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pcr temps réel et NGS


pcr temps réel et NGS

Messagepar Celinebenejam » 07 Avr 2014, 17:53

coucou !

dans la sonde taqman on dit que c'est une 3e sonde qu'on rajoute, les 2 autres sont les primers d'amont et d'aval ?

en ce qui concerne le NGS j'ai vraiment du mal .. je comprends pas vraiment ce qu'il se passe avec la puce .. est ce que c'est dans les puits de la puce qu'on envoie les nucléotides pour qu'ils sincorporent et qu'ensuite on mesure en fonction du pH ?

une dernière petite question hors rapport : quand on a un vecteur et un insert à extrêmité cohesive, on utilise ici aussi une ligase ? ( car enfait j'avais compris qu'il pouvait y avoir une association spontannée grâce à la complémentarité des bases .. )

voilà merci beaucoup d'avance, ca m'aiderait à comprendre surtout pour le NGS ..
bonne soirée :)
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Re: pcr temps réel et NGS

Messagepar Lady Vic » 07 Avr 2014, 20:56

Coucou :lool:

Celinebenejam a écrit:dans la sonde taqman on dit que c'est une 3e sonde qu'on rajoute, les 2 autres sont les primers d'amont et d'aval ?


Oui ce sont les amorces ;)

Celinebenejam a écrit:quand on a un vecteur et un insert à extrêmité cohesive, on utilise ici aussi une ligase ? ( car enfait j'avais compris qu'il pouvait y avoir une association spontannée grâce à la complémentarité des bases .. )


Dans la préparation de l'ADN recombinant, notre plasmide et notre insert vont être digérés indépendamment par une enzyme de restriction puis ils vont être mélangés ensemble à une ligase qui va refermer le vecteur en ayant incorporé l'insert.

On peut avoir plusieurs possibilités de coupure :
- des enzymes de restriction qui coupent de manière à laisser des extrémités simples brins cohésives
- des enzymes de restriction qui coupent de manière à laisser des extrémités franches

Donc on peut décider d'utiliser :
- une même enzyme 5' sortant pour l'insert et le vecteur de façon à ce qu'ils puissent se relier facilement (mais on mettra quand même une ligase)
- une combinaison avec une enzyme donnant des extrémités franches et une autre donnant des extrémités cohésives
- une même enzyme à extrémités franches pour l'insert et le vecteur
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Re: pcr temps réel et NGS

Messagepar Celinebenejam » 08 Avr 2014, 20:27

Super merci beaucoup de ta réponse ! :)
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Re: pcr temps réel et NGS

Messagepar Lady Vic » 08 Avr 2014, 21:05

De rien !

Bon courage :fingers-crossed:
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