Calcul du pHi

[CE]

Bonjour

Je ne comprends absolument pas comment on peut calculer les points isoélectriques de ces peptides.. Comment fait on quand il y a 3 pka ?

Merci par avance

[Kick-Ass]

Et bien

PH isoelectrique = PH ou la somme des charges de l'acide aminé est nulle, a savoir sous sa forme zwitterionique. Prenons un exemple de l'aspartate qui possède 3 groupements ionisables, à savoir 2 COOH et 1 NH3+

Pour que la somme des charges soit nulle, il faut que:

-Le COOH de la chaine principale soit soit forme COO- (caractérisé par PKA1)
-Le COOH de la chaine latérale R soit sous forme COOH (PKA2)
-Le NH3+ de la chaine principale soit sous forme NH3+. (PKA3)

Donc -1 +0 +1= 0. Il suffit de prendre les deux PKA qui entourent cette forme la.
donc la forme zwiterrionique se situe entre le PKA1 du COOH de la chaine principale et le PKA2 du COOH de la chaine secondaire. Le PI serait ici PKA1 + PKA2 / 2 .

Pour voir si tu as compris : calcule le PI de la lysine et dis moi quel PKA tu prend

[CE]

Lysine:
(Pka1 + pka 3)/2
Phi= 6,5 ?

[Kick-Ass]

Lysine:

Un groupement COOH (PKA1)
Deux groupement NH3+ (PKA2 et PKA3)

Pour un PH + acide que le PKA1 tu auras les groupements sous la forme protonnée (COOH NH3+ NH3+) charge nette +2
Pour un PH entre PKA1 et PKA2 tu auras : COO- NH3+ NH3+ (le COOH se déprotonne du a l'augmentation du PH) charge nette +1
Pour un PH entre PKA2 et PKA3 tu auras : COO- NH2 NH3+ (le premier NH3+ se déprotonne à son tour) charge nette = 0 : forme zwiterrionique.

Il suffit donc de prendre les 2 PKA qui encadrent la forme Z, à savoir ici PKA2 et PKA3 / 2. J'ajoute que tu n'auras normalement jamais de PKA qui ne se suivent pas.
Donc jamais de PKA1 + PKA3. Ca sera soit PKA1 + PKA2 soit PKA2 + PKA3 jamais les extrêmes et c'est logique vu que les PKA qui entourent la forme zwitterionique se suivent logiquement toujours.

[Liloux]

Bonjour!
Désolée pour l'incruste mais j'étais justement en train de galérer et essayer de comprendre...
Pourrais-tu me dire si cela revient à ca?

Pour les AA avec une charge -1 a pH physio (Glutamate et Aspartate) nous aurons toujours (pka1+pka2)/2 ?
Et pour les AA avec une charfe +1 à pH physio (Lysine, Histidine, Arginie) ce sera toujours (pka2+pka3)/2 ?

Merci!

[Kick-Ass]

Et bien, à confirmer par un tuteur mais à priori je dirais que tu as tout a fait raison.

D'autant mieux résumé (et c'est tout à ton honneur) que les PKA des chaines latérales n'interviennent que dans le cas d'une chaine latérale polaire ionisable, donc uniquement pour ces 5 AA acides et basiqueuh

[Liloux]

Ce serait le top!
Et merci à toi car grâce à ta réponse (et si ce que je viens de conclure est juste) j'aurais réussis à mieux comprendre!
Et merci aussi pour ta réponse

[CE]

Ah oui je comprends ton explication !
Le résumé me paraît plus rapide


Donc un fois qu'on a le pHi de chaque AA pour trouver le pHi du peptide on fait la moyenne de celui des AA qui le composé ?

[Kick-Ass]

Nananananaannnn

Mais ton intervention me fais comprendre ce qui coince.

On te demandera pas de calculer le PHi d'un peptide (je suis meme pas sur qu'on puisse) mais d'un acide aminé. Les différents PKA sont propre a chaque groupement ionisable constituant un acide aminé.

DONC un acide aminé n'a pas un PKA mais comporte plusieurs groupement qui eux ont chacun un PKA.

Ces groupements sont au nombre de 2 (et communs à tous) dans le cadre de tous les acides aminés SAUF ceux présentant une chaine latérale qui possède un NH3 ou un COOH (on les apelle les acides aminés chargés: 2 acides aspartate glutamate et 3 basiques H K R)

Par contre le PHI LUI est propre à l'Acide aminé, puisque par définition c'est le PH à laquelle la somme des charges des différents groupements est nul.

Tu as compris petit scarabé ?

[CE]

Ah ouuuuuuui j'ai compris !!!!

Merci grand scarabée !

C'est après avoir mis ce post que j'ai vu d'autre post disant que calculer le phi un peptide (QCM que j'essayais de faire) n'était plus au programme

Bonne soireeee !!!

[Liloux]

Paroles pour nos chers tuteurs : j'aurais juste aimé avoir confirmation ou non de ce qui suit

Pour les AA avec une charge -1 a pH physio (Glutamate et Aspartate) nous aurons toujours (pka1+pka2)/2 ?
Et pour les AA avec une charfe +1 à pH physio (Lysine, Histidine, Arginie) ce sera toujours (pka2+pka3)/2 ?

MERCI pour tout ce que vous faites pour nous

[daphné]

bonjour! (et désolée pour le temps de réponse super long )

alors déjà pour les calculs de pHi, on se renseignera auprès du pr. pour savoir ce qui est au programme pour le concours (calcul du pHi d'un peptide, d'un seul AA, etc.) et on s'adaptera dans les QCMs du tutorat.

ensuite pour ton résumé déjà attention à ce que tu appelles pKa1, pKa2, et pKa3!
parce que de ce que j'ai compris pour toi ce sont les pKa classés par ordre croissant, mais en réalité il est d'usage d'appeler pKa1 et pKa2 les pK des fonctions acide carboxylique et amine, et pKa3 celui de la chaîne latérale...

bref plutôt que de retenir des formules, je te conseille quand tu dois calculer le pHi d'un peptide de
- tracer une droite
- faire dessus des traits avec les pKa classés par ordre croissant
- écrire entre les traits à quel charge se trouve ton AA (tu peux te détailler sous quelle forme est chaque fonction. après tu fais la somme des charges)
- regarder quels pKa entourent la charge 0, et là tu fais la somme divisée par 2

c'est mieux pour toi?

[Liloux]

Oui beaucoup mieux merci!
Bonne journée

[rafraf06]

La méthode des bols me semble la meilleure solution pour pouvoir triompher sans accroc à ce mic-mac !

[daphné]

a priori elle sera hors programme cette année, donc ça sert à rien de stresser tout le monde avec ça dans chaque post à ce sujet

[CE]

Super c'est compris !
Merci beaucoup les tuteurs vous êtes au top !