Acides aminés

[Gonzaless']

Bonjour !
Je me demandais s'il était nécessaire pour le concours d'apprendre tous les pka des groupes amine et carboxyle de CHAQUE AA

Merci d'avance !

[ÅLEX]

Salut,
il faut retenir que en gros Pka(carbo) = 2,2 et Pka(amine) = 9

[Gonzaless']

Salut !

Mais dans ce cas quand tu vas calculer ton pHi il sera le même pour tous les AA non ?

[ÅLEX]

Bha pour les acides aminés qui n'ont pas de pkr oui ça sera le même. Si tu prends les acides aminés qui ont une chaines latérales ionisables il faudra trouver quand la charge est nulle pour déterminer ton pHi

[Gonzaless']

Et pour le pkr, il faut connaitre le pkr de chaque AA ?

[ÅLEX]

Le prof a dit qu'il fallait pas les savoirs donc soit ça l'intéresse pas soit il les donnera si on en a besoin ! Mais bon je te conseille de les connaitre c'est plus pratique ...

[Gonzaless']

Merci beaucoup

Une dernière question (enfin je pense) : est ce que le pkr de chaque AA est toujours compris entre le pka (carbox) et le pka(amine), cest a dire entre enviro 2,2 et 9 ?

[ÅLEX]

Non
exemple de l'arginine pkr=12,5

[Gonzaless']

D'accord !

En fait j'en ai encore une dernière (je suis vraiment désolé :s) : t'as pris la ronéo ? eh ben dans la ronéo n°2 page 5, les deux groupes qui se déprotonent en premier sont les deux COOH et il est écrit que pour calculer le pHi il faut additionner leur 2 pka et diviser par 2.

Mais moi je croyais que c'était les pka du groupement amine et carbox qu'il fallait ajouter puis diviser par 2 pour trouver le pHi
Il faut donc ajouter les deux pka des groupements qui se déprotonent en premier ?

[ÅLEX]

J'ai pas la ronéo mais je pense que tu dois parler du pHi pour l'aspartate et ou le glutamate !
En effet pour ces deux quand la charge de ton AA atteins 0 tu vas pourvoir calculer le pHi.
Je m'explique si tu prends l'exemple du glutamate

glutamate.jpg (13.34 Kio) Vu 562 fois

Quand ton pH est très faible toutes les fonctions vont être protonées du coup ta charge sera de +1 quand tu vas augmenter le pH a 2,2 la fonction carbo qui est sur la chaine principal va perdre son proton et va devenir COO- du coup la charge globale de l'acide aminé sera égale à 0 quand tu vas augmenter encore le pH jusqu'à 4,3 l'autre COOH qui se trouve sur la chaine latéral va se deprotoner donc la charge de son acide aminé sera de -1

Pour calculer le pHi il faut que la charge de l'acide aminé soit égale a 0 du coup tu obtiens:

Pka(COOH chaine principal ) + pka ( COOH chaine latéral) /2
2,2 + 4,3 /2 = 3,2

J'espère que c'est clair par ce que c'est pas simple a expliquer comme ça ...

[Gonzaless']

Oh super j'ai tout compris !!! MEEERRRCCCIIIII

(je parlais bien pour l'aspartate mais c'est pareil j'ai compris) comme le pka de la chaine latérale est inférieur à celui de l'amine il se déprotone en premier quand le pH augmente et comme on se retrouve avec une charge nette nulle on peut alors calculer le pHi !

Encore merci de m'avoir éclairée c'est super sympa !

Bisous bon courage

[Alistair]

Rien à ajouter ! C'est impeccable ! N'hésite pas en cas de questions

[TiffSambrassitaine]

Coucou, par rapport au calcul du Phi d'un aa, je pense avoir compris via ce qui a été expliqué plus haut (si le phr du groupement de la chaine latérale est inferieur a celui du groupement amine, on se sert de ce dernier et de la fonction carboxylique de l'amine pour calculer le phi de l'aa), maintenant quand on a un peptide, comment fait-on pour calculer son phi (exemple dans le QCM 17 des annatut')
Merci de votre aide

[ÅLEX]

Quand c'est un peptide c'est le bordel.

Tien regarde ça et dit moi si ça va mieux:
viewtopic.php?f=225&t=16924&p=121998&hilit=phi#p121998

Et ça en complèment:

Methode%20des%20bols.doc

(23 Kio) Téléchargé 267 fois

Bonne fin d'après-midi.

[TiffSambrassitaine]

J'ai a peu près compris le principe, simplement comment determine-t-on si a PH=0 l'aa est chargé positivement, negativement ou neutre ? Merci de ton aide en tous cas

[ÅLEX]

A pH=0 toute les fonctions de l'acide aminé sont protonées c'est à dire que que l'amine sera de la forme NH3+ et l'acide carboxylique sera COOH