Pleins de petites questions sur le cours de biomol !

[Mésange bleue]

Bonjour à tous

Alors voilà j'ai pas fini de lire la fiche de biomol mais j'ai déjà pleins de questions dessus . Bon, je commence :

- p.4 : on parle de "séquence de Kozak" 5'-A/GCCA/GCCAUGA/G-3' : c'est quoi véritablement et surtout est-elle à connaitre ( ) ?

- p.5 : Adénosine -> Inosine (-> Wooble) : je crois comprendre que les bases A de l'ARNt deviennent I (c'est ça ? ) et Wooble dans cette histoire ? (ça doit avoir un lien avec les codons synonymes pour permettre un appariement flexible entre codon/anticodon , n'est-ce-pas ?)

- p.5 : qu'est-ce que c'est tRNA (ARNt en anglais ?) ? Et si tRNA = ARNt pourquoi y a t-il écrit qu'il n'y en a que 40 pour 64 codons (ça devrait être 48 ? )

- P.5 : il est écrit "guanine de l'anticodon s'apparie avec U/C" et 3 lignes en-dessous "guanine obligatoire lorsque U,C et A spécifient un AA différent ou codon stop" : déjà ça semble dire que G de l'anticodon s'apparie aussi avec A. Autre souci, j'ai noté en cours qu'il n'existait pas d'ARNt pour le codon stop, donc qu'est-ce que je dois retenir ?

- p.5 : "(U*) ne reconnait que A" : pourquoi le * ?

- p.5 : "3 tRNAs différents pour chacune des 16 boites" : c'est quoi cette histoire de boites ?

Voilà j'ai fini mon listing !! Je vous cède à présent la parole

Merci d'avance

[Lady Vic]

Bonjour Mésange Bleue ( tu as déjà la pêche de bon matin )

Alors alors, je vais te répondre étape par étape ^^:



- Pour la séquence de Kozak:

La séquence de Kozak qui est toujours présente indique la position du codon AUG INITIATEUR. ( Je précise le codon AUG initiateur car plus loin sur ta séquence tu peux rencontrer des codons AUG qui donnent la Méthionine MAIS ces codons là ne sont pas considérés comme le codon initiateur de la traduction : Pourquoi ? Parce qu'ils ne sont pas précédés de la séquence de Kozak.

Donc la séquence de Kozak c'est : 5' - PurineCCPurineCCAUGPurine - 3'
Dans les purines, tu as le choix entre Adénine et Guanine. C'est pour cela que dans la fiche et dans le poly du prof la séquence de Kozak est réprésentée ainsi : 5' - A/GCCA/GCCAUGA/G - 3'

Il peut donc y avoir diverses séquences de Kozak selon que l'on choisisse Adénine ou Guanine dans la séquence.
Et je pense effectivement que c'est à connaître



- Adénosine -> Inosine ( -> Wooble ) :

Alors en fait, ceci est un exemple de modifications des ARNt lors de leur maturation. Les ARNt après maturation peuvent donc contenir de l'Inosine (base purique) obtenue par désamination de l'Adénine.
Ainsi, l'Inosine s'apparie aussi bien avec l'Uracile, la Cytosine et l'Adénine ( tu peux voir cette correspondance dans le tableau codon-anticodon répertoriant l'hypothèse de Crick et Guthrie : diapo 28 de la Tut'rentrée ).
Le Wooble sert à économiser les ARNt autrement dit son intérêt au Wooble est de permettre aux ARNt de reconnaître plusieurs codons synonymes représentant le même AA. Un anticodon reconnaît plusieurs codons.



- Oui c'est exact ARNt=tRNA

Et effectivement j'ai fait une erreur de frappe : chez l'homme il y a bien 48 ARNt pour 64 codons



- L'hypothèse formulée par Crick repose sur l'idée suivante :

La guanine est obligatoire lorsque U,C et A donnent un AA différent ou un Stop et l'Inosine est utilisée dans les autres cas. Mais c'était une hypothèse.
Donc pour Crick (et seulement pour Crick ) G de l'anticodon s'apparie avec A. Mais en réalité, ce n'est pas le cas.

Par contre, la règle réelle (qui vient de Guthrie) précise que U et C du codon sont reconnues par G ou I et que U modifiée de l'anticodon (U*) ne reconnaît que A.

Et effectivement, il n'y a pas d'ARNt pour les codons STOP.



- Le * est pour bien distinguer qu'il s'agit de l'uracile MODIFIEE : l'uracile qui ne pourra s'apparier qu'avec l'Adénine ( Cf. hypothèse affinée par Guthrie).
Cet U* dans le tableau de la diapo 28 de la tut'rentrée se trouve dans la colonne de droite, colonne de Guthrie.



- Les 16 boîtes correspondent aux 16 cases du tableau du code génétique :

En fait ce tableau ( que je n'ai pas mis dans les diapos de la Tut'rentrée ni dans la fiche ... sorry ) est le tableau à 3 entrées du code génétique. Et il faut savoir que dans ce tableau, l'intersection du nucléotide 1 avec le 2ème et le 3ème te donne le sens de chaque codon.



Voili voilou, en espérant que tout soit compréhensible " Je crois bien que vais me faire une tite' sieste maintenant" ( je rigole )

Bon dimanche Mésange Bleue

[Mésange bleue]

Un grand merci Lady Vic , ton explication est super complète !! Tu la mérites bien cette sieste !!

Bonne dimanche à toi aussi

[Est-elle?]

J'aurais juste besoin de trois p'tits compléments s'il vous plait

-> tRNA = ARNt tout le temps, ou ce n'était qu'une erreur de frappe passagère?

-> Et le tableau des 16boites du code génétique sera pas à savoir par coeur ?

-> on nous a dit qu'il existait 20AA différents, pourtant sur la fiche il est marqué 21, à l'oral j'ai noté 20, et sur l'image de la diapo il y a marqué 20AA différents... WTF

Merci beaucoup d'avance !!
Bonne journée à vous

[nicow]

Salut,

1)tRNA = ARNt tout le temps (enfaite c'est de l'anglais: transfert ribonucléic acid, C'est comme DNA a la place d'ADN ... rien de bien compliqué)

2)Non n'apprends pas ca par coeur (personnelement j'avais appris codon Start et les 3 codons stop ^^)

3) Alors la je crois me rappeler qu'il y a de très rares AA mais qui sont pourtant codés par le code génétique (si tu veux tout savoir : séléno-cystéine / pyrolysine) ... mais si on te demande retient 20, même en bioch il en parle plus (le prof en parlait il y a 2ans)
Donc 20 AA codés par le code génétique pour nous (jeunes P1 inconscients)

Bonne journée

[Est-elle?]

Salut,

Merci énormément pour ta réponse si rapide !! C'est trop gentil à toi, ca fait du bien de savoir qu'on a pas ce .... tableau si... charmant à connaitre par coeur

Excellente journée à toi !!

[Lady Vic]

Coucou

Nicow a absolument raison tRNA=ARNt tout le temps :

tRNA ( transfer RNA ) est la version anglaise.
ARNt (ARN de transfert ) est la version française.

Donc c'est bien la même chose.

L'erreur de frappe concerne le nombre d'ARNt. Dans la fiche, j'ai mis 40 ARNt pour 64 codons au lieu de 48 ARNt pour 64 codons.

En ce qui concerne le tableau du code génétique .... Heureuseument pour vous qu'il n'est pas à apprendre par !!!!!

Et pour le nombre d'AA : Nicow a vu juste, en Biomol' retient "20 AA".

Juste une petite explication du pourquoi/du comment :

20 AA peuvent être incorporés dans les protéines lors de la traduction :
-Alanine
-Arginine
-Asparagine
-Acide Aspartique
-Cystéine
-Glutamine
-Acide Glutamique
-Glycine
-Histidine
-Isoleucine
-Leucine
-Lysine
-Méthionine
-Phénylalanine
-Proline
-Thréonine
-Tryptophane
-Tyrosine
-Valine
-Sérine

Et tu peux également avoir la SELENOCYSTEINE qui est un AA RARE, formé à partir de la sérine, incorporé dans les protéines par traduction du codon UGA, qui est normalement un codon STOP.

Après d'autres AA sont retrouvés par modifications enzymatiques des protéines comme l'hydroxyproline etc....

Donc retiens 20 AA ! Et comme te l'a si bien dit Nicow ( vous allez voir ça en long, en large et en travers en Bioch' ).

Bonne journée à vous également et GOOD LUCK ^^ !!!!!!!!!!!!

[♦MC♦]

Salut, sur ton diapo de biomol, je ne vois pas où la guanine est un anticodon pouvant être appareillé à l'adénine ?
Sur la diapo 26/28 : A -> U / I ????

Merci d'avance

[Lady Vic]

Coucou MC SCHURROS

Alors j'espère que je ne vais pas m'égarer dans les explications ^^

On va s'arrêter sur la DIAPO 28
Donc déjà on va regarder la colonne de gauche "codon" et la colonne de droite "anticodon-Guthrie" autrement dit la colonne des règles réelles du Wooble.
La colonne du milieu ne nous intéresse pas pour ta question puisque c'est l'hypothèse proposée par Crick.

Ensuite c'est normal que tu ne vois pas que la GUANINE est un anticodon pouvant être appareillé à l'ADENINE. Pourquoi ?

En ce qui concerne le Wooble des ARNm, on utilise : U, C, A et G.

I et U*(= U modifiée) : C'est pour la maturation des ARNt. Le Wooble des ARNt sert à économiser les ARNt et à résoudre le problème de l'ambiguité du U qui reconnaît A et G. Donc le U* ne reconnaîtra que le A

-> Ainsi, les modifications de A en I augmentent les possibilités du Wooble
-> Les modifications de U en U* réduisent les possibilités du Wooble

Et tout ça afin d'éviter la confusion entre A et G.
Ex : AUG et AUA sur l'ARNm seraient reconnus par UAU et donc on n'aurait pas pu différencier Méthionine d'Isoleucine.
Mais grâce à la maturation des ARNt : U et C du CODON sont reconnus par GUANINE ou INOSINE de l'ANTICODON et U* de l'ANTICODON ne reconnaît que A ( et non pas la Guanine de l'anticodon qui reconnaît A tout ça pour une question de reconnaissance/distinction).

Olala, j'espère avoir bien expliqué et répondu à ta question

En tout cas bon courage et n'hésites pas à redemander pour ça si tu n'as pas compris

Bonne soirée !!

[♦MC♦]

Salut !
Je crois que c'est pas la réponse que je cherchais ! Mais c'est ma faute, me suis mal exprimé (très belle explication au passage )
Je voulais dire que selon le cours, la loi réelle du VVooble établie par Guthrie mentionne que la guanine n'est désormais plus associée à l'adénine mais uniquement à l'uracile et la cytosine. Ce faisant, je me demandais si la phrase "guanine associée à U/C/A si codon-stop ou autre AA" était considérée une erreur ou si j'avais loupé quelque chose (ce qui est fort possible vu mon état)

Merci beaucoup

[Lady Vic]

Mdr désolée pour l'explication à rallonge qui ne répondait pas à ta question ...

Tkt pas tu es encore lucide

Juste bien distinguer ce que propose Crick et ce qui est repris par Guthrie.

La phrase "guanine associée à U/C/A si codon-stop ou autre AA" correspond à l'HYPOTHESE de CRICK (qui n'avait pas raison pour tout comme ici).

Il faut bien retenir ce que mentionne GUTHRIE : " La guanine n'est désormais plus associée à l'adénine mais uniquement à l'uracile et la cytosine".

Donc bien distinguer ce que mentionne GUTHRIE et ce que propose CRICK.

Est-ce que c'est bon ?

Bonne nuit et n'hésites pas à redemander surtout

[♦MC♦]

Super, merci

[lullaby]

bonjour je permet de ré ouvrir le sujet sur le wooble ( que j'essaye de comprendre XD ) mais je ne comprend pas lorsque tu dis que guthrie dit que " la guanine n'est plus associé a l'adénine mais uniquement à l'uracile et à la cytosine " pour moi la guanine est associé a la cytosine et l'adénine associé a l'uracile

Apres pour le wooble j'ai compris que l'adénine n'etais plus associé a l'uracile mais associée a l'uracile modifiée

et que la guanine ou inosil est associée à la cytosine et à l'uracile

enfin du coup jeveux bien qu'on me réexplique cette phrase qui me pose un petit problème :/

merci d'avance

[Lady Vic]

Re-coucou Lullaby

je ne comprend pas lorsque tu dis que guthrie dit que " la guanine n'est plus associé a l'adénine mais uniquement à l'uracile et à la cytosine " pour moi la guanine est associé a la cytosine et l'adénine associé a l'uracile

Dans la théorie du Wooble, les appariements flexibles permettent de DIMINUER le nombre d'ARNt ( Rappel : 48 ARNt suffisent pour reconnaître 64 codons). Il faut bien savoir que les appariements du Wooble diffèrent des appariements de WATSON et CRICK par la NATURE des bases[/color] ..

Donc :

Apres pour le wooble j'ai compris que l'adénine n'etais plus associé a l'uracile mais associée a l'uracile modifiée
et que la guanine ou inosil est associée à la cytosine et à l'uracile

Tu vois que (selon Crick) l'uracile de l'anticodon pose pbm:
- Si l'uracile codon est reconnu par Adénine et Guanine
- L'uracile anticodon reconnaît aussi Adénine et Guanine d'un codon = Ambiguité pour décoder codon Méthionine et Isoleucine

D'où l'hypothèse affinée par Guthrie qui dit que la MATURATION des ARNt résout le pbm : Adénosine et Uridine sont TOUJOURS modifiées.
ADENOSINE -> INOSINE
URIDINE -> U*

Du coup :
U, C du codon sont reconnues par GUANINE ou INOSINE
U* de l'anticodon ne reconnaît que A.

Et bien, cette partie du cours n'est pas facile facile j'ai envie de dire. Bon j'espère que c'est plus clair. J'ai essayé de faire du mieux que j'ai pu ^^

Bon courage Lullaby

[lullaby]

Re donc il y a une différence entre la wooble et la théorie de Guthriedu coup ? vu que guthrie dit que l'adénine reconnait un Uracile modifié alors que le Wooble dit que l'adénine reconnait un inosine ... ( ra je suis désolée)

[Lady Vic]

Oui c'est parce que Guthrie a affiné la théorie du Wobble afin d'éviter toute ambiguité possible pour décoder les codons

Guthrie = règles réelles du Wobble

[lullaby]

Ok j'ai eu peur un moment j'ai cru que je n'avais rien compris au final. Merci beaucoup pour toute ta patience et ton explication