Coucou! 
La
loi de l'assortiment indépendant des caractères n'est
pas valable pour des gènes situés sur la même paire car, lors de ses travaux, Mendel n'a pris en compte que les
gènes situés sur des chromosomes différents : il n'a
pas considéré le cas où on a des
gènes situés sur des chromosomes homologues. Donc en fait, son raisonnement était
incomplet.
Si on reprend ton exemple : On a un
gène "couleur" (J/j) porté par le
K n°2 et un
gène "forme" (R/r) porté par le
K n°3.
D'après la loi de l'assortiment indépendant, on peut obtenir à la fin
4 combinaisons possibles :
J/R ;
j/r ;
J/r ;
j/R.
Ceci est dû au
brassage interchromosomique survenant en
Métaphase de Méiose I, donc c'est l'assortiment aléatoire entre les K maternels et paternels.
Par contre, si cette fois-ci nos
gènes "couleur" et "forme" (RJ/rj) sont sur le
même chromosome, d'après la loi de l'assortiment indépendant, on ne devrait pas avoir de brassage vu que les gènes ne sont pas indépendants.
Donc on obtiendrait
en théorie que
2 combinaisons possibles :
RJ ;
rj.
Le problème c'est que plus tard, lorsque Morgan étudie les
gènes "couleur" et "ailes" situés sur le chromosome X de la mouche, il découvre que de
nouveaux haplotypes (combinaisons d'allèles) peuvent se former.
Donc si on reprend l'exemple des
gènes "couleur" et "forme" (RJ/rj), avec la découverte de Morgan, on voit qu'on peut obtenir
en réalité jusqu'à
4 combinaisons possibles :
J/R ;
j/r ;
J/r ;
j/R, donc comme lorsqu'on avait des gènes non liés.
Morgan explique cela par l'existence des
Crossing-over (échanges de matériel génétique entre chromosomes homologues) et
non par la
loi de l'assortiment indépendant des caractères.
Donc, en conclusion, on voit que :

La
loi de l'assortiment indépendant de Mendel n'est valable que pour les
gènes indépendants 
L'assortiment des
allèles physiquement liés est expliqué par la présence de
Crossing-over.
Voilà, est-ce que c'est bon pour toi?
