Coude bêta

[paul]

Salut !
Dans l'organisation hélice-feuillet-hélice cest le feuillet bêta qui est responsable du coude ? Donc je ne comprends pas pourquoi dans mes notes j'ai écris qu'il n'y avait pas de proline dans un feuillet bêta alors que c'est justement elle qui est responsable de ce changement de direction. (de plus sur son shema il a écrit glu, asp... Mais pas pro)
Merci

[Sherry]

Coucou,
Alors d'après ce que j'ai compris il n'y à effectivement pas de proline dans les feuillets ni dans les hélices car elle " casserait " l'enchaînement. La proline est donc "rejetée" de ses structures et n'intervient que pour former un coude. Donc si on à hélice - feuillet - hélice,la proline qui permet ce coude ne fait pas partir du feuillet mais elle vient s'insérer en plus...

C'est ce que j'ai compris et reformuler avec mes mots,mais la réponse d'un tuteur sera plus clair .
J'aimerais bien savoir aussi comment cette proline est "rejetée" .

[RLG]

bonsoir
sur le coude beta jai également une question ^^
ds le cours du prof la proline fait partie des AA apolaires pourtant il ya également écrit qu'il n ya jamais de AA apolaires ds un coude beta la proline serait elle une exeption ?

merci

[yanice]

D'après ce que j'ai compris, il n'y a pas de Proline dans les feuillets beta ou les hélices alpha. La structure hélice - feuillet - hélice permet justement aux hélices de former un angle droit grâce aux feuillets. Ici aucunes proline n'intervient. Le coude beta est une autre structure, ici composé d'une proline et de 3 autres AA qui permettent à la structure d'aller en sens inverse. D'ailleurs il est expliqué que la proline se trouve en position 2 et qu'une liaison hydrogène intervient entre les AA1 et AA4 afin de rendre stable ce coude beta.

[paul]

Tuteurs pour confirmation svppp ??

[Alistair]

Slt à vous Il y a bcp de questions dans ce sujet, je vais essayer de pas en oublier :

effectivement, il n'y a pas de Proline dans les hélice alpha et les feuillets béta car la Proline a une structure telle que sa présence casserait/perturberait l'hélice/feuillet. Elle a tendance induire des changements de directions (c'est assez facile imaginer quand on voit sa structure!).
Elle n'est pas "rejetée" dans le sens ou il n'y aucun processus ou mécanisme qui l'éloigne des hélices ou feuillets activement ! C'est simplement que dans les zones ou la Proline se trouve, les hélices/feuillets ne se forme pas. Chaque protéine représente des millions et des millions d'années d'évolution, elles ont donc évoluée "intelligemment" afin de faire en sorte de ne pas avoir de Proline dans les zones ou on a besoin d'hélices/feuillets

Dans la structure hélice-feuillet-hélice : ce n'est pas le feuillet en lui même qui induit le changement de direction, ni l'hélice d'ailleurs. Le changement de direction est dû a la présence d'un coude entre les hélices et les feuillets : ça fait quelque chose du genre hélice-(coude)-feuillet-(coude)-hélice !
Le coude est une structure à part qui s'insère entre les hélices et/ou feuillets...

Il n'y a pas d'AA apolaires dans les coudes mais il y a une Pro en position 2... Retenez ça comme une exception !
Ca ne choque pas Giudi pcq il sait très bien que la Proline n'est pas totalement apolaire : c'est une molécule cyclique avec un NH2+ (amine = polaire) donc avec des propriétés hydrophiles. Mnt si on ne considère que sa chaine lat (sans le NH2+ puisque il s'agit en réalité de l'amine alpha), c'est une chaine de 3C, donc apolaire !
Ca fait que c'est un AA un peu à part, Giudi a choisi de le classer dans le catégorie apolaire (pcq il faut bien le mettre quelque part) mais il l'est bcp moins que la Phénylalanine (un gros cycle avec que des C et des H... Aromatique en plus) ou la Valine par ex... Vous vous rendrez compte que tout n'est pas blanc ou noir en biologie : il y a des molécules qui sont moyennement polaire et moyennement apolaire par ex. Mais il oublie que vous être en PAES et que c'est typiquement le genre de chose qui rend fou quand on doit passer un concours à QCM...^^

Un bémol : en réalité, entre deux hélices ou deux feuillets ou encore une hélice et un feuillet il n'y a pas toujours des coudes (qui induise un changement de direction un peu brutal)... il y a parfois des structure bcp moins bien organisées, moins régulières, moins constantes, plus longues et qui induisent une courbe un peu moins nette... On appelle ça des boucles.
Dans la prot p.64, on a en réalité 2 hélices alpha séparées par une boucle (et pas un coude, d'ou l'absence de Proline)^^ je le sais pcq il se trouve que je connais la protéine en question : c'est la Calmoduline dont le rôle est de fixer du Calcium (vous voyez le calcium d'ailleurs^^) et que vous reverrez plus tard dans le semestre !
Mais il ne détaille pas ça, donc ne retenez que les coudes comme élément de changement de direction, pouvant se placer entre des structures en hélice et/ou feuillets

[paul]

Merci c'est plus clair !

[yanice]

Merci Alistair ! J'avais généralisé la structure de la protéine en page 64 x).

[RLG]

merci
clair et precis ! top!