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[Résolu]Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques


[Résolu]Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Squalala » 11 Sep 2012, 20:48

Bonsoir,
On voit ces mots apparaitre dans le cours du prof à propos des acides aminés avec des chaines latérales non chargées et non polaires.
On a les acides aminés avec chaine aliphatique sur le groupement R et les acides aminés avec chaine aromatique sur le groupement R.
Question : Que veux dire aliphatique et aromatique ? J'ai beau savoir quel acide aminée est aliphatique ou aromatique, je ne sais pas vraiment à quoi cela correspond, c'est à dire au niveau de leur structure, de leur fonction.

Le professeur nous a parlé d'ailleurs de certaines roles des acides aminés, comme un role détoxifiant pour un certain acide aminé dont j'ai oublié le nom. Est-ce important de connaitre le role de chaque acide aminé ? Si oui pouvez vous les donner, j'ai beau chercher dans le polycop du prof, je trouve pas.

Voila je demande beaucoup, mais je sais que nos tuteurs sont les pluuuuuuus forts ! Merci d'avance :)
Dernière édition par Squalala le 12 Sep 2012, 19:07, édité 2 fois.
Je me suis pris une barre dans le ventre, et on peut dire que mon ventre s'est tapé une barre, enfin bref.
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Re: Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Kardajian » 11 Sep 2012, 20:54

Bonsoir !

Les acides aminés aromatiques sont ceux possédant un cycle (comme le benzène par exemple), ils ont la particularité d'absorber dans les longueurs d'onde 250-280 nm contrairement aux aliphatiques qui possédent une chaine "linéaire" plus ou moins, et qui absorbent à 220 nm me semble-t-il.

Je ne suis pas tout à fait sur de moi mais voila, j'espère t'avoir aidé ! :mrgreen:
:yin-yang: Un hamster dans l'espace... serait-ce un hamsteroïde ? :yin-yang:
1 spermatozoïde contient environ 37,5 Mo d'ADN, donc une éjaculation normale transfère environ 1 587 Go de données en 3 sec


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Re: Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Alistair » 11 Sep 2012, 21:45

Alors question intéressante ^^

Attention Kardajian ce que tu dis n'est pas exactement juste : un composé aliphatique peut être cyclique ! :!: Encore une fois c'est très difficile de te l'expliquer si tu n'as pas de notion de chimie orga ! :( L'Aromaticité c'est une notion que tu verras dans cette matière durant le semestre !

:arrow: Un composé aromatique c'est un composé cyclique qui possède une particularité (je vais te présenter ça de manière simplifiée, dis moi si tu as déjà des bases d'orga ou quoi que ce soit je te réexpliquerai mieux!) : il ya dans le cycle des électrons délocalisés qui vont tourner en rond en permanence
A quoi est-ce que c'est dû ? C'est dû au fait que les composés aromatiques présentent sur leur cycle des liaisons doubles conjuguées (une alternance entre liaisons doubles et liaisons simples) ou alors des liaisons doubles suivies par des atomes possédant des doublets non liants délocalisables...

La condition ultime c'est que le cycle possède 4n+2 électrons délocalisables (n étant un nombre entier... Donc fait le calcul : soit 6 é, soit 10 é, soit 14,...)

Bon alors, si tu n'as jamais fait d'orga, ça doit ressembler à du chinois ce que je te raconte, je vais te montrer un exemple :

Ex1 : le cycle Benzyme (que tu trouves dans l'AA Phénylalanine). C'est l'exemple typique...
benzène.png
benzène.png (1.38 Kio) Vu 1373 fois


Tu vois la molécule est faite de telle manière que les doubles liaisons (et donc les électrons qu'elles contiennent) se déplacent tout le temps... Elles tournent en rond perpétuellement donc on ne peut pas dessiner la vraie position des doubles laisions car puisqu'elles tournent en permanence, elles sont partout et nulle part à la fois^^(ou plutôt elles sont potentiellement à une position ou une autre). Du coup on le représente comme ça :
benzène 2.png
benzène 2.png (1.97 Kio) Vu 1373 fois


Il est aromatique car tu as 3 doubles liaisons doubles conjuguées (qui se délocalisent tout le temps) les unes avec les autres soit 6 électrons délocalisable (2 par liaison car une liaison covalent = 2 é). Et comme 4n+2=6 si n=2, la règle est vérifiée!
Tu retrouves cette structure dans la Phénylalanine ou dans la Tyrosine...

:arrow: Un composé aliphatique c'est un composé qui n'est pas aromatique ! Donc c'est tout le reste ! C'est à dire que c'est soit une molécule non cyclique (une chaine de carbone ramifiée ou non, avec des doubles liaisons ou non) soit une molécule cyclique (sans doubles liaisons ou avec un agencement de doubles liaison qui ne permet pas ce déplacement perpétuel,en cercle, des électrons)

Ex : le glucose... C'est un cycle mais pas du tout conjugué donc pas aromatique !
beta-D-glucose.gif
beta-D-glucose.gif (1.94 Kio) Vu 1373 fois


voilà...La ce n'est plus de la bioch, je te fais de la chimie orga. J'ai essayé de t'expliquer ça d ela manière la plus simple possible mais sans notion d'orga c'est très dur/impossible de comprende. Je te conseille si tu ne comprend pas d'attendre les cours d'orga.
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Re: Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Alistair » 11 Sep 2012, 22:02

Pour ta deuxième question, je pense très honnêtement que ce qui ne se trouve pas écrit dans le poly relève de l'anecdote ou plutôt, ce sont des choses qui vont être répétées tout au long du semestre en bioch !

:arrow: Je pense que tu fais allusion à la Glutamine : c'est un AA non toxique (évidemment) qui a pour rôle de transporter les NH3 (Ammoniac) qui eux sont toxiques. Son rôle est de détoxifier l'organisme en transportant ces groupements ammoniac qu'elle va libérer dans le foie :arrow: Ces ammoniac libérés seront transformés en urée non toxique qui sera lui même éliminé dans l'urine... Ca il vous le dit mnt mais saches que tu auras un cours spécifique sur ça ! Ce sera le cours sur le catabolisme des AA (le tout dernier de l'année en général)

:arrow: L'Alanine a un rôle similaire !

:arrow: La Cystéine a un rôle imortant : elle forme des ponts disulfure intra ou inter caténaires au sein des protéines (c'est à dire que 2 Cys se condense, elles s'unissent) :arrow: C'est mentionné dans son poly !

Les trois AA avec de l'alcool : Tyrosine, Thréonine et Sérine peuvent être phosphorylés (=ajout de phosphate) au niveau des groupements alcools (OH) et il a insisté sur l'importance que cela a dans les phénomènes de régulations d'enzymes (une enzyme peut être phosphorylée sur une Sérine, Thréonine ou Tyrosine :arrow: cela régule son activité)

De mémoire ce sont les AA sur lesquels il a le plu insisté et encore une fois, ne t'en fai pas... Ce sont des notions qui vont revenir tout au long du semestre !
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Re: Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Squalala » 12 Sep 2012, 18:58

Je comprends mieux maintenant. Sans base de chimie orga c'est un peu flou mais compréhensible merci ^^
J'avais raison de dire que nos tuteurs sont supers, les réponses sont génials, merci beaucoup !!
Je me suis pris une barre dans le ventre, et on peut dire que mon ventre s'est tapé une barre, enfin bref.
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Re: Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Alistair » 12 Sep 2012, 19:05

Merci ;) Tu verras tu comprendras mieux en cours d'orga ! Mais retiens cette notion de délocalisation en boucle des électrons (ils tournent en rond) si bien qu'ils sont un peu partout sur le cycle et que du coup on ne peut pas donner leur position exacte ! bon courage ;)
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Re: [Résolu]Cours 1 AA aliphatiques et aromatiques

Messagepar Angèle.A » 15 Sep 2012, 07:53

Super je viens de trouver la réponse a ma question que je t'ai posé hier soir sur les chaines aliphatique et aromatique ;) ! Merci !
Il est temps de vivre la vie que tu t'es imaginée.
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