technique de la bio puce pour étudier le transcriptome

[Jo-jo]

bonjourrr

voila j ai rien compris a cette technique lol si un tuteur pouvait m'aider ce serait cooll

merci!!

[Margaux]

Alors, on reprend:

Petit rappel:
Le génome (= ensemble des gènes, ADN) est commun à toutes les cellules d'un même individu (les cellules musculaires d'une personne ont le même ADN que ses neurones).
Mais ces gènes ne sont pas tous utilisés de la même manière dans les cellules (un neurone ne va pas produire une protéine spécifique de la contraction musculaire). Dans une cellule donnée, certains gènes vont être transcrits (l'ensemble des ARNm obtenus compose le transcriptome de la cellule). Et ces ARNm vont être traduits en protéines de manière plus ou moins importante (ensemble des protéines = protéome). Les transcriptome et protéome ne sont pas identiques chez toutes les cellules, ils sont spécifiques d'un cellule et dépendent de son type cellulaire, de sa fonction, des conditions extérieures (aérobies, anaérobies...), etc.

On voudrait - oui, on a des amusements bizarres en P1 - savoir quels gènes sont transcrits (= quels transcriptomes on obtient) dans une cellule en différentes situations. Dans l'exemple de la ronéo de l'an dernier, on comparait les transcriptomes d'une cellule en conditions aérobies et anaérobies.

N'hésitez pas à aller regarder ce site, conseillé l'an dernier par le prof, et qui éclaire bien sur le déroulement de l'expérience.

Qu'est-ce qu'on fait ?
1 - on récupère les ARNm de la cellule.
2 - on utilise des enzymes (réverses transcriptases) pour obtenir les séquences d'ADN correspondant à ces ARNm.
Et on s'arrange pour rendre fluorescents ces ADN.
3 - on a préparé une biopuce, chaque petite case représentant un des gènes de la cellule. Mais les fragments d'ADN de la biopuce ne contiennent qu'un seul brin d'ADN.
4 - quand on dépose nos ADN fluorescents sur la biopuce, ils vont aller s'hybrider avec les séquences d'ADN dont ils sont complémentaires.
=> on détecte de la fluorescence au niveau des gènes qui ont permis d'obtenir les ARNm du début.

Conclusion: les gènes où on détecte de la fluorescence sont les gènes transcrits dans la cellule donc on connaît le transcriptome de cette cellule.

Maintenant, comme le but, c'est de comparer deux transcriptomes, au niveau de l'étape 2 on greffe des fluorochromes différents sur les ADN obtenus à partir de ces deux transcriptomes.
Ex.: on greffe un fluorochrome vert sur les ADN obtenus à partir des ARNm de la cellule en conditions aérobies et un fluorochrome rouge sur les ADN obtenus à partir des ARNm de la cellule en situation anaérobie.
Quand on dépose ces ADN fluorescents sur la biopuce, certains gènes vont s'hybrider avec des ADN fluorescents verts et des ADN fluorescents rouges.
=> ces gènes sont transcrits dans la cellule en normoxie, comme dans la cellule en hypoxie.
On parle d'expression commune des gènes.

Par contre, certains gènes ne seront hybridés qu'avec des ADN fluorescents verts => ces gènes ne sont transcrits qu'en conditions aérobies.
D'autres gènes ne s'hybrideront qu'avec des ADN fluorescents rouges => ces gènes ne s'expriment qu'en hypoxie.
Comme des gènes différents sont sollicités dans des situations différentes, on parle d'expressions différentielles.

C'est bon, on connaît maintenant les deux transcriptomes et on sait quels gènes sont sollicités en situation de normo- ou d'hypoxie.
J'espère que c'est plus clair ! ^^

[Jo-jo]

OUAhhhhh nikel
j'ai tout compris c bcp plus clair merci bcp