudier les modifications du code histone...
...

Pour la DNase1, ça permet de voir quelles régions sont sensibles à la DNase1, et donc quelles régions sont "à découvert" pour la transcription ! La diapo de la p24 de la ronéo 10 est un résumé parfait avec les correspondance "gène compétent", "gène inactif", "gène actif". Tu peux aussi bien regarder la diapo de la p7 de la ronéo 11 qui résume ça très bien aussi !

Voilà, j'espère que ça répond à ta question

[jeret]

Merci pour ta réponse par contre je n'ai pas compris pourquoi une zone résistante à la dnas1 correspondait a un gêne inactif . Une zone résistante à la dnase1 c'est la ou il y a un facteur de transcription donc je pensais que ça rendrait le gêne actif non? Merci pour ta réponse

[Mika]

Hello,

En fait les zones résistantes à la DNAse 1 sont de 2 types :
- La chromatine est hypercondensée --> la DNAse 1 ne peut pas atteindre ces zones (pour imager, c'est comme si on te demandais de couper a un endroit précis un ressort très serré : impossible)
- Soit ca correspond aux zones insensibles des sites hypersensibles (correspondant aux sites des promoteurs)

c'est mieux maintenant ?

[papamaster]

Salut,

J'ai un petit soucis. Je sais pas si c'est une erreur ou si j'ai mal compris mais dans la roneo, les genes competents acetyles en H3/K4 correspondent a la fibre de 30 nm alors je vois pas trop ou la DNAse1 est censee couper. Pour moi, c'etait la fibre de 11nm qui etait competente et l'ADN sans histone qui etait active et donc hypersensible a la DNAse1.

Merci

[jgei]

hola !

Salut,

J'ai un petit soucis. Je sais pas si c'est une erreur ou si j'ai mal compris mais dans la roneo, les genes competents acetyles en H3/K4 correspondent a la fibre de 30 nm alors je vois pas trop ou la DNAse1 est censee couper. Pour moi, c'etait la fibre de 11nm qui etait competente et l'ADN sans histone qui etait active et donc hypersensible a la DNAse1.

Merci

Alors je vais essayer de clarifier tout ca:
-> En mode fibre 11nm, le gène peut être transcrit car il est tout déplier: pour reprendre l'analogie de Mika, ton ressort est cette fois ci étiré, donc plus facile à couper: ceci est permis grâce au fait que l'on ai H3 Me K4 et H3/H4 Ac (les deux combinés font que c'est parfait pour être transcrit, c'est un combo quoi ) la DNase1 peut donc couper comme ca lui chante, c'est open bar
-> En mode fibre de 30nm, la c'est un peu plus compacté, je te passe les détails là, on retrouve juste les H3/H4 Ac, donc comme il n'y a que ca et pas les H3 Me K4 en plus, ca fait que ces gènes peuvent être transcrit mais ne l'est pas forcément, c'est ce qu'on appel un gène (?) compétent
mais ce qu'il faut retenir c'est qu'il y a quand même des petits sillons toutes les 10Pdb, dans lequel la DNase1 peut trancher dans le lard (c'est une image hein en gros dès que ta un sillon, la DNase elle peut couper)

Voilou, j'espère avoir répondu a tes attentes

Merci pour ta réponse par contre je n'ai pas compris pourquoi une zone résistante à la dnas1 correspondait a un gêne inactif . Une zone résistante à la dnase1 c'est la ou il y a un facteur de transcription donc je pensais que ça rendrait le gêne actif non? Merci pour ta réponse

Alors pour cette questions, j'ai ma petite idée mais elle reste à vérifier: dans la zone protégé de le DNSase1, les facteurs de transcription ont remplacés les nucléosomes, donc d'après moi il y a plus d'ADN (c'est le point qui reste à vérifier), (et à proximité comme il n'y a plus de nucléosomes la DNase1 peut couper = sites hypersensibles (cf ronéo 10, schéma p.23)) donc la DNase1 ne peut plus faire effet !
Et puis imagine si ces sites étaient sensibles à la DNase1: il n'y aurai plus de régulation, ca serait le bordel !!

Donc voila, j'espère t'avoir aidé

[papamaster]

oue merci