Thermofisher Primer et élongation

[Mel'Antibio]

Coucou !

Je n'arrive pas très bien à comprendre la partie du cours sur l'hybridation du primer avec Thermofisher ainsi que l'étape d'élongation. Je n'arrive pas à visualiser les adapteurs et comment cela fonctionne concrètement..

J'espère que ma question est claire sinon je peux reformuler différemment.

Merci d'avance

[Stabilo'drey]

Coucou !

Je vais essayer de t'expliquer le fonctionnement avec les schémas que j'avais mis dans ma fiche à la tut rentrée.

En fait, chez ThermoFisher on a une sphère métallique remplie d'amorces, et le but c'est de remplir cette sphère en venant y mettre nos fragment d'ADN. Pour cela on va devoir ajouter à notre séquence d'ADN (déjà muni de ces adaptateurs) d'un côté un primers pour s'hybrider avec la sphère métallique et de l'autre il faut mettre une biotine (je vais pas expliquer en détail pourquoi).

NGS 1.png (7.14 Kio) Vu 365 fois

Donc a la base, notre fragment d'ADN c'est la partie noire, avec en verre et en violet les adapteurs. Dans cette première étape, on veut intégrer à notre ADN le primers en rouge qui est la même séquence que les primers sur la sphère métallique.
Les 2 séquences en vert vont s'hybrider, et on va pouvoir réaliser notre 1ère ELONGATION.
On obtient le brin du schéma du milieu. 1ère étape de fini

Maintenant on va vouloir rajouter la biotine. Ici c'est les séquences en violet qui vont s'hybrider, sauf qu'au bout de notre primers on a la boule de biotine. On réalise notre 2e ELONGATION. Et on va avoir notre brin, toujours avec le primers rouge mais en plus on a la biotine. On obtient le brin du dernier schéma

NGS 2.png (9.26 Kio) Vu 365 fois

Et on va pouvoir enfin avoir nos 2 séquences en rouge qui vont s'hybrider et notre séquence d'ADN qui va venir s'accoler sur la sphère métallique.

NGS 3.png (9.95 Kio) Vu 365 fois

Enfin on réalise notre 3e ELONGATION, et on obtient ce dernier schéma.

Plus tard on enlèvera les brin qui ne sont pas accrocher à la sphère pour réaliser le séquençage.

Voilà, j'espère avoir pu t'aider un peu. N'hésite pas a me demander si tu as encore besoin !

[Mel'Antibio]

Coucou !

Alors déjà merci beaucoup pour cette réponse hyper complète et vraiment très bien expliquée !!!!!!!!!!!!

J'ai compris le mécanisme mais je ne suis pas sure de faire le lien avec les phrases du cours ( il s'hybride à la séquence P1" et " le primer est byotynilé en 5'".

Pour le premier fragment vert on parle de " il s'hybride à la séquence P1 " et logiquement pour le fragment violet , le primer est biotynilé en 5', je suppose que biotine et biotynilé ont un lien ?

Désolée si ça peut paraitre un peu bête comme question

Merci encore pour la réponse et bonne journée