qcm 23; qcm 25; qcm 33

[Chris-passa]

Bonne nuit,
Merci pour ce tutorat, bien frais et interessant
Cependant, je ne comprends pas certains items:
qcm23:
Une exopeptidase ne peut en aucun cas couper une liaison peptidique située au milieu de la séquence d'un peptide... Si on a:P-R-F-K-G-G-V-L-A-I, bah une carboxipeptidase A va bien réussir a couper l'avant dernier G, qui est située au milieu du peptique... donc le "en aucun cas" me dérange grave ne fait :/
qcm 25:
Les enzymes ne peuvent pas rendre possibe une réaction endergonique. Je pensais que les enzymes permettaient justement de coupler une réaction endergonique a une reaction exergonique pour justement permettre la réaction endergonique. Où je me trompe?
qcm 33:
Alors la, on nous demande la nomenclature. Donc j'avais ecrit 16:1 (9)... L'écriture oméga-7 n'est-elle pas une nomenclature pour donner "la famille" de l'AG...? Enfin, la, le 16:1, w-7 me perturbe parce qu'il y a un mixe des 2 trucs enfait... Je sais pas si je suis clair. Il est tard aussi...
Bref, quelques epxlications supplémentaires seraient les bienvenues
merci

[Yehoo]

Salut !
Je laisserai les autres te répondre pour ta première question.
Cependant, pour le QCM 25, tu as tort. En effet, je te renvois à la page 5 de la ronéo n°6 de Biochimie (Enzymologie).
Une des propriétés de l'enzyme dit : "Un catalyseur chimique ou une enzyme ne modifie pas la nature thermodynamique d'une réaction : si une réaction est endergonique, le catalyseur ne lui permettra pas de devenir exergonique. Le catalyseur, quel qu'il soit, ne change jamais le "Delta G" d'une réaction".
Donc une enzyme ne sert qu'à transformer , un substrat en un produit, et donc accélérer la réaction biochimique (pas chimique hein ).
Pour pouvoir passer d'une réaction Endergonique (thermodynamiquement impossible avec : DG >0) à une réaction Exergonique (DG <0), il faut hydrolyser l'ATP pour que DG soit négatif, donc réaction thermodynamiquement possible.
Je te cite un petit exemple qui sert à rendre possible cette réaction. On couple la transformation de glucose en glocose-6-p (endergonique) avec une hydrolyse d'ATP (exergonique) pour que le DG total soit négatif (vu en cours)...

QCM 33:

C'est faux :
Ta nomenclature du nombre de Carbone est juste par contre. Je te renvois encore une fois à la ronéo des Glucides et Lipides.
En effet, si tu numérotes ta chaîne du gauche vers le droite, tu as bien 16:1 (9).
Par contre, dans le cours on nous a dit qu'on note Oméga (w) comme étant le dernier Carbone. Donc on les nomme en revenant VERS l'arrière. Donc ton dernier Carbone sera w, avant dernier sera w-1, etc...
Donc on prenant le QCM, tu vois bien ton 16:1 et donc (de droite à gauche), tu as w-7, Tadda !
Si je me rappelle bien, on a eu même cette molécule dans l'exemple de la ronéo !

Voilà, j'espère que mes réponses répondent un peu à tes questions ! Et corrigez moi si j'ai tort quelque part.

Yehoo

[NyuReZ]

Je suis désolé mais je suis pas d'accord justement avec ce QCM 25 .

Guidi insiste (et avait encore plus insisté l'année dernière) :
Les enzymes peuvent rendre possible une réaction endergonique.
La subtilité qu'il nous avait dite (et qui est logique) est : "Une enzyme non mais LES enzymes OUI."

En effet une enzyme seul ne peut pas rendre une réaction thermodynamiquement infavorable en réaction éxergonique, mais le découplage des mécanismes en une succession d'étape de moindre niveau énergétique, couplé avec des molécules à HPE (ATP ...) le permette bien.

Bref pas d'accord avec la correction .

[Jonathan]

Je suis d'accord avec Nyurez pour le QCM 25, j'y ai longuement réflechi en + :

"Les enzymes ne peuvent pas rendre possibe une réaction endergonique. Je pensais que les enzymes permettaient justement de coupler une réaction endergonique a une reaction exergonique pour justement permettre la réaction endergonique. Où je me trompe?"
--> FAUX , l'item serait vrai pour UNE enzyme et pas LES enzymes (Cf ronéo de l'an dernier). Mais ca c'est juste par rapport à la ronéo de L'AN DERNIER

MAIS Cette année le prof n'en parle pas, ce n'est pas dans le poly, dans le QCM, il n'est précisé nul part que les enzymes font partie d'une même voie métabolique. Et logiquement, l'enzyme ne joue en aucun cas sur la thermodynamique de la réaction. C'est plutot le couplage des voies métaboliques qui permet de rendre possible une réaction thermodynamiquement impossible.

[Hope]

qcm23:
Une exopeptidase ne peut en aucun cas couper une liaison peptidique située au milieu de la séquence d'un peptide... Si on a:P-R-F-K-G-G-V-L-A-I, bah une carboxipeptidase A va bien réussir a couper l'avant dernier G, qui est située au milieu du peptique... donc le "en aucun cas" me dérange grave ne fait :/

Coucou
je pense que je peux répondre à ta question (après si un tut passe par la pour confirmer) , une EXOpeptidase ne peut couper un liaison A L INTERIEUR de ton peptide, en effet elle va "regarder" quel est ton dernier peptide du coté du c-term, et si ça fait parti des aa qu'elle reconnait alors elle va le couper (à gauche). Contrairement aux ENDOpeptidase qui elles vont reconnaitre un aa DANS la séquence et donc te couper ton peptide AU MILIEU.

Donc:
EXO coupe à gauche du dernier aa si elle le reconnait
ENDO coupe un aa dans ta séquence si elle le reconnait

Voila, attends la confirmation d'un tut mais normalement c'est bien ça
Bonne journée!

[Chris-passa]

Merci pour vos diverses réponses. (Johnatan, tu m'as convaincu, je savais que je m'embrouillais quelque part mais je trouvais pas où)
Néanmoins, pour les 2 autres qcms, je reste sur mes positions, malgré vos explications. Yehoo, tu m'as expliqué parfaitement comment on note un acide grace au C w. Mais la, ce qui me dérange, c'est le mélange entre la nomenclature "officielle" X:x (a,b,c...) (avec X le nombre de carbones, x le nombres d'insaturations et a,b,c... les places des insaturations), et la série des AG (on peut l'appeler nomenclature usuelle) ou on dira "c'est un AG de la série w-7; de la série w-3...). La on a le nombre de carbone, l'insaturation, et la série... Alors qu'on devrait avoir 16:1 (9). C'est pour ca que ca me dérange
Quant à toi Hope, tu m'as parfaitement expliqué la différence entre endopeptidase et exopeptidase (meme si je l'avais déja assimilée). Cependant, je te renvoie a ma séquence peptidique (nan, enfait, je la réecris, comme ca, tu n'as meme pas a chercher: -R-F-K-G-G-V-L-A-I
On finira bien par couper les 2 glycines, qui sont effectivement au milieu de ma séquence peptidique, donc le "en aucun cas" est en trop dans cet item, d'ou un item qui est censé être faux selon moi.
Bonne après midi, et merci de vos réponses en tout cas (ca a fait avancer le schmilblick)

[marquito]

Bonjour à tous,

R-F-K-G-G-V-L-A-I
On finira bien par couper les 2 glycines, qui sont effectivement au milieu de ma séquence peptidique, donc le "en aucun cas" est en trop dans cet item, d'ou un item qui est censé être faux selon moi.

Je comprends pas ce que ça change qu'il y ait 2 G au lieu d'un seul, je vois pas où tu veux en venir. une carboxypeptidase coupe les AA en Cter du peptide c'est la définition même d'une carboxypeptidase. Peux-tu être un peu plus explicite stp ?

Les enzymes ne peuvent pas rendre possibe une réaction endergonique

Sur cet item vous aurez logiquement raison il peut être considérer comme ambiguë mais sachez que le prof même a fait le sujet, et on a été convié dans son bureau pour parler du sujet (qu'il trouve très bien par ailleurs ...) . On lui fera part de ce problème pour qu'il en tienne compte.

Yehoo, tu m'as expliqué parfaitement comment on note un acide grace au C w. Mais la, ce qui me dérange, c'est le mélange entre la nomenclature "officielle" X:x (a,b,c...) (avec X le nombre de carbones, x le nombres d'insaturations et a,b,c... les places des insaturations), et la série des AG (on peut l'appeler nomenclature usuelle) ou on dira "c'est un AG de la série w-7; de la série w-3...). La on a le nombre de carbone, l'insaturation, et la série... Alors qu'on devrait avoir 16:1 (9). C'est pour ca que ca me dérange

Pour ça je te conseille de prendre les diapos du professeur Mengual à la page 142 tu verras qu'il fait la nomenclature du Linoléate de la même manière

[marquito]

On revient à la charge pour le QCM 25 avec une réponse du professeur lui même :
"NON une ou Les enzyme(s) ne modifient en rien les valeurs de deltaG.
Si la réaction est endergonique elle le restera même en présence de l'Ez.
Concernant maintenant les voies métaboliques. Il est vrai que leur bilan énergétique exige qu'elle soient toutes exergoniques. Si dans la voie, il y a une réaction endergonique, elle le restera même en présence de son Ez.
Le bilan énergétique global correspond à la somme algébrique des différents deltaG des réactions composant la voie métabolique. Si ce bilan est positif il y aura couplage énergétique ou intervention d'une réaction impliquant un forte deltaG (voir exemple de PEP --> pyruvate, au niveau de la glycolyse).

Il faut bien séparer les deux notions surtout dans le contexte des voies métaboliques (VM) :
la VM doit avoir un deltaG global negatif
l'Ez n'agit jamais sur deltaG mais uniquement sur deltaEn activation."

Voilà !

[Chris-passa]

Salut,
Ok pour le QCM 25, ton explication est nickel. Et ok pour le qcm 33, je n'ai pas regardé les diapos de mengual, donc ok
Pour le 23, je sais pour l'histoire de la carboxipeptidase en C-ter etc etc... Mais pour ma séquence peptidique, on aura au final R-F-K-G-G-V-L-A-I et I;A;L;V;G;G seront coupées (techniquement, ca change rien qu'il y est 1, ou 2 Glycines, c'est juste un exemple)
Si la carboxypeptidase a coupé tous ces résidus, on aura bien réussi a couper un amino-acyl qui se retrouve au milieu de la séquence peptidique, nein? Donc oui, par définition une exopeptidase va couper aux extrémités N ou C-ter
Mais dans mon cas, l'exopeptidase finira bien par couper un résidu qui se retrouve au milieu de la séquence peptidique, donc le "en aucun cas" n'a pas lieu d'etre.
Tu as compris ce que j'essaye de dire, ou toujours pas?
En tout cas, merci pour les réponses concernant les autres qcms

[marquito]

Oui c'est bon j'ai compris (Yes ! ), en fait tu mets en bout de chaîne des AA qui peuvent être cliver par des exopeptidases et tu dis qu'en agissant plusieurs fois sur le peptide, l'exopeptidase finira par cliver l'aa en bout de chaîne qui était au début en plein milieu du peptide.
En effet c'est juste ce que tu dis mais reprenons ton exemple : P-R-F-K-G-G-V-L-A-I
- Alors en effet en utilisant par exemple une carboxypeptidase A on va réussir après trois actions consécutives de l'enzyme à cliver la V qui est en plein milieu du peptide initial MAIS au moment de cliver la V on ne considère plus le peptide de départ mais bien : P-R-F-K-G-G-V (les AA que l'on a clivé avant ne compte plus). Du coup la V sera considérer comme un AA en Cter et donc l'item est bien Vrai et le en "aucun cas" a bien lieu d'être.

C'est bon ?

[Chris-passa]

Ok, il fallait donc considérer le nouveau peptide. Ca marche, merci beaucoup de m'avoir suivi dans un délire LOINTAIN
bonne nuit