Amorces 5'/3' NGS

[Brynn]

Salut!

Certains items du CC de l'année dernière ont réveillé des incompréhensions concernant la NGS:

"Les amorces qui s'hybrident en 5' des fragments ont toutes la même sequence"
"Les amorces qui s'hybrident en 3' des fragments ont toutes la même sequence"

A cette étape de ligation des amorces A et P1, notre ADN se trouve encore double brin (pas encore dénaturé)

Donc les adaptateurs P1 et A doivent etre double brin (cf schéma ronéo 3) et forcément comme les deux brins sont en sens inverse on aura P1 en 5' pour le brin d'en haut (par exemple) mais aussi en 3' pour le brin d'en bas...

Ce qui fait que P1 pourra se retrouver en 5' ou en 3' et idem pour A
Or P1 et A étant différents, les extrémités 5' ne seront pas toutes identiques

Qu'est-ce qui m'échappe?

Merci

[Luffylink]

Salut

Le point que tu soulèves n'est pas du tout dénué de bon sens

Je suis en train de préparer un mail au prof, j'ajouterai ta question

[Brynn]

Au cas ou

Merci beaucoup!

Voila l'image ou ca se passe au cas ou ^^

[Luffylink]

En fait je vais concentrer ma question sur ce paragraphe :

Grâce aux adaptateurs, on n’a plus besoin que d’un seul couple de primers pour l’amplification par PCR car tous les fragments auront les mêmes extrémités 5’ ou 3’.

Le fragment cité est-il bien simple brin pour concorder avec le reste de la notion ?

On est d'accord ?

[Brynn]

Oui c'est bien ce paragraphe.

Le pb vient du fait qu'a cette étape l'ADN n'est pas dénaturé et sur le schéma nous voyons bien que l'adaptateur se met du meme coté de la chromatide (a moins que sur le schema 1 batonnet=1brin? Mais dans ce cas l'ADN est dénaturé? )

Je crois que ce qui me perturbe le plus c'est le schema car si 1baton = 1 brin l'ADN est denaturé car P1 est du meme coté...