exo analyse peptide

[slevin]

slt , j'ssaye de faire un qcm mais j'ai du mal a comprendre le raisonnement :
l'analyse d'1 peptide fournit les info suivantes : - par hydrolyse chimique, on obtient 6 aminoacides.
- par action du bromure de cyanogene, on obtient 2 peptides qui ne migrent pas lorsq'on les soumet a une electrophorese a ph = 7
- par hydrazinolyse, on obtient un aminoacide libre qui presente un pic d'abs a 280nm.

la structure primaire de ce peptide est : A)H-A-R-L-E-M
B)A-M-R-L-E-F
C)A-R-M-E-S-W
D)H-A-R-L-E-Y

voila, merci!

[marquito]

Salut ! C'est bien le QCM 8 du tut 1 de l'année dernière ?
Déjà sur ce QCM y'a une information qui a été rectifiée lors du tutorat --> ERRATUM : "-Par action du bromure de cyanogène, on obtient deux peptides dont un ne migre pas lorsqu'on les soumet à une électrophorèse à pH = 7.0"

Résolution du QCM :
1) on te dit que le peptide à 6 aa --> on supprime la E (D-A-V-I-D-S-O-N)
2) Par action du bromure de cyanogène on obtient 2 peptides. On sait que le bromure de cyanogène coupe à droite des méthionines --> on supprime la réponse A et D
3)Rappel de la coupe du bromure de cyanogène :


(Pour voir l'image en entière : http://imageshack.us/photo/my-images/193/image0901.gif/)

Ce qui est important de remarquer c'est que l'extrémité -COOH de la méthionine a former un cycle à 5 atomes avec une fonction acétal intramoléculaire et que par conséquent cette extrémité n'est plus chargée.

Du coup après séparation au bromure de cyanogène :
- Le peptide C se divise en :
a) A-R-M chargé +2 car l'extrémité NH3+ de l'alanine est protonée et la chaine latérale de l'arginine est protonée
b) E-S-W chargé -1 car l'extrémité NH3+ du glutamate est protonée, sa chaîne latérale est déprotonée donc -1 et l'extrémité COO- du tryptophane est déprotonée donc charge -1

Donc que ce soit le bout a) ou b) du peptide C les deux migrent

- Le peptide B se divise en :
a) A-M chargé +1 grâce à l'extrémité NH3+ de l'alanine. (PS: on rappelle que l'extrémité COOH de la méthionine n'existe plus à cause du clivage au bromure de cyanogène)
b) R-L-E-F chargé 0 car les extrémités NH3+ de R et COO- de F s'annulent ainsi que les charges de la chaîne latérale de R (+1) et de la chaîne latérale de E (-1)

La bonne réponse est donc la B

3bis) Maintenant si tu connais les pics d'absorption des 3AA avec une chaîne latérale aromatique : WYF tu peux en déduire qu'après une hydrazinolyse (coupure de l'extrémité Cter d'un peptide) ce qui correspond à l'aa F (pour la réponse B) ou W (pour la réponse C) c'est la B la bonne réponse.

Si y'a un point qui n'est pas encore clair ou si tu as d'autres questions n'hésite pas

[slevin]

oui c'est bien ce qcm la ! j'ai mis du temps a comprendre mais fallait bien que ca finisse par rentré ! , merci

[Squeeze!]

Salut! Je me permets de faire 2 remarques, rectifiez-moi / excusez-moi si je fais fausse route ^^

1) Marquito, dans ta correction, tu dis que (je cite) :

"Du coup après séparation au bromure de cyanogène :
- Le peptide C se divise en :
a) A-R-M chargé +2 car l'extrémité NH3+ de l'alanine est protonée et la chaine latérale de l'arginine est protonée "

A pH physiologique, ce peptide A-R-M n'est-il pas plutôt chargé +1 ?


2) L'énoncé précise que :
- par hydrazinolyse, on obtient un aminoacide libre qui presente un pic d'abs a 280nm.
Il nous reste à choisir, entre les 2 propositions restantes, à savoir :
B)A-M-R-L-E-F
C)A-R-M-E-S-W
--> d'après ce que tu dis marquito, cette 3ème partie d'énoncé ne nous permet pas de conclure sur quoi que ce soit, vue que F, comme W, absorbent tous 2 à 280 nm, donc à mon sens cette info est inutile. Est-ce que c'est bien ça ? ^^"

[Bloomwood]

a) A-R-M chargé +2 car l'extrémité NH3+ de l'alanine est protonée et la chaine latérale de l'arginine est protonée "

A pH physiologique, ce peptide A-R-M n'est-il pas plutôt chargé +1 ?

A ph physiologique, on a pH < pKa (amine) donc NH3+ est bien protonée.
Le pKa de la chaîne latérale de l'Arginine est d'environ 11-12, donc ph(physio) < pKa(R). Sa chaîne latérale est bien protonée.
L'extrêmité C-term est sous forme acide carboxylique -COOH car le pH(physio) > pKa.-___- j'ai écris ça?!! MeaCulpa, j'me suis emmêlée les pinceaux avec les pH! :/ j'essaierai de faire plus illogique la prochaine fois^^.
Thks marquito =).

Enfin, les chaînes latérales de l'Alanine et de la Méthionine se sont pas ionisées.

Conclusion : le peptide est chargé +2.

[marquito]

A pH physiologique, ce peptide A-R-M n'est-il pas plutôt chargé +1 ?

Salut en temps normal à pH physiologique l'extrémité COOH (pka = 2) aurait été déprotonée et donc A-R-M aurait fait +1 mais ici faut pas oublier la coupure au bromure de cyanogène, on va perdre le groupement COOH de la méthionine et formé un cycle avec une fonction acétal intramoléculaire qui elle n'est pas chargée donc A-R-M chargé +2.

2) L'énoncé précise que :
- par hydrazinolyse, on obtient un aminoacide libre qui presente un pic d'abs a 280nm.
Il nous reste à choisir, entre les 2 propositions restantes, à savoir :
B)A-M-R-L-E-F
C)A-R-M-E-S-W
--> d'après ce que tu dis marquito, cette 3ème partie d'énoncé ne nous permet pas de conclure sur quoi que ce soit, vue que F, comme W, absorbent tous 2 à 280 nm, donc à mon sens cette info est inutile. Est-ce que c'est bien ça ? ^^"

Effectivement, je me suis trompé j'ai lu rapidement l'énoncé et sur absorption j'ai pas trop réfléchi. Ici le pic d'absorption à 280 nm détermine n'importe lequel des trois acides aminés aromatiques (WYF), ce sera le spectre de fluorescence qui nous permettra de les différencier. (Désolé !)

[marquito]

L'extrêmité C-term est sous forme acide carboxylique -COOH car le pH(physio) > pKa.
Enfin, les chaînes latérales de l'Alanine et de la Méthionine se sont pas ionisées.

Non, non, non! Bloomwood on est à ph = 7 le pka de la fonction COOH de n'importe quel aa (je parle du COOH sur la chaîne commune de tous les aa) est de 2.

Donc pour mon COOH :
pH < 2 --> J'ai un COOH
pH > 2 --> J'ai COO-

Ici comme je l'ai expliqué plus haut l'extrémité COOH de la méthionine disparaît à cause de la coupure au bromure de cyanogène (c'est en répétant qu'on apprend ^^) donc plus de charge -1 à pH physio.

[Squeeze!]

Merci pour ta réponse marquito !
J'avais peur que mon raisonnement soit complétement décalé mais finalement "non" pas tant que ça.. ! ^^