Hydrazinolyse

[borntoride]

bonjour,

une ame charitable pour me faire un topos car je suis un peu largué.

d'après ce que j'avais compris, l'hydrazinolyse coupait l'aa en C-term de manière non récurente. on obtenait donc un peptide + le dernière acide aminé lié a l'extrémité C-term.

or qcm 23 du tut 1, la correction dit " lors d'une hydrazinolyse, l'AA en N-term est libre (=non lié à l'hydrazine) or pour cela il faudrait que l'hydrazinolyse soit récurrente non?

merci

[marquito]

Ola,
Ca vient juste du fait que l'hydrazine se fixera à tous les AA sauf à celui qui est en Nter ce sera un acide aminé libre (Regarde sur la diapo du prof tu le vois bien ^^)

Si c'est pas clair revient poster

[borntoride]

bonsoir,

merci de ta réponse. malheureusement après consultation du poly du prof j'ai encore des doutes.

l'hydrazinolyse va donc pouvoir couper et séparer tout les acides aminés en se fixant l'extrémité c-term.
mais alors pourquoi n'est elle pas récurrente?

[marquito]

Qu'entend-tu par récurrente ?

[borntoride]

pour moi le réactif d'edman (séquenceurs) est récurrent
les exopeptidases le sont aussi
cad qu'elles peuvent agir plusieurs fois sur le petide.

pour moi l'hydrazinolyse n'est pas récurrente car si j'ai bien compris elle coupe le dernier acide aminé de la chaine. ce qui donne un aa libre

[marquito]

Attention avec le réactif d'Edman, ton PITC reste accroché à l'AA qui devient PTH-(nom de l'AA) du coup ça ne correspond pas à ta définition de récurrent.
Ensuite en effet l'hydrazine est "non récurrente", mais le fait est que le dernier acide aminé (en Nter) ne sera pas accroché à l'hydrazine même si tous les autres le sont. En effet une fois que le peptide a été clivé jusqu'à aboutir à un peptide constitué de 2 AA, il suffit que tu clives l'avant-dernier AA en Cter et tu libères le dernier instantanément sans qu'il est besoin d'être accroché à l'hydrazine.

[borntoride]

oui pour le pitc je suis d'accord mais c'est parce que tu ne mets pas q'un PITC dans la solution contenant le peptide.

mais le fait est que le dernier acide aminé (en Nter)

c'est la Cter je dernier acide aminé?

ce que j'ai pas compris c'est comment clive l'hydrazinolyse.

par exemple je sais que le bromure de cyanigène clive a droite de Met.
que la trypsine coupe a D de KR.

mais l'hydrazinolyse, je comprend pas bien ou elle coupe. c'est ca mon pb

c'est pour ca que je demandais un mini topo car je comprend pas

pour moi, l'hydrazinolyse coupe le dernier aa (donc en Cter). I-L-F-A-I-T ==> I-L-F-A-I + T
par contre, si c'est bien ca, l'hydrazine se fixe au peptide non?

[Bloomwood]

Hello!

Tu as tout à fait compris borntoride ..
En effet, la véritable définition de la "récurrence" est que le séquenceur (dans le cas du réactif d'EDMANN) est utilisé plusieurs fois, SUCCESSIVEMENT donnant : PITC + STRFG --> PTH-S + TRFG ---> PTH-S + PITC + TRFG ---> PTH-S + PTH-T + RFG et ainsi de suite, jusqu'à aboutir à : PTH-S +PTH-T + PTH-R + PTH-F + PTH-G.

L'hydrazinolyse est "non récurrente" car elle agit SIMULTANNEMENT : elle coupe toutes les liaisons peptidiques en même temps !Elle ne suit donc pas le principe énoncé par marquito : "Quand on arrive à 2AA etc..."
Elle permet par la suite, en ce liant aux AA de la protéine, de connaître quel est l'AA libre en C-TERM!
C'est donc tout bon dans ce que tu as dit ...
(D'ailleurs, même si les tuteurs rediront : regardez la diapo etc...), j'ai assisté au cours et bien que le prof ait un peu cafouillé dans son explication, il en revient à ce qu'on dit tous les 2.

(:

[marquito]

Ce que fait le PITC en Nter, l'hydrazine le fait en Cter, c'est à dire que l'hydrazine se fixe en Cter du peptide et clive le dernier aa (elle arrache l'aa de la protéine) et on a un aa lié à l'hydrazine. Ensuite le même processus pour l'avant dernier peptide [pour plus de simplicité (ou pas en fin de compte vu le quiproquo) je parlais du dernier AA en Nter car l'hydrazine commence à couper en Cter, bon là je considère que mon dernier aa est en Cter] qui se détache de la protéine fixée à l'hydrazine. Ainsi de suite jusqu'à arriver à un peptide à 2 AA, donc maintenant on va cliver le 2ème AA qui sera fixé à l'hydrazine alors que le premier aa (dernier à être libéré = AA en Nter) sera libre sans être lié à l'hydrazine.
Donc une molécule d'hydrazine est nécessaire pour chaque aa de la protéine elle est donc récurrente (d'après ta définition).

Voilà , si ça pose toujours problème n'hésite pas à poster ou même mieux venir nous voir.

[borntoride]

heu comment dire bloomwood, je sais pas qui tu es, mais je pense que je suis pas loin de te bénir.

donc si je comprend bien (pour etre sur car elle me fait tellement c**** cette hydrazinolyse ) on met un peptide en présence d'hydrazine, qui coupe toutes les liaisons, et (puisqu'on se retrouve avec l'aa Cterm libre) se fixe en Cterm sur tous les aa clivés?

pitié dis moi que c'est ca XD

sinon je suis fiere d'avoir ajouter mon petit smiley en signature, il me défini bien

[borntoride]

marquito, j'avais pas encore ta rep quand j'ai fait mon message précedent.

cette notion a tj été ambigue pour moi, j'ai jamais trop compris.

ca peut effectivement etre une bonne idée de se voir par exemple mardi au tut si tu es a pasteur comme ca tu pourras me montrer plus simplement le fonctionnement, si bloomwood veut se joindre a nous s'il ou elle est a pasteur ce sera plus simple de regler mon pb

merci a vous deux en tout cas