immunoprecipitation de la chromatine

[calu]

Salut , je voudrait quelque petite explication par rapport a cette experience qui consiste en la determination pour un segment d'adn de la diversité du code histone , dans l'experience l'immunoprecipitat contient le promoteur.
2 fraction Rip et RC Rip= fraction d'adn specifique dans l'immunoprecipitat
Rc=fraction d'adn par rapport a l'adn de controle (input)

Donc si Rip >> Rc alors le promoteur est largement en contact avec le nucleosome , je n'arrive pas a voir comment on fait pr arriver a cette conclusion .
Et l'analyse par PCR ou hybridation l'ENRICHISSEMENT de la sequence . N'arrive pas a cerner ce terme d'enrichissement du promoteur pour le but de l'experience
Merci

[Margaux]

Edit: si jamais quelqu'un qui veut des explications sur la technique de PCR passe par là, je vais refaire cette explication qui n'est pas tout à fait exacte.

Salut,

J'avoue que j'avais eu du mal avec cette expérience à propos de la technique de PCR et de l'interprétation des rapports; voici ce que j'ai compris -et qui, j'espère, n'est pas trop faux-:

1)grâce au PCR, on va pouvoir obtenir plusieurs copies du promoteur qui nous intéresse et qui sera ainsi plus facile à détecter s'il est présent dans l'immunoprécipité: si on obtient une quantité importante de fragments PCR à partir de l'immunoprécipité, ça veut dire que le promoteur était bien présent dans l'immunoprécipité (donc qu'on trouve bien au niveau de ce promoteur des histones H3 acétylées). Si on n'obtient pas de copies du promoteur, c'est qu'il n'est pas présent dans l'immunoprécipité et donc qu'on ne trouve pas d'histones H3 acétylées associées à ce promoteur.

2)Rip=quantité de fragments PCR/quantité d'ADN recueilli dans l'immunoprécipité (associé aux histones H3 acétylées) et Rc=quantité de fragments PCR/quantité d'ADN de départ (avant immunoprécipitation).
Rip/Rc=quantité d'ADN avant immunoprécipitation/quantité d'ADN après immunoprécipitation.

-Si Rip/Rc=1, les quantités d'ADN avant et après immunoprécipitation sont égales, ce qui veut dire qu'on retrouve des histones H3 acétylées dans tous les fragments d'ADN obtenus après sonication; les histones H3 acétylées ne sont donc pas un marqueur spécifique de certaines séquences.
-Mais si Rip/Rc>>1 (Rip>>Rc), ça veut dire que la quantité d'ADN après immunoprécipation est très inférieure à la quantité d'ADN avant immunoprécipitation, donc que les histones H3 acétylées ne se retrouvent que dans certains fragments d'ADN spécifiques (dont le promoteur qui nous intéresse).
Donc plus Rip>>Rc et plus le promoteur contient d'histones H3 acétylées par rapport à l'ADN de départ.

(J'espère que je n'ai pas raconté de bêtises, je pense qu'il faudrait plutôt revoir l'explication de cette expérience quand le prof en parlera en cours).

[calu]

Verrai sa avec l'explication du prof . Merci beaucoup pour ta reponse .