QCM sur pHi peptide

[McQueen]

oyé !

Je suis tombé sur ce qcm, et ma foi il me semble assez compliqué...
(je ne sais pas du tout quels calculs faire)
J'ai lu la correction, qui est pour moi encore pire. Je fais suivre :

[marquito]

Salut,
On commence par calculer le Phi de ton peptide. Alors ici à pH très acide où vont être tes charges + :
- La Nter de ton I
- La chaîne lat de l'H
Et c'est tout, donc à pH très acide ton peptide est chargé +2
Maintenant on voit combien de pKa vont entrer en jeu :
- 2,1 (Nter de ton I)
- 6 (Chaine latérale de l'H)
- 4 (chaîne lat de D)
- 9,6 (Cter de D)

On a plus qu'à faire la méthode des bols :


On trouve un pHi = 5

Ensuite, tu regardes à pH 7 la charge de ton peptide d'après ta méthode des bols tu en conclus qu'elle est chargé -1 donc elle ira vers l'anode (car l'anode attire les anions)

Alors il arrive parfois que tu tombes sur des QCMs où l'on ne te demande pas de faire la méthode des bols et où l'on te donne même pas les pKa alors tu utiliseras plutôt cette méthode :
Tu sais qu'à pH = 7 les charges Cter et Nter de ton peptide s'annulent donc on ne s'occupe que des AA ionisables qui composent ton peptide ici H et D. Vu que D est un AA acide il sera chargé négativement à ce pH (si tu en doutes fait la méthode des bols sur l' D), ensuite l'H est un AA basique il devrait être chargé alors + mais c'est une exception à ce pH l'H est neutre car sa chaîne lat à un pKa = 6 (si tu en doutes toujours fait la méthode des bols pour l'H). Donc à pH = 7 ton peptide est chargé -1 il ira vers l'anode

Je te conseille fortement d'apprendre les charges de tes AA à pH physio, on a fait un petit résumé sur un tableau jette-y un coup d'oeil http://www.carabinsnicois.fr/phpbb/viewtopic.php?f=225&t=15528

N'hésite pas à reposer des questions si c'est pas clair

[marquito]

Ah au fait c'est la réponse B

[McQueen]

Merci pour ta réponse

Cependant y'a encore un truc qui m'echappe,
à pH = 1, l'Histidine à 2charges + et la N-term en a une, ce qui fait un total de 3 charges + ...

Je comprends pas

[Baracouda]

Je pense que le tuteur a commis 2 erreurs ici une sans conséquence directe et l'autre qui a pour conséquence de fausser le résultat. Alors selon moi, il y a dans ton peptide 3 acides aminés ionisables ( C, H et D ) auxquels tu dois rajoutés les terminaisons N term et C term donc normalement tu as 5 bols. Cependant le bol de la cystéine n'étant pas au coté de la charge 0 son erreur est sans incidence. La seconde erreur que selon moi le tuteur commet et qu'il prend comme pk pour D 4,0 et non 4,3 et donc vu que ce pk est impliqué dans la valeur du phi car phi = (4,3 + 6,0 )/2 = 5,15. Du coup la bonne réponse serait la réponse D ( toujours selon moi :p )

PS : Est il possible de connaitre la référence du livre dont tu as sorti ce qcm car il m'a l'air bien posé et que j'aimerai m'entrainé un peu

Pour l'histidine, cet aa contient lorsqu'il est seul 3 pk a savoir celui du N term du C term et celui de sa chaine ionisable
Lorsque tu te place à un ph=1 il a donc bien 2 charges+ ( celle de sa chaine latérale et du N term ) donc tu as bien raison. Mais si tu applique ton raisonnement a ton peptide tu va compté 2 fois la charge N term et donc trouvé 3 charges + alors qu'elle en a que 2 à savoir la N term et celle de l'histidine.

Voila j'espere que ta compris et que j'ai pas dis de connerie et si ce n'est pas le cas n'hésite pas ^^

[McQueen]

Voilà le problème, c'est que je prenais le aa isolément, avec son fonction amine chargé... si on le considère en peptide, la liaison peptidique décharge la fonction, et on ne compte plus que les charges des chaînes latérales (sauf pour le N et C-term). Baracouda, t'es un chef

Par contre dans ce QCM (tiré du tutorat n°1 de Bioch de l'année dernière au passage) on nous donne les pka des chaque aa ... cela ne nous dispense pas de les apprendre quand même j'imagine.
Ce qui m'inquiète plus ce sont les pka. Dans le cours, les aa sont donnés sous forme très acide avec leurs pka respectifs à 1O^-1 près et dans les QCM que j'ai pu voir on a pas de décimal, ce qui peut entrainer l'erreur que tu as remarqué... que faire de cette décimale ?

[marquito]

Alors selon moi, il y a dans ton peptide 3 acides aminés ionisables ( C, H et D ) auxquels tu dois rajoutés les terminaisons N term et C term donc normalement tu as 5 bols. Cependant le bol de la cystéine n'étant pas au coté de la charge 0 son erreur est sans incidence.

En effet j'ai oublié de compter la charge lat de C dans ma méthode des bols. Désolé je suis allé trop vite sans faire gaffe. En effet au bout du compte ça n'a pas d'incidence.

La seconde erreur que selon moi le tuteur commet et qu'il prend comme pk pour D 4,0 et non 4,3 et donc vu que ce pk est impliqué dans la valeur du phi car phi = (4,3 + 6,0 )/2 = 5,15. Du coup la bonne réponse serait la réponse D

Alors D = aspartate et dans ton exercice on met que le pKr de l'aspartate = 4 donc je pense pas qu'il y est d'erreur la dessus (la réponse est bien la B)

cela ne nous dispense pas de les apprendre quand même j'imagine.

Je déconseille de s'embêter à les apprendre ils seront toujours donnés et il peut y avoir quelques fluctuations entre chaque exercice comme celui-ci. A force d'en faire c'est vrai que tu les connaîtras mais ne t'amuse pas à utiliser les pKa que tu as appris si ils sont donnés car le plus souvent les pKa donnés te simplifient le calcul (et cette simplification tu la retrouves dans la réponse).

Bonne soirée

[Baracouda]

Ah oui je suis moi aussi aller un peu trop vite. En effet je suis tombé dans le piège et j'ai meme mis les 2 pieds dedans ^^ . Le D correspond bien à l'aspartate et donc à un pk de 4 et de ce fait la bonne réponse est bien celle donné par le tuteur à savoir la réponse B. Merci marquito de m'avoir fait remarqué cette erreur et mcqueen tu rencontre encore quelques difficultés ? ^^

[McQueen]

C'est niquel maintenant, je vous remercie pour vos explications

Bien Cordialement