Acides aminés de contact et poche hydrophobe

[kinésine]

Hello tout le monde !

Hier pendant le cour de bioénergetique la prof a évoqué le fait que le site actif pouvait former une poche hydrophobe. Seulement, dans son diapo lorsqu'on a fait les acides aminés de contact il me semble qu'elle a noté que ces acides sont polaires souvent chargés, généralement K,R,H,D,E,STY,C.
N'est ce pas un peu en contradiction avec la formation d'une poche hydrophobe donc apolaire ?

[Radagast]

Salut!

C'est bien une poche hydrophobe dans le sens où l'eau est très généralement exclue du site actif. Par contre ça sera bien des acides aminés polaires et très souvent chargés qui formeront le site actif, ils permettent de former des liaisons ioniques ou hydrogène avec le substrat (donc de faible niveau énergétique).

Tu comprends mieux?

[kinésine]

Je veux bien que tu reprécise, si ça te dérange pas trop...
En fait lorsque le ou les substrats sont liés la poche est hydrophobe par contre les acides aminés du site actif tous seuls restent polaires et attirent l'eau quand même ? C'est bien la formation des liaisons qui fait que la poche est hydrophobe ?

[Radagast]

C'est une poche hydrophobe parce que l'eau ne rentre pas dedans, elle n'a pas une forme adaptée pour rentrer si tu veux. Mais que les acides aminés du site actif soient polaire ne signifie pas forcément qu'ils sont en contact avec de l'eau (sauf si l'eau est un substrat/produit), c'est juste qu'ils vont former des liaisons de type ionique ou hydrogène avec le substrat.

[kinésine]

D'accord j'ai compris ! Merci d'avoir eu la patience de me répondre !