Les AA : réarrangement

[♣WAJDI♣]

Salut à toutes et à tous, salut aux tutrices et aux tuteurs,
J'ai un petit problème (je pense que d'autres sont le même cas que moi ). En faite, à la tut'rentrée on nous a donné cette classification d'AA :

AA non polaires (donc non ionisables) :
G - A - V - L - I - P - F - W - M
AA polaires non ionisables :
S -T - N - Q
AA polaires ionisables :
C - Y - D - E - K - R - H

Et bizarrement le professeur de bioch nous donne une autre classification, la voici :

AA non polaires (donc non ionisables) :
G - A - V - L - I - P - F - W - M
AA polaires non ionisables :
S -T - N - Q - Y - C
AA polaires ionisables :
D - E
AA polaire basique (est-ce ionisable ou pas ???)
H - K - N - P - A

Bon bref, c'est très flou tout ça, si j'ai fait une erreur je vous prie de me la rectifier
Alors quelle est LA CLASSIFICATION QU'IL FAUT APPRENDRE ? J'espère que tout sera expliqué dans la RONEO.
Aussi, dans des QCM de bioch sur les AA comment on fait pour choisir LE pKa pour chaque AA ?

Merci à vous et passez un bon dimanche.

[yon]

Tuteurs, tutrices vous me corrigerez...

Il y a eu apparemment quelques petites erreurs sur la fiche de la tut'rentrée, et d'après ce que j'ai compris ce qui est dit en cours prévaut tjrs!
Moi ce que j'ai noté c'est:
>apolaires (donc nn ionisables): GAVLIFWMP
>polaires: _non chargés (donc pas ionisables): STYNQC
_chargés (donc ionisables): -acides: DE
-basiques: HKR

[♣WAJDI♣]

Merci pour ta réponse :

je rectifie ce que j'ai écris pour la partie du prof :

AA polaire basique (ionisable - merci yon)
H - K - R - P - A

Par contre moi j'ai ajouté la proline (P) et l'alanine (A) dans les chaines lat polaires basiques.

ps : Comme me l'a fait remarqué yon, j'ai bien mis la P et l'A dans les non polaire.

Alors P et A font-t-il parti aussi des polaires ionisables basiques en plus de H, K et R ?

[mama]

Salut! moi aussi j'ai trouvé qu'il y avait des erreurs dans la fiche de la tut'rentrée et finalement j'ai appris les AA suivant ce schéma:

AA non polaires=non ionisables: GALVIFWMP
AA polaires non ionisables: CYNQST
AA polaires acides: DE
AA polaires basiques: KRH

J'espère que c''est bon parce que c vraiment la galère pour apprendre si non!

[♣WAJDI♣]

Tu as raison mama après c'est plus difficile d'apprendre si on les change régulièrement. Bref, il en faut une classification définitive, correcte pour l'épreuve, j’espère qu'un tuteur va intervenir.

[Alex Kaisui]

Salut! moi aussi j'ai trouvé qu'il y avait des erreurs dans la fiche de la tut'rentrée et finalement j'ai appris les AA suivant ce schéma:

AA non polaires=non ionisables: GALVIFWMP
AA polaires non ionisables: CYNQST
AA polaires acides: DE
AA polaires basiques: KRH

J'espère que c''est bon parce que c vraiment la galère pour apprendre si non!

Faîtes gaffe, c'est pas "non ionisables" mais "non chargés" : C et Y n'ont pas leur chaîne lat chargée à pH neutre, mais ils sont ionisables. Sinon le reste est bon ^^

[mama]

Hmm donc pour les autres par exemple faudrait dire D et E chargés à pH acide??

[♣WAJDI♣]

Merci pou vos réponses mais le prof a dit (enfin d'après ce que j'ai écrit) :
ionisable = chargé = hydrophile
non ionisable = non chargé = hydrophobe

[Alex Kaisui]

Hmm donc pour les autres par exemple faudrait dire D et E chargés à pH acide??

Non leur chaîne lat est acide donc chargé à page neutre !
D et E ont respectivement un pH pour leur COOH de chaîne lat à 3,9 et 4,3, donc à pH physio = 7,4 = neutre, leur chaîne lat est chargée - !

[mama]

Oulala j'aimerai bien un truc complet! ^^
Je reprends, se serait donc:

AA non polaires non chargés: GALVIFWMP
AA polaires non chargés :NQST
AA polaires ionisables neutres: CY
AA polaires ionisables acides: DE
AA polaires ionisables basiques: KRH

??

[♣WAJDI♣]

Et concernant nos deux nouvelles AA (qui viennent d'être découvertes) : la pyrrolysine et la selenocystéine, elles font partie de quelle famille ?

pyrrolysine :

selenocystéine :

[Alex Kaisui]

polaires non chargés (et non ionisables je crois) ^^

[♣WAJDI♣]

oui t'as raison :
http://www.carabinsnicois.fr/phpbb/viewtopic.php?f=182&t=12095

[♣WAJDI♣]

Appel général pour rechercher un tuteur de biochimie ...

[Zehef]

Salut d'abord j'avoue que j'ai pas lu tous les commentaires que vous avez mis pck yen a trente mais en gros j'ai compris le pblm:
Dans la fiche de la tut rentré on vous a pas mis la meme chose que le prof donc la question c'est: Est ce que les tuteurs sont des menteur? lol

Deja je vais vous expliqué pourquoi on a pas mis la meme chose que le prof mais deja sachez que le prof a fait la meme chose l'anné derniere. On vous a presenté les acides aminé soit apolaire donc ionisable soit polaire non ionisable soit polaire ionisable.

alors que lui a fait les apolaire et les polaires non chargés et les chargé et la vous savez pas quoi apprendre... je vous comprend je me suis posé la meme question l'anné derniere et je vous dis: APPRENEZ CA: (c'est ce qu'on a fait a la tut rentrée)

APOLAIRES: G A V L I P F W M

POLAIRES NON IONISABLES: S T N Q U O U= selenocysteine O= pyrrolysine

POLAIRES IONISABLE: C Y D E K R H

Cette classification contient a la fois celle du prof ( je vous explique dans 2 sec ) et en plus vous dresse la liste des AA les plus important pour le concours a savoir les polaires ionisable si il y a un qcm de calcul se sera sur ses acides aminés la ( sure je dirais a 95%).

On a du vous dire a la tut rentré aussi que C et Y sont neutres donc pas chargé.
D et E sont des acides aminé acides donc chargé
H K R basique donc chargé

Le prof a fait sa presentation en fonction de leurs charges a ph physio..
Je veux bien vous rapelle que quand on di que t'elle aa est chargé ou non on parle de sa chaine latérale car le radical commun et deja chargé avec les fonction amine et carbo ok ?

mais ne vous inquité pas la ronéo et bien faite et si vous avez des question n'hesité pas voila j'espere vous avoir eclairer..

[♣WAJDI♣]

Salut,

Merci de m'avoir répondu, c'est gentil de ta part ; et concernant les pKa pourquoi on nous donne dans les QCM 3 valeurs par ex :
2,3/4,6/9,5
je n'ai pas réellement compris comment on faisait pour choisir LE pKa utile et dans la foulée pourrais-tu me donner l'ordre de grandeur des pKa de tous les AA ?
Merci bien.

[♣WAJDI♣]

Salut d'abord j'avoue que j'ai pas lu tous les commentaires que vous avez mis pck yen a trente mais en gros j'ai compris le pblm:
Dans la fiche de la tut rentré on vous a pas mis la meme chose que le prof donc la question c'est: Est ce que les tuteurs sont des menteur? lol

Deja je vais vous expliqué pourquoi on a pas mis la meme chose que le prof mais deja sachez que le prof a fait la meme chose l'anné derniere. On vous a presenté les acides aminé soit apolaire donc ionisable soit polaire non ionisable soit polaire ionisable.

alors que lui a fait les apolaire et les polaires non chargés et les chargé et la vous savez pas quoi apprendre... je vous comprend je me suis posé la meme question l'anné derniere et je vous dis: APPRENEZ CA: (c'est ce qu'on a fait a la tut rentrée)

APOLAIRES: G A V L I P F W M

POLAIRES NON IONISABLES: S T N Q U O U= selenocysteine O= pyrrolysine

POLAIRES IONISABLE: C Y D E K R H

Cette classification contient a la fois celle du prof ( je vous explique dans 2 sec ) et en plus vous dresse la liste des AA les plus important pour le concours a savoir les polaires ionisable si il y a un qcm de calcul se sera sur ses acides aminés la ( sure je dirais a 95%).

On a du vous dire a la tut rentré aussi que C et Y sont neutres donc pas chargé.
D et E sont des acides aminé acides donc chargé
H K R basique donc chargé

Le prof a fait sa presentation en fonction de leurs charges a ph physio..
Je veux bien vous rapelle que quand on di que t'elle aa est chargé ou non on parle de sa chaine latérale car le radical commun et deja chargé avec les fonction amine et carbo ok ?

mais ne vous inquité pas la ronéo et bien faite et si vous avez des question n'hesité pas voila j'espere vous avoir eclairer..

Aussi, pour la partie en rouge, tu voulais dire apolaire donc non ionisable, non ?

[Zehef]

OUi desolé c'est apolaires donc NON ionisables excusé moi!

en ce qui concerne les pka deja retien que t'a toujours la fonction Nt et Ct dans tout que ce soit pour les prot ou pour les aa et comme le pka de Nt c'est 9,6 et celui de de Ct est de 2,3 donc sur les trois t'en connais deja 2 donc le troisieme et forcement celui de la chaine latérale de l'aa, sachez qu'on parle du pka de la chaine latérale que pour les aa polaire ionisable!

aprés pour les pka des chaine latérale c'est sa: C Y D E K R H donc dans le meme sens: 8,3 10,1 4 4,5 10,8 12,5 6

Bien entendu il ne sont pas a apprendre par coeur mais si vous les connaissez par coeur sa peut vous faire gagner du temps. Ce sont des "echelle de valeur" c'est a dire que genre le prof va vous donner imaginon 10,6 pour la lysine alors que je vous est di 10,8 mais ne vous inquité pas sa marhce pour les qcm car le prof ne fait pas de pieges a des dizieme pres..

Voila j'espere avoir repondu aux questions mais si vous en avez n'hesitez pas sur ce courage et bossez bien

[♣WAJDI♣]

Merci Zehef pour ta réponse,

malheureusement j'ai encore des questions concernant ce sujet :
- Comment fait-on pour déterminer le pHi d'un AA (pas d'un peptide j'ai enfin réussi ) avec les deux méthodes : la méthode des bols et avec la courbe de titrage ?
- Et quand parle-t-on d'un AA chargé, c'est lorsqu'on recense un nombre de charges positives ?
- Encore une dernière question, pourquoi le prof Mengual nous dit de nous entraîner en refaisant l'ionisation des AA avec les formules (on peut utiliser la méthode des bols) ? Et comment fait-on dans la méthode du prof ? Qu'arrive-ton a déterminer ?

Voilà, merci d'avance. Et, je félicite tous les tuteurs pour leur aide et pour les belles fiches de ronéo. Bravo et continuez comme ça !

[Fredo]

......

Pour determiner le phi d'un AA ou d'un peptide avec la méthode des bols c'est exactement pareil sauf que pour un peptide tu as 2+X fonctions ionisables et donc bols avec un AA tu en as seulement 3 max .

Avec la courbe de titrage , c'est une méthode graphique vue en terminale tu fait la tangente en bas de la zone tampon et en haut de la zone tampon . Tu aboutit a 2 jolies droites enserant ta fonction tu te place au milieu des 2 droites precisement et tu en trace une 3éme . La ou elle coupe la courbe ta le phi . Dsl la flemme de chercher une jolie image illustrative .

Un AA chargé est un AA qui posséde de charges ( logique .... ) donc + ou - . Un AA est tjr chargé plus ou moins si il est libre a moins de se trouver a son phi ou il sera neutre ( important pour les techniques d'etude des AA ) .


La méthode des bols aboutit au même resultat que celle du prof lui te demande de faire ton AA/peptide en entier dessiné avec les charges d'un ph acide a un ph de plus en plus basique et de noter a chaque fois la charge globale de ce peptide .

Exemple : la lysine .

A ph acide (ph=1) : NH3+-------CH---------COOH Charge globale : +2
/
(CH2)*4
/
NH3+

A Ph=2 : la même mais -------COO- charge globale = +1
A PH 9.5 la même mais NH2 SUR Le radical commun charge globale = 0
A PH = 10 et des boulettes : la même mais nh2 sur la chaine laterale charge globale =-1

Ensuite moyenne entre le ph quand tu est a +1 et -1 soit 9.5 et 10.6 me semble on va dire a peu près 10 sa dependra des mesures que te donne l'enoncé


voila =)