DM séquençage et NGS QCM 1c et 7a

[Bapthistidine]

Salut,

Sur le QCM 1 item c il est écrit « l’utilisation des dNTPS est spécifique au séquençage ».
Perso je l’avais compté pour vrai car j’étais persuadé que c’était les dNTPS et non les ddNTPS qui été spécifique au séquençage et j’avoue que ça m’a un peu perdu si on peut me ré expliquer le pourquoi du comment ça serait cool…

Sur le QCM 7 item a il est écrit « lors de la préparation des échantillons, il faut prendre garde à ne pas mélanger l’ADN de nos différents patients » pour moi l’item était vrai car si on nous précise pas si il y a eu l’étape de barre code spécifique, car si elle n’est pas effectué il peut y avoir mélange.
Donc je voulais savoir si cette étape était sous entendu dès que l’on parle de NGS, que l’étape de « barre codage » a été effectuée et que du coup il n’y avait pas nécessité de le spécifier.

[Roxygène]

Coucouuuu,

Pour le QCM 1 item c, non ce sont bien les ddNTPS qui sont spécifiques du séquençage et je vais t'expliquer pouqrquoi
- Les dNTPs (désoxynucléotides triphosphates) sont les briques normales utilisées dans toutes les réactions de synthèse d’ADN : PCR, réplication, etc.
- Les ddNTPs (didésoxynucléotides) sont, eux, spécifiques du séquençage de Sanger, car ils provoquent l’arrêt de l’élongation (ils n’ont pas de groupement OH en 3’).
Donc la phrase « l’utilisation des dNTPs est spécifique au séquençage » est fausse, puisque les dNTPs sont utilisés partout, alors que ce sont les ddNTPs qui sont spécifiques au séquençage.

Pour le QCM 7 item a, quand on parle de NGS, on sous-entend TOUJOURS l'étape d'ajout des barre-codes, elle est absolument indispensable donc c'est pour cela qu'on peut mélanger l'ADN de nos patients ! Mais effectivement, tu as eu un bon raisonnement, si on ne faisait pas l’étape de barcodage (ou indexation), le risque de mélanger l’ADN de différents patients serait très important.

Voilà, j'espère que ça t'a aidé, n'hésite pas si tu as d'autres questions, bon courage pour tes révisions