Quid de l'électrophorèse bidimensionnelle ?

[JD]

Salutations structurales et biochimiques !

Je me demandais :

- Dans cas d'une électrophorèse bidimensionnelle, peut-on dire que plus les protéines sont basiques, plus elles migrent loin ?

- Dans le cas d'une électrophorèse simple, il est hors sujet de dire que plus les protéines sont négatives, plus elles migrent loin, vu que leur migration dépendra de la réticulation du maillage et donc, de leur PM ?

- L'item (Dont je tairai la source) : "Lors d'une électrophorèse simple, les protéines sont séparées en fonction de leur taille" est compté vrai... Or dans le cours il est bien précisé : Poids Moléculaire ! Que considère le professeur Van O ?

- Y'a t'il un rapport, lors de l'électrophorèse bidimensionnelle, entre la charge nette des protéines et leur migration ? Ou c'est simplement en fonction de leur pHi ?

Merci à vous, et Dieu bénisse la Biochimie !

[BOB]

Salutations structurales et biochimiques !

Avé Joséphine

Je me demandais :

- Dans cas d'une électrophorèse bidimensionnelle, peut-on dire que plus les protéines sont basiques, plus elles migrent loin ?

Mmmmmh je pense que c'est pas toujours vrai, elles vont migrer en fonction de leur phi, admettons qu'une protéine aie 5+ a pH=0 mais que ces 5+ proviennent d'un même groupement ionisable dont le Pka est de 4,0 : arrive a pH = 4 la charge nette de la prot sera nulle
Maintenant tu as une prot charge 3+ a pH=o mais avec 2 grp dont le pKa est de 4 et un grp dont le Pka est de 6, le phi sera atteint plus loin, donc cette prot initialement moins chargée migrera plus loin
Si je ne te dis pas de bêtises, je pense que ça réponds aussi a ta dernière question

- Dans le cas d'une électrophorèse simple, il est hors sujet de dire que plus les protéines sont négatives, plus elles migrent loin, vu que leur migration dépendra de la réticulation du maillage et donc, de leur PM ?

Oui, le SDS permet d'annuler les charges, on ne compte plus que sur la taille / masse moléculaire

- L'item (Dont je tairai la source) : "Lors d'une électrophorèse simple, les protéines sont séparées en fonction de leur taille" est compté vrai... Or dans le cours il est bien précisé : Poids Moléculaire ! Que considère le professeur Van O ?

tiens, comme une impression de déjà vu cet item...
En cours il a clairement dit les déçu, je pense pas qu'il fasse la distinction, personnellement qu'il marque taille ou masse moléculaire, si l'item est juste je ne ferai pas la différence entre les deux

- Y'a t'il un rapport, lors de l'électrophorèse bidimensionnelle, entre la charge nette des protéines et leur migration ? Ou c'est simplement en fonction de leur pHi ?

Merci à vous, et Dieu bénisse la Biochimie !

Bonne journée

[JD]

Salut BOB et merci pour ta réponse !

Mmmmmh je pense que c'est pas toujours vrai, elles vont migrer en fonction de leur phi, admettons qu'une protéine aie 5+ a pH=0 mais que ces 5+ proviennent d'un même groupement ionisable dont le Pka est de 4,0 : arrive a pH = 4 la charge nette de la prot sera nulle
Maintenant tu as une prot charge 3+ a pH=o mais avec 2 grp dont le pKa est de 4 et un grp dont le Pka est de 6, le phi sera atteint plus loin, donc cette prot initialement moins chargée migrera plus loin
Si je ne te dis pas de bêtises, je pense que ça réponds aussi a ta dernière question

Je ne pense pas que ce soit ça, car le pKa d'un groupement n'est pas toujours le même, je pense que cela dépend de la structure et de l'environnement du groupement !

Je prends l'exemple des AA ionisés, comme l'Aspartate qui possède deux fonctions -COOH et pourtant les deux fonctions possèdent un pKa différent, ce qui donne un pHi différent à l'AA !

Et si ce que je dis s'applique de manière générale, on peut établir un lien direct donc entre la basicité/acidité et la distance de migration maximale/minimale d'une protéine !

Ce qui me ramène également à ma dernière question, je crois avoir vu dans un item compté juste qu'il y avait un quelconque rapport entre la négativité et la migration des protéines :/

Poutous

[BOB]

C'est justement pck le Pka n'est pas toujours le même que je pense pas qu'on puisse généraliser

Peut âtre que L'item sur l'acidité auquel tu pense est celui qui est tombé au tut, il disait que plus l'acide migrait vers l'anode, plus il était chargée négativement (car de plus en plus déprotonné)
Ça c'est vrai, mais ça ne veux pas dire que plus un AA est protonné plus il migrera loin, enfin, du moins pas obligatoirement !

Tout a l'heure je t'ai pris un Pka de 4 dans les 2 exemples mais disons :
- une prot chargée 2+ avec un Pka de 3 et un Pka de 5 elle atteindra plus vite son phi que
Une prot chargée 1+ avec un Pka de 6 (qui elle migrera plus loin)

Tu vois ?

[JD]

Yes j'ai pigé ! Merci