Immunoprécipitation de chromatine.. Ou ChIP !

[Cedriix]

Salut,

J'ai pas super bien compris ce test.. Le but, si, mais la démarche reste très floue !
J'ai seulement saisi qu'on pouvait étudier les différentes modifications apportées aux histones grâce à des AC spécifiques à chacune des modifications. Mais aprés.. Rien ! Si quelqu'un pouvait m'éclairer sur le sujet, ça m'aiderait bien ! Surtout à propos des notions de "pontage" et de "purification", pas suivi comment on arrivait à avoir tous les nucléosomes identiques entre eux =x

Merci d'avance !

[Kapu]

Salut, alors le pontage c'est le fait de créer des liens rigides entre des particules, ici avec le formaldéhyde on fait des pontages prot-prot et adn-prot, c'est l'étape 1 (au passage ça tue ta cellule..RIP).
étape2, vu que c'est devenu rigide si t'envoie des ultrasons ça va se casser facilement, c'est la sonification
étape 3 t'ajoutes des Ac spécifiques aux modification spécifiques que t'étudies sur tes histones
sous étape 3 pour ça t'achètes via un catalogue style les 3 suisses des anticorps contre, par exemple, une protéine histone3 méthylée sur une lysine en position 4(de l'histone).
étape 4 tu purifies tes complexes immuns, ça veut dire que tu les isolent par centrifugation par exemple, on ne veut garder que les protéines sur lesquelles se sont fixés les Ac.
étape 5 c'est là où t'es content d'avoir utilisé du formaldéhyde pcq il permet un pontage réversible, et bin là tu reverses le pontage par augmentation de la température puis tu purifie l'ADN càd tu l'isoles, il est 'nu' maintenant. (nota: le fait qu'il soit nu facilite+++ la mise en place de la PCR)
Et donc si t'as suivi on a des nucléosomes identiques entre eux pcq ils ont la même modification post traductionnelle, reconnue par les Ac.
J'ai essayé d'expliquer les notions mal comprise dans la la chronologie de l'expérience, j'espère que c'est plus clair. (après y'a encore la pcr et les ratios d'enrichissements qui entre en jeu pour la suite de l'expérience mais je sais pas si t'avais compris cette partie ou pas)

[Cedriix]

Ahhhh ! Génial, merci beaucoup !
Oui, la suite j'ai (à peu prés ) suivi ! Je ne comprenais juste pas comment on en arrivait là.. Mais tout s'éclaire, maintenant !
Encore merci