KD intermédiare

[LAMsa]

Coucou !

J'aimerais qu'on m'éclaire concernant cette notion de : Knock-Down intermédiare. Je ne comprends pas comment cela est-il possible ? Si on effectue un knock down, il devrait être complet, je veux dire : il ne doit PAS y avoir de cellule qui exprime encore ce gène, donc pourquoi serait-il intermédiaire ?

Je suis vraiment désolée de poster autant de questions, merci beaucoup à vous pour votre attention et votre aide !

[Bluebird]

Pareil je ne comprend pas

Est ce que ce serait possible d'avoir un récap par rapport à tous ces KO, KI ... (et j'en passe) de la ronéo 5

Merci beaucoup beaucoup pour ce que vous faites ! (et la fiche de la NER )

[Saravioli]

Hello Alors étant allée en cours je vais essayer d'expliquer ce que j'ai compris

Le knock down se fait grâce à des ARNi des ARN interferent qui sont au départ produit sous forme de double brins puis pris en charge par le complexe RISC qui les "met" sous forme de simple brin sur l'ARNm pour dégrader cet ARNm. Du coup l'ARNm ne sera plus là et la protéine non traduite et le gène ne s'explique que partiellement. Car en fait la subtilité est là, c'est que quelque ARNm vont échapper au ARNi (pour x raison) et vont être traduit en protéine, du coup ton gène n'est pas validé à 100% mais uniquement partiellement vu qu'il s'exprime un peu contrairement au Knock out ou le Knock in où ton gène disparait de ton génome et ne peut donc plus s'exprimer, c'est une invalidation à 100% si tu veux.


Je vous met un article que j'ai trouvé si ça peut vous aider :

De nouveaux outils récemment mis au point offrent de nouvelles manières d’inactiver des gènes précis et commencent à avoir un impact majeur en biotechnologie. Parmi ceux-ci figure l’utilisation des ARN dits «interférents» (ARNi). Pour résumer sommairement, nous savons que certaines régions d’ADN (les gènes) constituent un message codé qui permet la production de protéines spécifiques. Or, pour qu’un gène puisse s’exprimer et produire ses effets, l’ARN messager, qui est une copie du gène, doit d’abord être traduit en protéine. Les ARNi peuvent spécifiquement détruire les ARN messagers ayant la même séquence qu’eux ou inhiber le processus de traduction. Les progrès techniques réalisés en matière de transgenèse permettent aujourd’hui d’exprimer des gènes codant pour des ARNi qui, à leur tour, peuvent empêcher l’expression d’un gène spécifique (5). Cette méthode appelée knock down permet donc d’inactiver un gène mais de manière plus subtile que le knock out décrit plus haut.

J'espère avoir bien expliqué et ne pas m'être trompée et j'attends de voir les explications des tuteurs

[LAMsa]

Coucou Saravioli !

Tu as très bien expliqué, c'est clair pour moi. En faite, j'avais confondu KD et KO ! #Déshonneur #TuezMoi #BrainWhyYouDoThis

Merci beaucoup à toi !

J'attends de voir si c'est bon pour Bluebird et je passe en résolu.

[Saravioli]

Hello

Contente d'avoir pu servir en tout cas, au moins je ne fais pas fausse route non plus #doublebenef

[LAMsa]

Merci encore ! Si ça peut te rassurer encore plus, je peux attendre la confirmation tutoresque avant de passer en résolu, Saravioli !
(Même si pour moi, ça me semble tout logique. ^w^)

[Saravioli]

Oui moi j'aimerai attendre l'aval des tuteurs ça me rassurerait vraiment Je t'en prie encore Lamsa On attend la réponse de BlueBird pour voir ce qu'elle en pense

[Bluebird]

Coucou

Déjà merci à ravioli

Ce que je comprend donc c'est (à confirmer ... vraiment )

KO (= Knock Out pour les intimes) : on invalide un gène entièrement par un gène "inactivateur" grâce à la transgénèse par recombinaison homologue / légitime + un gène de sélection tel que la puromicyne sur le gène qu'on introduit

KI (= Knock In) : on remplace entièrement un gène par un autregène "activateur" grâce à la transgénèse par recombinaison homologue + un gène de sélection à la puromicyne pour sélectionner le gène résistant, au moins on peut voir quels sont les gènes qui ont intégré le génome

KD (= Knock Down) : on détruit un gène partiellement grâces aux ARNsi (par recombinaison homologue (?) )
C'est là que je me perd car avec le KD on n'introduit pas un gène mais direct des ARNi ? ou on introduit un gène transcrit en ARNi (avec ou sans puromicyne ?) (là je me perd , je vois pas trop à quoi sa servirait de mettre la puromicyne et ou on la mettrait dans le cas où on introduit direct un ARNsi )

Bref en gros c'est le gros bordel dans ma tête

Merci par avance

[kinésine]

Coucou !

Alors déjà pour comprendre l'interférence ARN je vous conseille fortement cette vidéo (je vous fait même un petit coucou à la fin)

Pour te répondre -Bluebird- je ne pense pas que tu transfecte un quelconque gène de résistance quand tu fais du KD déjà parce que des nucléases vont agir sur ton ARN double brin, et ensuite parce que de toutes façons, l'interférence est transitoire et ne concerne pas du tout une intégration au niveau de l'ADN parent. Elle concerne donc toutes les cellules correctement transfectées, le temps que le cytoplasme soit renouvelé.

Pour les curieux, le phénomène d'interférence a été découvert par hasard quand on voulait obtenir plus de pigments responsables de la couleur chez un certain type de fleurs (des pensées si je me souviens bien) en injectant donc des ARN supplémentaires, et on s'est rendus compte qu'au lieu de les avoir très colorées, elles se retrouvaient blanches.

Execllent dimanche à vous

[MrCitron]

Salut tous le monde

Merci Saravioli de ta réponse qui répond bien à la question

Je vais vous faire un mini-récap, mais normalement je sortirai une fiche ce soir sur tous ce qui concerne ce cours sur l'Analyse Génétique

K.O : On inactive complètement un gène
K.I : On greffe un moyen de localisation à ce gène pour savoir où il s'exprime
K.D: On introduit par transgénèse une portion d'ADN identique au gène d'intérêt capable de produire des ARN double brins qui vont induire la destruction de l'ARNm via le complexe RISC, le K.D n'est que partiel car il arrive toujours que certains ARNm arrivent à s'enfuir et se fassent traduire dans le cytoplasme, malgré tout on réduit l'expression de cette protéine

C'est bon pour vous? Bonne journée

[Bluebird]

Merci Mr citron (et kinésine hein )

Juste un petit truc (me tuez pas )

Pour le KI du coup c'est juste pour voir où le gène est situé et non pour savoir s'il est activé ou pas ?

[MrCitron]

Ton gène va forcément s'activer parce que tu lui rajoute juste une étiquette (appelé aussi tag), tu ne modifie en rien son fonctionnement tu veux juste savoir où il est situé

[Bluebird]

ok c'est bon je vois le truc

Merci