(OK) QCM sur électrophorèse et PHi

[Sherry]

Bonjour
J'aurai besoin d'un peu d'aide pour résoudre ce QCM :

QCM 14 : A propos du tétrapeptide H-R-T-D. Les vraies.
A) En milieu très acide, si l’on faisait une électrophorèse, ce peptide migrerait vers la cathode
B) En milieu très acide, et en présence de lysine libre dans la solution, si l’on faisait une électrophorèse, ce peptide et la lysine migreraient dans le même sens
C) Le pHi de ce peptide est acide
D) Ce peptide est lysable par la trypsine
E) Aucune de ces réponses n’est correcte
Données : pKr (H) = 6, pKr (R) = 12,5, pKr (D) = 3,9

=> Réponse : ABD. Comme la correction n'est pas très détaillée je vous met ce que j'ai fais parce que je ne suis pas sur que ce soit bien ça ...
A) En milieu acide,R et H sont chargés +,D n'est pas chargé et l’extrémité N term qui est chargé +. On à donc 3+,et le peptide migre à la cathode.
B) La lysine en milieu acide et chargé +. Comme elle est libre,il y à aussi sont extrémité N term,on à donc 2+.
C) Alors pour le PHi j'ai un peu de mal... Je dessine 5 bols (5 fonctions ionisables),et je compte les charges (c'est là ou je m'embrouille) : on se place à quel PH ? Si je compte à PH physio on à Nterm = +, Cterm = -,R = +,H = +, D = - => +1 Mais ça ne marche pas parce que dans la correction il mette PHi = 7,5 et je ne trouve pas ça du tout...

[ÅLEX]

ok j'ai fait n'importe quoi

[Ilan]

pour la C JE TROUVE PHI 7,5 donc c'est bien faux. En utilisant les bols sa marche tres bien.

[Sherry]

Tu peux m'expliquer comment tu fais pour trouver PHi = 7,5 ?

[Ilan]

methodes des bols! ensuites tu cherches ton phi Et tu fais si ta bien ranger dans l'ordre croissant les pkas et dans l'ordre decroissant les charges tu devrais avoir ton phi compris entre le pka de l'histidine et le pka de l'amine (nter) et tu trouve 7,8 donc C est FAUX.

[ÅLEX]

Je viens de me remémorer les bols et je trouve 7,5...
Ton raisonnement est juste, sur le premier pic du bol tu auras une charge +3 pour determiner le nombre de charge + on prned ph=0 quand tous est protoné...puis sur chaque pointe tu enleves 1.

Tu fais un pHi classique quand la charge est égal à 0 et tu retombes bien sur 7,5.

[Sherry]

Je n'y arrive toujours pas,je ne trouve pas le bon compte pour les charges... Puis le PKa de (l'histidine + amine) /2 ça donne pas 7,8 pour moi... J'aimerais bien avoir une correction détaillée,parce que à part savoir que je fais 5 bols bah je suis perdue. Je ne trouve pas du tout une charge +2.

[Ilan]

tu trouve 7,8 DONC tu peux repondre a l'item en disant que c'est faux. Il est impossible de tomber pile sur 7,5/ . si on me dit comment on fait les petits dessins sur le forum je veux te le montrer

[-Manon]

Hello,

J'en profite pour demander :
La trypsine hydrolyse l'HIstidine en plus de l'Arginine et la Lysine ? Enfin vu le qcm la réponse m'a l'air d'être OUI mais bon c'était pas précisé dans le cours !

Sinon pour la méthode des bols, tu dessines autant de bols qu'il n'y a de fonctions ionisables (ici 5)
Au creux de chaque bol, tu mets le pKa correspondant à chaque fonction ionisable en ordre croissant (ici 2 / 3,9 / 6 / 9 / 12,5)
En haut de chaque bol, tu va mettre la charge portée par le peptide en fonction des différents pKa, alors correspondant ici à un pH. Perso, ce que je fais, c'est que je compte le nombre de base à pH<2, ici +3 (possible si t'as pas 2 fois le même AA ionisable, sinon c'est un peu différent), et à partir de ça, tu retires à chaque fois une charge, ça donne : +3 / +2 / +1 /0 / -1 / -2 (par exemple le +1 il se retrouvera entre 3,9 et 6.
Voilà, t'as toutes les clés pour résoudre tous types de qcm.
Ici on te demande le pHi, et tu sais par définition que ça correspond au pH pour lequel le nb de charge est 0. Tu prends les 2 pKa qui l'entourent: 6 et 9 (si tu considères que le pKa de l'amine est 9) et tu les additionnent et tu divises le résultat par 2 -> TADAAAAAAAAAA pHi = 7,5

J'espère t'avoir aidée

[-Manon]

Alex t'as du oublier la charge + de l'amine, parce que ça donne +3 à la base !

[Sherry]

Super, merci manon ! . A PH < 2 je trouve +3 aussi ( pour R,H, et N term). Comment fait on déjà quand on à les 2 mêmes acides aminés ?

[Sherry]

Tu as raison Manon,pourquoi le peptide est lysable par la trypsine ?

[ÅLEX]

PICT: coupe le N-term
Hydrazine: coupe C-term
Bromure cyanogène: coupe après la M, et l'extrémité COOH sera non chargé
La trypsine coupe à droite R et K
Chymiotrypsine : coupe à droite de FYLMW
Elastase: SAG
Carbopetidases : coupe à gauche
A==>VALI
B==> RK

Quand tu as plusieurs AA identique tu changes rien à la méthode, tu les comptes quand même.

Oui je viens d'éditer ça j'ai du mal a compter jusqu'à 3
Bonne soirée

[-Manon]

Ah nan en fait y a R

[*Pichu*]

Super, merci manon ! . A PH < 2 je trouve +3 aussi ( pour R,H, et N term). Comment fait on déjà quand on à les 2 mêmes acides aminés ?

++ Comment on fait quand y'a les deux mêmes ?

[Sherry]

Haaa merci Alex ! Tu ne sais peut être pas compter jusqu'à 3 mais moi je ne connais pas mon alphabet non plus visiblement : sur ma fiche j'ai écris que la trypsine coupe à droite de N et K... quelle catastrophe je suis ! J'ai rectifiée cette grosse ENORME faute sur ma fiche,merci beaucoup .

Pichu : Apparemment si tu as 2 fois le même acides aminés ionisables tu fais normalement en le comptant dans tes bols 2 fois,et en classant 2 fois aussi le même PKa si j'ai bien compris.

[*Pichu*]

Donc en bas de 2 bols consécutifs y'aura le même pkA ?

[-Manon]

Oui voilà, en fait y a deux façons :

Soit deux bols consécutifs avec le même pKa mais dans ce cas faut faire attention au niveau de calcul du pHi si la charge 0 est entre les deux, elle est sautée en fait, enfin c'est pas très clair parce que je me souviens plus trop x).
Ou alors on mets dans le même bol le pKa des deux, et on oublie pas de non pas enlever une charge quand on passe dessus, mais deux !

Mais c'est pas important puisqu'on aura plus ce genre d'exos maintenant !

[*Pichu*]

Au top merci beaucoup ! On sait jamais, p-e qu'il reprendra les formes de Mengual (p-e = espérons en fait )
En tout cas merci je m'acharne sur ça depuis 1 an et j'avais jamais compris

[-Manon]

Derien !
Enfin jpense quand même qu'il nous aurait fait apprendre les pKa si il voulait remettre ce genre d'exo !
Enfin jtrouve que c'était quand même pas mal ces qcms de la méthode des bols, une fois que t'as compris c'est cadeau !