** RÉPONSES DES PROFESSEURS ** (MàJ : 12/12)

[Ceyy]

Ici vous trouverez les réponses des professeurs tout au long de l'année...

Pr. Van Obberghen

Les protéines

Le terme de structure tridimensionnelle concerne t’il les quatre types d’organisation (primaire à quaternaire) ou bien seulement la structure tertiaire ?
La structure tertiaire d’une protéine correspond à sa structure tridimensionnelle. Certaines protéines contiennent deux ou plus de chaînes polypeptidiques ou sous-unités . L’arrangement de ces sous-unités dans un complexe tridimensionnel constitue la structure quaternaire. A noter que la structure primaire et secondaire participent à la formation de la structure tridimensionnelle

Lla structure primaire n'est pas altérée lors de la dénaturation" or juste après il est écrit que l'agitation mécanique perturbe les liaisons peptidiques. Que doivent répondre les étudiants à l'item « la dénaturation n'altère pas la structure primaire ? »
Retenir : la structure primaire des protéines n’est pas altérée lors de la dénaturation

Les glucides

Concernant un item du tutorat
D) Les hétérosides sont des polysaccharides
On vous a demandé de le compter vrai en attendant la réponse du prof et évidemment cet item est faux. La diapositive bilan des glucides est piégeuse "En effet les hétérosides sont des molécules ayant une partie carbohydrate ( OSE) et une partie non-carbohydrate (aglycone).Voir dia 40 et les suivantes.Comme tels ils ne sont pas considérées comme des polysaccharides qui contiennent uniquement des saccharides."

Concernant les glycoprotéines, le premier sucre est-il toujours le N-acétylglucosamine (cas d'une liaison N-glycosidique) ou le N-acétylgalactosamine (cas d'une liaison O-glycosidique) ?
Pour la PACES OUI

Le glucose peut-il se trouver dans la cupule glucidique sans être sous forme de glucosamine ou N-acétylglucosamine ?
Pour la PACES : retenez glucosamine souvent acétylé (document #42 cours « Glucides »)

Quand on parle de réaction d’isomérisation, est ce que cette réaction comprend celle d’épimérisation ? Par exemple pour l’item : l’isomérisation du glucose donne du galactose, doit-on le compter vrai ou faux ?
On le compte VRAI car glucose, galactose, mannose, fructose sont des isomères (Le galactose et le mannose étant en plus des épimères du glucose). Le prof ne semble pas tenir compte de la diapo sur les réactions des oses

Pourriez- vous nous redéfinir ce qu’est :
- Une liaison N-Glycosidique
- Une liaison N-Glucosamine (si cela existe)
N-glycosidique entre Asn et N-acétyl -glucosamine
Pour le document il faut dire N-glycosidique au lieu de N-glycosamine !!!

Remarque du prof concernant des diapos
Diapo 15 : 4ième phrase du haut : il faut lire « Dans la série des aldohexoses… » au lieu de « Dans la série des D-aldohexoses..)
2. 5ième phrase du haut : il faut lire « Dans la série des cétohexoses …. » au lieu de « Dans la série des D-cétohexoses… »
Diapo 45 : Acide hyaluronique : acide glucuronique et Nac-GLUCOSamine et non pas Nac-GLYCOsamine

Les lipides

Concernant les stéroïdes et le cholestérol
La classification utilisée par le Pr. Van Obberghen diffère de celle utilisée par le Pr. Giudicelli. Donc changement à retenir pour cette année
Le terme stéroïde est réservé aux hormones stéroïdiennes (classification des biochimistes médicaux)
Le cholestérol est un stérol, mais pas un stéroïde donc !

Peut-on dire que les stérides sont des sous-catégories de stérols ? Pour la définition d'un stéride, nous avons dit que c'est un stérol estérifié par un AG...
Classification des biochimistes :
1. stérides sont des esters de stérol (estérification d’un AG sur fonction d’un stérol)
2. parmi les stérols on distingue :
1 .le cholestérol
2. les acides et sels biliaires
3. les hormones stéroïdiennes
(OK il répond pas vraiment à la question)

A propos des stérides, considérez-vous des groupements méthyles comme des ramifications aliphatiques ? Si non, la ramification aliphatique ne peut se situer qu'en C17 ?
Diapo 19 : ramification aliphatique différente de CH3 (...)

Concernant l'acide linoléïque et l'acide alpha linolénique, le Pr. Giudicelli pour simplifier disait que c'était les 2 seuls acides gras indispensables (car les deux seuls qui sont forcément apportés par l'alimentation). Au tutorat nous avons compté «il existe 2 AG indispensables » vrai. Vous avez compté vrai cet item mais les PACES souhaiteraient une nouvelle validation.
Retenir que les deux acides gras suivants sont essentiels/indispensables pour les mammifères : l’acide linoléïque et l’acide alpha linolénique. (Mais il ne nous dit pas si ce sont les seuls..)

Bioénergétique

Peut-on dire que les réactions exergoniques sont spontanées (alors qu’il faut apporter l’énergie d’activation) ?
Pour cette année : la réaction exergonique peut se faire spontanément (cours bioénergétique document # 18)

Quand on dit que l’hydrolyse du phosphoénolpyruvate est la réaction qui possède le ∆G0’ le plus élevé, considère-t-on que l’on parle en valeur absolue si on ne précise pas ? Car sinon ce serait le ∆G0’ le plus faible. Un item de ce type avait fait débat au concours de l’an dernier, nous aimerions avoir votre point de vue.
Effectivement il est plus correct de spécifier la valeur négative quand on parle de liaison riche en énergie.

Concernant la phrase « la CP est la réserve d’énergie la plus immédiatement disponible pour les muscles », nous avons eu des questions d’étudiants à ce propos qui nous ont demandés ce qu’il en était de l’ATP, qui sera hydrolysé avant la CP. Pouvons nous vraiment parler de réserve énergétique concernant l’ATP sachant que celui-ci ne peut être stocké ?
Au début de l’effort l’ATP présent dans cytoplasme est hydrolysé en ADP. » Effectivement peu d’ATP dans cellule mais il y en a !!
La phrase « la CP est la RESERVE d’énergie la plus immédiatement disponible pour les muscles.» n’est pas contradictoire avec la phrase précédente car le peu d’ATP présent dans la cellule ne représente pas un réelle réserve d’énergie

Pr. Van Obberghen - Part 2

Les protéines

Diapo 19, pour le code à 3 lettres de l'isoleucine il est marqué Ileu au lieu de Ile
-Effectivement il faut lire: Ile .

Diapo 38, il est marqué “désamidation oxydative” pour la formation d'un α-céto acide, ce ne serait pas plutôt désamination oxydative ?
Effectivement il s'agit de DESAMINATION oxydative. PS: par contre il s'agit bien de "amidation" pour les deux réactions en bas dans le schéma.

Diapo 68, Il est marqué qu'on ne retrouve jamais d'acide aminé apolaire dans le coude béta. Cependant, la proline en position 2 est un A.A apolaire. Le poly étant un support officiel du concours, les étudiants aimeraient avoir confirmation que cette phrase est bien fausse.
1. Effectivement la proline en position 2 est apolaire.
2. La phrase "on ne retrouve jamais d'acide aminé apolaire" n'est pas correcte dû au "jamais" étant donné que l'on retrouve la proline en position 2. Donc pour cette année il faut que les étudiantes/étudiants fassent abstraction de cette phrase ( PS: l'année prochaine j'expliquerai plus en détail).

Les glucides

Diapo 42: N-glycosamine : entre la fonction amine de la chaine latérale d'un Asn et la fonction réductrice d'un 1ère ose. Ce ne serait pas plutôt fonction amide ?
Effectivement il est plus correct de parler de la fonction amide.

Bioénergétique

1. Concernant ce qui a été dit en cours de bioénergétique sur les esters et les thioesters :
Nous aimerions avoir confirmation que l'ester carboxylique est plus stable que le thioester, et que L'hydrolyse d'un thioester est thermodynamiquement plus favorable que celle d'un ester carboxylique.
Effectivement :
1. l'ester carboxylique est plus STABLE que le thioester ( stabilisation de l'ester carboxylique par résonance)
2.OUI l'hydrolyse d'un thioester est thermodynamiquement plus favorable que celle d'un ester carboxylique.

Pr. Chinetti

Enzymoyologie

Durant votre cours d’enzymologie vous avez dit que l’inhibition par excès de substrat était un cas particulier des inhibiteurs incompétitifs. Cela nous semble étrange puisque nous apprenions aux années précédentes que l’inhibition par excès de substrat était valable pour toutes les enzymes mais que sa réversibilité variait. Donc quelle version doivent-ils retenir ?
C’est un cas particulier comme les inhibiteurs incompétitifs. Elle est le résultat d’un encombrement stérique du site de fixation par l’excès de substrat ; elle n’est valable que si l’enzyme a deux sous sites de fixation. La réversibilité est possible mais par des techniques physiques qui ne sont pas à l’ordre du jour du cours.

(Suite à un item du tutorat) k2 est toujours l’étape limitante ? C’est ce que nous avons dis aux PACES mais ils souhaitent une confirmation de votre part.
k2 est souvent l’étape limitante, tant qu’elle est significativement plus faible par rapport à k1 ; ceci est vrai pour presque 100% des réactions enzymatiques (Le Pr.Giudi simplifiait l'an dernier)

Concernant le graphique de la diapositive 30 du poly 2 d’enzymologie, nous aimerions savoir :
a. Pourquoi le composé I qui est l’intermédiaire réactionnel possède un G plus élevé que le substrat A, alors que celui-ci devrait être plus faible ?
Dans ce cas on s’intéresse à la réaction dans sa globalité et non d’étape réactionnelle, on fait une analyse macroscopique.
Ce qui compte c’est le passage de A à B. Ici k1 est la constante de vitesse de transformation de A en I et k2 est la constante de vitesse de transformation de I en B ; ce qu’il faut retenir c’est que si k1 >k2, la concentration de l’intermédiaire sera basse ; si k1<k2 la concentration de l’intermédiaire va augmenter ; cette dernière sera l’étape limitante de la réaction
b. Que représentent k1 et k2 dans ce cas ?
constantes de vitesse

Concernant le dernier tutorat que nous vous avons envoyé (le n°4), certains items ont posé soucis aux étudiants, notamment :
a. QCM 11 item C : Km correspond à la concentration de substrat donnant une vitesse de réaction égale à la moitié de la vitesse maximum Vmax, c’est la constante de dissociation.
b. Km était considérée comme la constante de dissociation apparente l’année dernière. Les étudiants demandent confirmation ou infirmation.
Les propositions a et b sont correctes ; Km est une constante de dissociation apparente parce que elle prends en compte la transformation de ES en produit. Pour les inhibiteurs compétitifs on parle de constante de Michaelis apparente

c. QCM 13 item D : « L’inhibition incompétitive est une inhibition de type réversible ». Nous l’avions compté vrai aussi or l’année dernière le Pr. Giudicelli avait dit réversible. Comme cette année ce n’est pas totalement claire, nous aimerions savoir si vous considérer l’inhibition incompétitive et non compétitive comme réversibles ?
Elle est irréversible comme indiqué dans tableau de la diapo 18 du poly 3 d’enzymologie
(Donc la prof ne fait pas de différence entre levée de l'inhibition et réversible)

Pr. Hinault

1) Il a été dit en cours que le glycérol libéré après action des LPL se redirige uniquement dans le foie car la glycérol kinase n’est présente que dans le foie, cependant n’est-elle pas aussi présente au niveau du rein ?
Comme indiqué dans le cours bilan, la glycérol kinase est également présente dans le rein, mais nous avons essentiellement parlé de la néoglucogenèse hépatique

2) Les AG à chaine moyenne ont-ils besoin d’être activés par la thiokinase afin de passer la bicouche mitochondriale pour subir la béta-oxydation, ou peuvent-ils le faire librement ?
Seuls les acides gras à chaine longue doivent être activés par la thiokinase

3) Les réactions de la béta-oxydation sont-elles réversibles sachant qu’on utilise les mêmes enzymes lors de l’élongation des AG dans la mitochondrie ? Même question concernant l’ AG Synthase
Pour la béta-oxydation les réactions sont en partie réversibles lors de l’élongation des AG de la mitochondrie avec une étape qui diffère utilisant du NADPH, et pour l’AGS pas de réversibilité

4) Dans le cours sur l’AG synthase, vous dites que les enzymes de la béta-ox sont isolées (contrairement à l’ AGS). Cependant, certaines d’entre elles fonctionnent en complexe. De ce fait, que répondre à un QCM du type « les enzymes de la béta-ox fonctionnent de manière isolée » ?
L’enzyme AGS est un homodimère dont chaque monomère (sous-unité) porte 7 domaines enzymatiques différents, alors que pour la -oxydation chaque enzyme porte 1 activité enzymatique mais les enzymes 2, 3 et 4 forment un complexe protéique membranaire pour les AG ch long et soluble dans la matrice pour les AG courts/moyens.

5) L’ AGS est elle régulée de manière transcriptionnelle par le glucagon + adrénaline, ou seulement le glucagon ?
Seulement le glucagon dans ce cours

6) Confirmez vous qu'un ATP équivalent équivaut à 1 liaison à haut potentiel énergétique ?
La question n’est pas claire mais si la question est par rapport à la beta-oxydation alors pour l’activation des AG 1 ATP consommé mais 2 liaisons à haut potentiel énergétique car 1ATPAMP + PPi (2Pi)

7) Comment se fait-il que le foie possède l'isoforme M4 de la LDH mais réalise la réaction dans le sens lactate → Pyruvate ?
LDH M4 est l’isoforme majoritaire mais pas le seul dans le foie donc c’est un autre isoforme qui catalyse la réaction dans ce sens

8) Lors d'un tutorat nous avions mis que le ribulose 5P pouvait provenir de l'isomérisation du xylulose 5P. Vous n'avez rien dis sur cet item et du coup les étudiants souhaiteraient savoir si c'est bien possible dans la voie des PP ?
Oui via la ribulose 5 P épimérase

9) Concernant la réaction catalysée par l'hexokinase, dans votre diapo vous avez mis que l'ATP devient ADP+Pi. Or un phosphate est utilisé pour phosphoryler le glucose donc à la fin de la réaction on devrait avoir de l'ADP seulement ?
C’est une coquille bien sûr qui a été corrigée au cours bilan !!!

10) Concernant un item du tutorat : "l'étape 6 permet la formation d'un NADH+ H+ cytoplasmique qui pourra être réoxydé de deux façons différentes en aérobie". Nous l'avions compté vrai et vous êtiez d'accord avec nous, les étudiants demandent pourquoi ce n'est pas 2 NADH+H+ ?
Au cours de la réaction 6 d’oxydation d’un G3P alors 1 NADH + H+ est formé mais pour 2 glucose c’est 2 NADH + 2H+ qui seront formés

11) Dans la diapositive numéro 22 du catabolisme des acides aminés, à quoi correspond le 25% de NH3 ?
25% de NH3 exporté du muscle sous forme d’alanine

12) Concernant la GDH dans le métabolisme des Acides Aminés, serait-il possible de revenir sur ses capacités d’utilisation du NAD+ et du NADPH,H+ ?
NAD+ dans le sens -cétoglutarate et NADPH+H+ dans le sens glutamate - Orientation fonction des besoins de la cellule

13) Les VLDL contiennent elles des triglycérides exogènes ?
Non, Les VLDL transportent des TG endogènes

Pr. Van Obberghen - Part 3

Dans les réponses précédentes, concernant l'hydrolyse de la liaison du PEP il est dit "effectivement il est plus correct de spécifier la valeur négative quand on parle de liaison riche en énergie". Les étudiants n'ont pas compris cette réponse et souhaiteraient savoir ce que vous entendez par là. Préciserez vous le jour du concours que l'on parle en valeur absolue ou alors considérez que l'hydrolyse du PEP est la réaction qui possède la valeur négative de delta G o' la plus faible (ce qui est tout de même étrange car c'est la molécule la plus énergétique du programme) ?
'L'hydrolyse du PEP est la réaction qui possède la valeur négative de delta G o' la plus faible" n'est pas la version correcte. Le prof préfère dire :
1. l'hydrolyse du phosphoénolpyruvate possède la valeur de delta G'0 la plus négative et est donc la plus exergonique
2. si jamais il y avait un QCM sur ce point il sera spécifié :"l'hydrolyse du phosphoénolpyruvate a un delta G'0 ayant la valeur la plus négative OU cette réaction est la plus exergonique