NGS - Lecture longue, peu de gigabase

[LAMsa]

Bonjour !

J'aimerais bien que l'on m'explique, s'il vous plait, la phrase suivante (Ronéo 4 page 12) :

Pour des lectures longues, on génère peu de gigabases (cette technique favorise la longueur de la séquence plutôt que le nombre.

La longueur dépend du nombre... Je commence à douter de tout.

Je ne comprends pas aussi la phrase à la même page :

Justement le nombre de couverture définit la précision de la machine. En effet, c'est pas simple de reconstituer un génome à partir de petites séquences pouvant être prises n'importe où. On a alors besoin de séquencer plusieurs fois pour bien chevaucher les séquences afin de les remettre dans l'ordre.

Comment ne serait-ce que POSSIBLE de savoir l'ordre si nos séquences d'ADN sont séparées les unes des autres ? :sily: On a des brins aléatoires, au final...

Merci.

[sebastienhf]

Bonsoir !

A propos de cette première phrase je trouve qu'il y a une incohérence parce que un peu plus haut on nous dit que ces machines font des séquences de petites tailles, et dans la diapo il est marqué qu'un run produit de nombreuses lectures (donc séquences je suppose). Du coup est ce que ces machines produisent bien beaucoup de séquences mais qui sont de petites tailles ?

Et pour la seconde, pour le coup je trouve que c'est plutot logique, si on a une séquence XXXTTTTT et une autre TTTTTXXX on va pouvoir assembler et former XXXTTTTTXXX, du moins c'est ce que je pense avoir compris (je sais pas si c'est ça que tu demandais...)

[kinésine]

Coucou !

Je vais vous dire ce que j'ai compris, j'ai pas enore regardé la ronéo donc je suis peut être à côté de la plaque mais voilà.

Lecture longue compliquée à faire et met plus de temps (tu te doutes que quand tu veux former un petit brin d'ADN ça mets moins de temps parce que tu peux t'occuper de plein de fragments en même temps tandis que que si t'essaye d'en former un long tu vas te concentrer sur un certain type de fragment et tu vas mettre plus de temps à tâtonner pour trouver la bonne séquece de bases complémentaires)

Après avoir amplifié notre ADN (on a pleiiin de fois la même molécule) on va séparer en différents puits qu'on va traiter différemment avec des endonucléases distinctes. Résultat on a plein de petits fragments différents après chaque traitement.
Pour reprendre l'exemple de sebastienhf, dans une bassine (hm le terme fait très scientifique mais tu captes le concept) tu auras XXXTTTTT et XXX, dans une autre tu auras XX et TTTTTXXX et à partir de là tu en déduis que la séquence que tu cherches est XXTTTTTXXX, en superposant les informations que tu as obtenues.
Tu iras donc plus vite, mais il faudra que tu assembles ensuite les données que tu auras obtenues.

J'espère t'avoir au moins pas plus embrouillée qu'avant Bonne soirée !

[MrCitron]

Salut le peuple

Pour des lectures longues, on génère peu de gigabases (cette technique favorise la longueur de la séquence plutôt que le nombre.

Alors en fait ici ce que le Pr. essaye de dire c'est que plus votre lecture sera longue donc plus elle sera composé de gigabase, et moins vous serez efficace, en effet c'est plus facile de lire 100x des petites séquences, que 1x une grande séquence (imaginer des gens qui doivent lire un livre, c'est beaucoup plus rapide si 10 personnes se partagent le livre à lire en chapitres, que si 1 personne ait à lire le livre en entier)

Justement le nombre de couverture définit la précision de la machine. En effet, c'est pas simple de reconstituer un génome à partir de petites séquences pouvant être prises n'importe où. On a alors besoin de séquencer plusieurs fois pour bien chevaucher les séquences afin de les remettre dans l'ordre.

Normalement tes petits morceaux de génomes sont comparé à un génome dit de référence, et c'est lui qui va te déterminer l'ordre de tes morceaux (c'est comme si tu faisais un puzzle avec un modèle ), là le Pr. dit qu'il faut séquencer plusieurs fois un même gênes découpait de façon différentes à chaque fois pour réussir à les remettre dans l'ordre (ce que je trouve plutôt bizarre et inutile d'ailleurs )

C'est bon pour vous? Bonne journée

[LAMsa]

Bonjour !

C'est bon pour moi, merci beaucoup à vous trois !

J'attends de voir si c'est bon pour tout le monde, et je passe en résolu.