pK, fonction acide/fonction aminée

[Raphou]

Bonjour

J'ai une ou deux questions : Alors que je lisais la ronéo n°1 de 2011-2012 de bioch (structure et diversité des biomolécules), je suis arrivé à une phrase qui m'a un peu bloqué.
C'est par rapport au pk et aux fonctions acides/aminées :
Il est écrit : "On parle de pk1 pour la fonction acide et de pk2 pour la fonction aminée et chacune a une valeur. [...] Prenez connaissance des valeurs de ces deux fonctions: 2.3 fonction carboxylique; 9.6 fonction aminée."

Cependant je ne suis pas sur d'avoir compris. Comment trouve t-on le pk d'une molécule ? On nous le donne dans l'énoncé si on tombe dessus sur un QCM ? Et selon ce pk, l'AA sera donc composé de NH2 ou de NH3+ ou ça n'a rien a voir ?
Est-ce que la forme des AA change en fonction du pH ou d'autre chose ? Je suis un peu confus
Ou c'est une erreur et il est question du pKa ?

Ceci n'est pas noté dans la fiche de la tut'rentrée mais je suppose que je peux très prochainement en entendre parler donc bon..

Merci d'avance

[daphné]

salut!

Il est écrit : "On parle de pk1 pour la fonction acide et de pk2 pour la fonction aminée et chacune a une valeur. [...] Prenez connaissance des valeurs de ces deux fonctions: 2.3 fonction carboxylique; 9.6 fonction aminée."

cette année tu n'auras pas forcément à connaître ces valeurs, attend de voir ce que dit le Pr. en cours (cette ronéo date d'une époque où c'est un autre professeur qui faisait la biochimie structurale)

Cependant je ne suis pas sur d'avoir compris. Comment trouve t-on le pk d'une molécule ? On nous le donne dans l'énoncé si on tombe dessus sur un QCM ?

oui on vous le donnera!

Et selon ce pk, l'AA sera donc composé de NH2 ou de NH3+ ou ça n'a rien a voir ?

oui c'est ça! NH3+/NH2 et COOH/COO- sont des couples acido-basiques donc ne seront pas sous la même forme selon le pH
par exemple, si le pKa du couple COOH/COO- est de 2.3: pour un pH inférieur à 2.3 le groupement sera sous sa forme acide COOH / pour un pH supérieur à 2.3 le groupement sera sous sa forme basique COO-

Est-ce que la forme des AA change en fonction du pH ou d'autre chose ? Je suis un peu confus. Ou c'est une erreur et il est question du pKa ?

en fait sur ton AA tu as plusieurs couples acido-basiques:
- la fonction amine
- la fonction acide-carboxylique
- éventuellement la chaîne latérale: tu verras que certains AA ont des groupements dits "ionisables" sur leur chaîne latérale
tous ces couples ont un pKa différent, et selon le pH chacune des fonctions sera sous une forme différente.

exemple: on prends comme acide aminé l'alanine et on regarde sa forme selon le pH
sa chaîne latérale est formée d'un groupement CH3 qui ne change pas selon le pH. ce qui va changer c'est donc les fonctions amine et acide carboxylique
je te mets les formes des groupement amine et carboxylique selon le pH
pH faible: NH3+ et COOH
pH 7 (supérieur au pKa du couple COOH/COO- mais inférieur au pKa du couple NH3+/NH2): NH3+ et COO-
pH élevé (supérieur au pKa du couple NH3+/NH2): NH2 et COO-
et donc au niveau de l'acide aminé entier ça donne ce schéma:

Ceci n'est pas noté dans la fiche de la tut'rentrée mais je suppose que je peux très prochainement en entendre parler donc bon..

effectivement tu verras ça au premier ou deuxième cours de biochimie structurale

je ne sais pas si j'ai été méga claire, ce n'est pas forcément facile de bien te l'expliquer tant que tu n'as pas vu la partie correspondante sur les AA..

est-ce que ça t'éclaire un peu?

[Raphou]

Oui! Merci beaucoup ça m'éclaire totalement

Pendant le cours d'aujourd'hui, j'ai vu qu'on a pas vraiment parlé de ça alors ça va je vais plutôt me concentrer sur les fiches de la tut'rentrée!