Les différents gels d'electrophorèse

[Hope]

salut

C'est juste pour avoir un petit avis concernant les gels utilisés pour les électrophorèses des ARN, protéines, ADN (lors des Northern/Westhern/Southern - Blot):

ARN = gel d'agarose (dénaturant les ARN)
proteines = gel d'acrylamide (dénaturant les proteines)
ADN = gel d'agarose OU d'acrylamide (??)

Merci et bonne soirée

[Dawn]

Coucou !

Pour l'ADN c'est les deux (au choix ) : soit agarose, soit acrylamide !

Et pour le reste c'est bien entendu tout bon

Voilou ! J'espère que c'est bon !

[Hope]

Salut Dawn (Edit: tu as raison, on se doit de mettre un peu de couleur ^^)

C'est bien ce qui me semblait, merci beaucoup

Bonne soirée

[Dawn]

De rien Hope

[attention83]

Bonsoir y a t il vraiment une distinction des gels utilisés ? On ne peut pas faire un Northern avec un gel d'acrylamide par exemple ?

[Hope]

Bonsoir

Bonsoir y a t il vraiment une distinction des gels utilisés ? On ne peut pas faire un Northern avec un gel d'acrylamide par exemple ?

Oui c'est très important de ne pas les confondre, on ne peut pas utiliser du gel d'arylamide pour un northern-blot (en tout cas dans le poly on précise bien qu'on utilise celui ci et pas un autre). (par ailleurs, je crois bien que Gabriel a fait ce piège lors du tutorat, c'est que ça doit être important )

[attention83]

Si quelqu'un a une explication du pourquoi l'un et pas l'autre je suis preneur.

[Dawn]

Coucou !

Je vais essayer de te répondre :

Pour les protéines --> gel d'acrylamide dénaturant pour la protéine car l'on ne veut pas qu'elle change de conformation, ce qui modifierait sa migration

Pour les ARN --> gel d'agarose dénaturant pour l'ARN (je suppose qu'il y a un rapport avec leur fragilité mais je ne sais pas )

Pour l'ADN --> on choisi l'un ou l'autre c'est un matériel résistant ++ et stable (l'ADN)

Voilou ! J'espère que ça t'aide et que c'est correct

[Hope]

(EDIT: j'ai trouvé une réponse différente que Dawn)
Après quelques recherches, il semblerait que ce soit une question de maillage/tamis, l'acrylamide permet de faire migrer des fragments plus gros que le gel d'agarose.

comme les PCR (ARN, ADN) sont de petits fragments on utilise préférentiellement de l'agarose qui un maillage plus serré (donc pour southern blot et northern blot), je pense que c'est du coup plus précis.
les protéines ayant une taille plus importante on utilise préférentiellement de l'acrylamide au maillage plus lâche (pour les westhern blot)

J'ai mis "préférentiellement" car j'ai lu que parfois (c'est rare et il faut une bonne raison) on peut utiliser de l'agarose pour les protéines et de l'acrylamide pour les ADN, ARN.

Tout ça est à confirmer par un tuteur !

Bonne soirée

[NyuReZ]

Ouais c'est de la tambouille tout ça quand même...

Ca m'étonnerait franchement que ça tombe au concours (déjà qu'elles ont prévenu qu'il y aurait surtout des expériences ).

[Ilan]

Gel d acrylamide est un gel a maille fine il me semble non? Donc très utile pour les protéines. Pour l arn se sera gel d agarose dénaturant et pour l ADN gel d agarose non denaturant

[Hope]

Ouais c'est de la tambouille tout ça quand même...

Ca m'étonnerait franchement que ça tombe au concours (déjà qu'elles ont prévenu qu'il y aurait surtout des expériences ).

La différence de maille entre les deux gels ça tombera pas c'est juste pour comprendre ^^ Mais l'utilisation des gels pour le northern ou southern ça pourrait peut être tomber (quand tu vois qu'il y a eu un piège entre le mot structure au lieu de séquence d'ADN...) Enfin bref y a 3 mots à retenir donc on est plus à ça près et au moins on est paré à toute éventualité

Gel d acrylamide est un gel a maille fine il me semble non? Donc très utile pour les protéines. Pour l arn se sera gel d agarose dénaturant et pour l ADN gel d agarose non denaturant

J'ai mis ce que j'avais trouvé en cherchant vite fait, mais honnêtement je ne suis pas experte en électrophorèse donc je pense que si le tuteur passe par là il saura l'expliquer beaucoup mieux que moi ^^ .

Bonne journée

[gabriel]

tres bonne reponse de Hope...en effet je crois qu'il est important de savoir en bio mol et proteomique quels sont les gels utilisés/...c'est tout...pas besoin de savoir les mailles etc...

[attention83]

Ok merci à vous tous

[Ludi]

tres bonne reponse de Hope...en effet je crois qu'il est important de savoir en bio mol et proteomique quels sont les gels utilisés/...c'est tout...pas besoin de savoir les mailles etc...

Bon au final c'est quelle bonne réponse ?


[EDIT]

Je viens de looker dans la ronéo de l'année passée et Hope (bibche :p) a raison pour une partie (cf premier commentaire pour les différents types de gels et leur utilisation) mais faux concernant le maillage.

Il est écrit la réponse de Ilan cad :
Acrylamide : mailles fines => protéines (car + petites)
Agarose : mailles larges => ADN/ARN

@Gabriel : Merci...d'avoir donné...une bonne réponse....

Bisous

[Hope]

Je viens de looker dans la ronéo de l'année passée et Hope (bibche :p) ( ) a raison ( )pour une partie (cf premier commentaire pour les différents types de gels et leur utilisation) mais faux( ) concernant le maillage .

Bon ok j'arrête avec mes smiley ><
Mais j'avais prévenue que j'étais pas experte en electrophorèse !

Il est écrit la réponse de Ilan cad :
Acrylamide : mailles fines => protéines (car + petites)
Agarose : mailles larges => ADN/ARN

Ceci explique cela.. Pour moi, majoritairement, les protéines sont bien plus grosses que l'ADN/ARN donc il est plus logique que ce soit l'agarose qui ait des mailles fines et l'acrylamide des mailles larges, mais on dirait bien comme tu le dis que ça ne soit pas le cas
Bon je vais encore me lancer dans une question HS : (comme d'hab me direz vous ><)
Quel est le rapport de taille entre ADN et protéine ???



Merci

[gabriel]

sincerement je ne me suis jamais posé des questions sur le maillage meme en ayant travaillé dans des labos de recherche sur les differents gels....il faut juste savoir quels types de gels pour quels techniques ...C tout...bizzz